More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3611 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  100 
 
 
338 aa  699  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  81.36 
 
 
338 aa  585  1e-166  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  72.78 
 
 
338 aa  518  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  72.46 
 
 
374 aa  513  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  72.46 
 
 
374 aa  511  1e-144  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  71.86 
 
 
374 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  71.56 
 
 
347 aa  505  1e-142  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  70.75 
 
 
348 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  70.75 
 
 
348 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  70.75 
 
 
348 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  70.75 
 
 
348 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  69.44 
 
 
338 aa  499  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  69.35 
 
 
347 aa  494  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  69.64 
 
 
341 aa  489  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  68.97 
 
 
337 aa  468  1e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  65.62 
 
 
370 aa  432  1e-120  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.51305e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  55.32 
 
 
334 aa  383  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  54.79 
 
 
379 aa  382  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  52.08 
 
 
367 aa  367  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  52.34 
 
 
344 aa  350  2e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  50.3 
 
 
345 aa  343  3e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  50.3 
 
 
359 aa  343  3e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  51.85 
 
 
331 aa  341  1e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  3.84441e-06 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  50.92 
 
 
343 aa  336  3e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0955  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  52.73 
 
 
345 aa  335  7e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  50.31 
 
 
341 aa  330  2e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  50.76 
 
 
350 aa  330  2e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  49.85 
 
 
343 aa  328  9e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  48.22 
 
 
349 aa  310  2e-83  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  50.47 
 
 
350 aa  310  3e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  48.49 
 
 
337 aa  309  5e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  44.09 
 
 
349 aa  294  1e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2757  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  44.65 
 
 
348 aa  287  2e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  44.06 
 
 
355 aa  284  2e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3371  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  41.79 
 
 
353 aa  283  4e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.891248  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2455  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  42.81 
 
 
348 aa  280  3e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  43.88 
 
 
349 aa  271  9e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2506  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  42.56 
 
 
350 aa  270  3e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00410483 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2609  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  42.26 
 
 
350 aa  268  8e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.425275 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2492  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  42.26 
 
 
350 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2402  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  42.26 
 
 
350 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0020747  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2450  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  42.26 
 
 
350 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0247044 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3361  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  42.81 
 
 
343 aa  266  3e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  40.79 
 
 
343 aa  266  3e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  41.18 
 
 
351 aa  266  4e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02141  predicted thiamine biosynthesis lipoprotein  40.88 
 
 
351 aa  263  3e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.912657  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1436  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  40.88 
 
 
351 aa  263  3e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.208237 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3352  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  40.88 
 
 
351 aa  263  3e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0822228  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02100  hypothetical protein  40.88 
 
 
351 aa  263  3e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.873608  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1444  ApbE family lipoprotein  40.88 
 
 
351 aa  263  3e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116267  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2513  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  40.88 
 
 
351 aa  263  3e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00204686  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  40.59 
 
 
351 aa  263  4e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  42.12 
 
 
337 aa  262  6e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  37.46 
 
 
349 aa  261  8e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2353  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  40.59 
 
 
351 aa  261  1e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180218  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0695  ApbE-like lipoprotein  39.88 
 
 
337 aa  260  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  41.36 
 
 
342 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2794  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  40.82 
 
 
351 aa  255  6e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.279837  normal  0.884521 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  40.43 
 
 
342 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  43.27 
 
 
349 aa  246  6e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1667  ApbE family lipoprotein  36.83 
 
 
332 aa  245  8e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.569601 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  37.58 
 
 
332 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2878  ApbE family lipoprotein  41.3 
 
 
348 aa  240  3e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  37.25 
 
 
332 aa  238  9e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  36.51 
 
 
338 aa  238  9e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  38.58 
 
 
361 aa  236  5e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  36.6 
 
 
341 aa  227  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  40 
 
 
345 aa  227  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4283  apbE family protein  35.45 
 
 
352 aa  223  4e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  40.51 
 
 
344 aa  222  7e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  1.88784e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  40.26 
 
 
337 aa  222  8e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  41 
 
 
332 aa  216  3e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1713  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  40.38 
 
 
326 aa  215  9e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732965  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  38.56 
 
 
362 aa  209  6e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  37.58 
 
 
335 aa  209  8e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2739  ApbE family lipoprotein  37.54 
 
 
321 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  38.75 
 
 
326 aa  205  7e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2431  ApbE-like lipoprotein  36.86 
 
 
382 aa  205  1e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0092  ApbE family lipoprotein  36.22 
 
 
391 aa  204  2e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0984  ApbE family lipoprotein  38.49 
 
 
323 aa  201  2e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.174547 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2816  ApbE-like lipoprotein  38.76 
 
 
338 aa  197  2e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2110  thiamine biosynthesis lipoprotein  36.96 
 
 
382 aa  196  4e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  39.73 
 
 
341 aa  193  3e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5388  ApbE-like lipoprotein  35.99 
 
 
329 aa  192  5e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  33.03 
 
 
354 aa  192  6e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  33.23 
 
 
341 aa  192  8e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1900  ApbE-like lipoprotein  33.33 
 
 
327 aa  190  3e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  0.0133899 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1597  ApbE family lipoprotein  36.36 
 
 
305 aa  188  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.727207 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3636  ApbE-like lipoprotein  38.85 
 
 
340 aa  187  3e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2105  thiamine biosynthesis lipoprotein, putative  33.12 
 
 
343 aa  186  7e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0899  ApbE family protein  33.06 
 
 
365 aa  185  1e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.624097  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  33.55 
 
 
321 aa  181  2e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3394  ApbE family lipoprotein  35.06 
 
 
315 aa  180  3e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  37.07 
 
 
331 aa  178  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3437  ApbE family lipoprotein  35.46 
 
 
327 aa  178  1e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0181711  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2187  ApbE family lipoprotein  33.23 
 
 
336 aa  177  2e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1391  ApbE family lipoprotein  33.64 
 
 
347 aa  177  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161542  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5164  ApbE-like lipoprotein  35.02 
 
 
327 aa  175  1e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4966  ApbE family lipoprotein  33.44 
 
 
335 aa  174  2e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475076  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4089  ApbE family lipoprotein  35.14 
 
 
327 aa  174  3e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.224372 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>