127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3508 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  100 
 
 		 250 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3338  amino acid ABC transporter  71.88 
 
 		 260 aa  297  9e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  53.11 
 
 		 270 aa  260  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2779  amino acid ABC transporter  62.04 
 
 		 269 aa  255  4e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  48.98 
 
 		 274 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  52.27 
 
 		 273 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  48.21 
 
 		 272 aa  249  3e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  46.9 
 
 		 272 aa  248  4e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  48.79 
 
 		 274 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  47.81 
 
 		 272 aa  248  5e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  50.66 
 
 		 274 aa  246  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  50.66 
 
 		 274 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  46.12 
 
 		 259 aa  245  4e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  50.45 
 
 		 303 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2795  extracellular solute-binding protein  51.82 
 
 		 271 aa  217  1e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  36.59 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  29.36 
 
 		 293 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  27.5 
 
 		 255 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.63 
 
 		 243 aa  94.7  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  24.68 
 
 		 252 aa  89.4  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 		 262 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0556  hypothetical protein  26.21 
 
 		 247 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0521  hypothetical protein  26.32 
 
 		 247 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.282401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.1 
 
 		 265 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0574  hypothetical protein  27.71 
 
 		 247 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 252 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 262 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0567  hypothetical protein  26.19 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.230648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  26.51 
 
 		 243 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 270 aa  69.3  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  26.01 
 
 		 262 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  26.17 
 
 		 264 aa  68.2  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.73 
 
 		 251 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3539  ABC transporter periplasmic-binding protein  26.87 
 
 		 277 aa  67.4  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.98 
 
 		 263 aa  65.5  0.0000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  23.23 
 
 		 251 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  26.15 
 
 		 263 aa  63.5  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4859  putative cation efflux protein  25 
 
 		 292 aa  63.2  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  24.22 
 
 		 245 aa  62.8  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 269 aa  62.4  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 		 262 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  21.9 
 
 		 251 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 		 483 aa  60.5  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.09 
 
 		 245 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 		 258 aa  60.1  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 245 aa  58.9  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1295  hypothetical protein  27.12 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.634955  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3223  extracellular solute-binding protein  21.29 
 
 		 268 aa  58.2  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  22.91 
 
 		 297 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  24.22 
 
 		 262 aa  58.5  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  21.09 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  20.82 
 
 		 232 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  21.4 
 
 		 247 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  21.37 
 
 		 270 aa  57  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  23.51 
 
 		 251 aa  57  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  21.56 
 
 		 246 aa  57  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0388  hypothetical protein  26.79 
 
 		 274 aa  56.2  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.333934 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1645  metal dependent phosphohydrolase  25.94 
 
 		 615 aa  56.2  0.0000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  20 
 
 		 243 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  21.29 
 
 		 245 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  21.49 
 
 		 247 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11480  hypothetical protein  23.74 
 
 		 248 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  24.38 
 
 		 274 aa  54.7  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0802  hypothetical protein  23.94 
 
 		 285 aa  53.9  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  22.99 
 
 		 253 aa  53.9  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  21.49 
 
 		 247 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  20.18 
 
 		 253 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  22.91 
 
 		 298 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  20.83 
 
 		 247 aa  53.1  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  26.61 
 
 		 264 aa  52.8  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  25.12 
 
 		 264 aa  52.8  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3850  hypothetical protein  24.3 
 
 		 256 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.388139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  23.53 
 
 		 288 aa  52.8  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  21.92 
 
 		 272 aa  52.4  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  21.16 
 
 		 265 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  25.1 
 
 		 255 aa  51.2  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  21.4 
 
 		 258 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0746  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 		 275 aa  50.4  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0305191 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  23.58 
 
 		 262 aa  50.8  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0201  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 266 aa  50.8  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  21.4 
 
 		 258 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.18 
 
 		 259 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0537  hypothetical protein  27.62 
 
 		 263 aa  50.1  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  22.62 
 
 		 251 aa  49.7  0.00004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0461  hypothetical protein  23.51 
 
 		 257 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 		 263 aa  49.3  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  24.44 
 
 		 241 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  24.19 
 
 		 264 aa  49.3  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  24.19 
 
 		 264 aa  48.9  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3192  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 		 265 aa  48.1  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0961443  hitchhiker  0.0000817621 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  25.57 
 
 		 264 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  25.57 
 
 		 264 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3858  hypothetical protein  22.8 
 
 		 257 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  25.57 
 
 		 264 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  23.51 
 
 		 258 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  25.57 
 
 		 264 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3063  hypothetical protein  26.24 
 
 		 264 aa  47.4  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00343985  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0485  hypothetical protein  23.11 
 
 		 257 aa  47.4  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2573  extracellular solute-binding protein  23.02 
 
 		 280 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000612077  hitchhiker  0.000188073 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>