208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3738 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3738  TonB family protein  100 
 
 
404 aa  835  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.595285  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3209  TonB family protein  53.1 
 
 
397 aa  441  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.909373  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2995  TonB family protein  49.28 
 
 
417 aa  409  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3584  TonB family protein  47.41 
 
 
405 aa  373  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3342  antirepressor regulating drug resistance protein  34.68 
 
 
403 aa  196  4e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3224  TonB family protein  29.45 
 
 
413 aa  127  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.222698  normal  0.927933 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1176  hypothetical protein  25.69 
 
 
640 aa  111  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2408  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  29.71 
 
 
619 aa  107  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02323  peptidase, M56 family protein  26.99 
 
 
361 aa  106  7e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.321617  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1007  hypothetical protein  25.66 
 
 
629 aa  99.4  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1079  hypothetical protein  25.66 
 
 
629 aa  99.4  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2929  peptidase M56 BlaR1  28.9 
 
 
590 aa  99  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3127  peptidase M56, BlaR1  30.29 
 
 
462 aa  98.6  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000359349  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0994  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  33.89 
 
 
632 aa  97.8  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1111  beta-lactamase regulatory protein 1; methicillin resistance protein  33.89 
 
 
589 aa  97.4  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3146  peptidase M56, BlaR1  29.57 
 
 
728 aa  87  5e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0377  peptidase M56, BlaR1  32.45 
 
 
302 aa  87  5e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2876  peptidase M56 BlaR1  25.32 
 
 
465 aa  82.8  9e-15  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3787  peptidase M56 BlaR1  31.65 
 
 
617 aa  82.4  1e-14  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.536626  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1258  TonB-like protein  39.37 
 
 
206 aa  82  2e-14  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.973667  hitchhiker  0.0001567 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1810  peptidase M56, BlaR1  24.07 
 
 
750 aa  81.3  3e-14  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2622  TonB family protein  45.35 
 
 
206 aa  81.3  3e-14  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.083203  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2421  TonB-like protein  45.35 
 
 
207 aa  80.9  4e-14  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00537232  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3471  peptidase M56 BlaR1  30.77 
 
 
322 aa  80.9  4e-14  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1521  TonB family protein  45.35 
 
 
206 aa  80.9  4e-14  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2622  TonB family protein  45.35 
 
 
207 aa  80.5  5e-14  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.052579  hitchhiker  1.22116e-06 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2099  peptidase M56 BlaR1  26.67 
 
 
614 aa  80.1  6e-14  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1575  TonB family protein  45.35 
 
 
206 aa  80.1  7e-14  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00700508  normal  0.018049 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2530  TonB family protein  44.19 
 
 
207 aa  80.1  7e-14  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0930867  unclonable  2.51685e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2460  TonB family protein  44.19 
 
 
207 aa  80.1  7e-14  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.43169  hitchhiker  9.10497e-08 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2986  TonB family protein  43.02 
 
 
204 aa  79  1e-13  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.328592  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0360  peptidase M56, BlaR1  27.33 
 
 
557 aa  78.6  2e-13  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.777331 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2648  TonB family protein  45.35 
 
 
206 aa  78.6  2e-13  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0343675  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2714  TonB family protein  44.19 
 
 
206 aa  78.6  2e-13  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0362691  decreased coverage  1.09888e-08 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1666  TonB family protein  44.19 
 
 
206 aa  78.6  2e-13  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.580767  normal  0.13034 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1629  TonB family protein  44.19 
 
 
206 aa  78.6  2e-13  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.589143  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1644  TonB family protein  44.19 
 
 
206 aa  78.6  2e-13  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.219382  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2474  TonB family protein  45.88 
 
 
205 aa  77.8  4e-13  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.945787  hitchhiker  5.07957e-05 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1828  TonB2 protein  43.02 
 
 
207 aa  77.4  4e-13  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2587  peptidase M56 BlaR1  28.12 
 
 
858 aa  77.4  4e-13  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3075  TonB family protein  44.19 
 
 
206 aa  77.4  4e-13  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  2.59813e-05  hitchhiker  1.81204e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0186  TonB family protein  39.58 
 
 
203 aa  76.3  8e-13  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1934  peptidase M56 BlaR1  27.2 
 
 
647 aa  76.3  9e-13  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4148  TonB family protein  39.58 
 
 
203 aa  76.3  9e-13  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3759  TonB family protein  39.58 
 
 
203 aa  75.5  1e-12  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3832  TonB family protein  39.58 
 
 
203 aa  75.9  1e-12  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4564  TonB2 protein, putative  38.54 
 
 
203 aa  76.3  1e-12  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3957  TonB family protein  39.58 
 
 
203 aa  75.1  2e-12  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0245  TonB family protein  39.22 
 
 
203 aa  74.7  3e-12  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02810  TonB2 protein  39.53 
 
 
131 aa  73.9  5e-12  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.417398  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3222  peptidase M56 BlaR1  32.7 
 
 
747 aa  73.2  7e-12  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0431  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like protein  22.31 
 
 
442 aa  73.2  8e-12  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0030  Beta-lactamase  23.77 
 
 
585 aa  72.8  1e-11  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2520  methicillin-resistance regulatory protein MecR1  23.77 
 
 
585 aa  72.8  1e-11  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00119182  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3752  putative TonB protein  45.12 
 
 
203 aa  72.4  1e-11  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.208637  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0905  TonB-like protein  44.19 
 
 
203 aa  72.4  1e-11  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0030  Beta-lactamase  23.77 
 
 
585 aa  72.8  1e-11  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0115  TonB protein  33.33 
 
 
206 aa  70.9  4e-11  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0731  peptidase M56 BlaR1  22.82 
 
 
719 aa  70.5  5e-11  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0901  TonB3 protein  43.02 
 
 
207 aa  70.1  6e-11  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.686601  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2615  cell wall hydrolase/autolysin  24.39 
 
 
562 aa  68.9  1e-10  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6205  peptidase M56 BlaR1  26.79 
 
 
671 aa  68.6  2e-10  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.86421 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3457  TonB2 protein, putative  34.62 
 
 
202 aa  68.2  2e-10  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3351  Beta-lactamase  24.43 
 
 
596 aa  67  6e-10  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0632  TonB family protein  35.87 
 
 
370 aa  67  6e-10  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1140  peptidase M56 BlaR1  26.04 
 
 
598 aa  66.6  8e-10  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2295  transport protein TonB  38.1 
 
 
251 aa  66.2  1e-09  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6521  TonB family protein  23.02 
 
 
413 aa  65.1  2e-09  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.829855  normal  0.244151 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3539  TonB family protein  41.46 
 
 
219 aa  65.5  2e-09  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000844  ferric siderophore transport system binding protein TonB  37.88 
 
 
206 aa  65.1  2e-09  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1995  transport protein TonB  36.9 
 
 
252 aa  64.7  3e-09  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1590  peptidase M56, BlaR1  23.08 
 
 
754 aa  64.3  3e-09  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3297  peptidase M56, BlaR1  23.6 
 
 
423 aa  64.7  3e-09  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0579  peptidase M56, BlaR1  27.03 
 
 
541 aa  64.3  4e-09  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5199  peptidase M56 BlaR1  29.17 
 
 
477 aa  63.9  5e-09  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.973642 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2185  transport protein TonB  36.9 
 
 
249 aa  63.9  5e-09  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.150473  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1150  tonB2 protein  34.34 
 
 
206 aa  63.5  6e-09  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.595511  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1944  transport protein TonB  34.52 
 
 
238 aa  63.5  7e-09  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3286  TonB family protein  35.48 
 
 
368 aa  62.8  1e-08  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3722  peptidase M56 BlaR1  29.45 
 
 
631 aa  62.8  1e-08  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.616369  normal  0.219221 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2068  peptidase M56 BlaR1  28.31 
 
 
632 aa  61.6  2e-08  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.999712  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0288  peptidase M56 BlaR1  27.71 
 
 
651 aa  61.6  2e-08  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.139173  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4043  TonB domain-containing protein  32.97 
 
 
369 aa  61.6  3e-08  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5187  peptidase M56 BlaR1  28.45 
 
 
750 aa  60.8  4e-08  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.336784  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2270  TonB family protein  34.44 
 
 
368 aa  60.8  4e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00628561  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1890  TonB family protein  27.84 
 
 
391 aa  60.1  6e-08  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3883  peptidase M56 BlaR1  23.92 
 
 
299 aa  59.7  1e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.155666  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0385  TonB family protein  35.48 
 
 
112 aa  59.7  1e-07  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.796996 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0523  TonB family protein  34.48 
 
 
371 aa  58.9  1e-07  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0712  TonB family protein  31.58 
 
 
110 aa  58.9  2e-07  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.877696  normal  0.702571 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2922  TonB family protein  39.66 
 
 
458 aa  58.2  2e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.947626 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3429  TonB family protein  34.48 
 
 
371 aa  58.9  2e-07  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2615  antirepressor regulating drug resistance signal transduction N-terminal membrane component-like  27.61 
 
 
467 aa  58.5  2e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07781  hypothetical protein  27.76 
 
 
624 aa  58.2  3e-07  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0573  TonB-like protein  47.62 
 
 
93 aa  58.2  3e-07  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3705  tonB protein  36.36 
 
 
277 aa  57.4  4e-07  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.252589  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2682  transport protein TonB  32.5 
 
 
248 aa  57  5e-07  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.258362  hitchhiker  0.00112593 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2396  TonB family protein  31.65 
 
 
244 aa  57  6e-07  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.010558  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2753  peptidase M56 BlaR1  30.38 
 
 
581 aa  56.6  7e-07  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.395295 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0571  TonB family protein  30.77 
 
 
370 aa  56.6  8e-07  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.480586 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>