More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3458 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  76.45 
 
 		 518 aa  826    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  77.99 
 
 		 518 aa  836    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  69.25 
 
 		 518 aa  734    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  77.99 
 
 		 518 aa  837    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  100 
 
 		 518 aa  1045    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  76.83 
 
 		 518 aa  832    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  77.8 
 
 		 518 aa  835    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  86.19 
 
 		 514 aa  907    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  66.6 
 
 		 518 aa  689    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  76.06 
 
 		 518 aa  826    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  77.03 
 
 		 518 aa  836    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  77.03 
 
 		 518 aa  836    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  77.8 
 
 		 518 aa  835    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  66.99 
 
 		 530 aa  723    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  77.22 
 
 		 518 aa  815    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  77.41 
 
 		 518 aa  841    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  30.19 
 
 		 536 aa  236  7e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  29.46 
 
 		 518 aa  225  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  30.46 
 
 		 521 aa  206  9e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  35.65 
 
 		 461 aa  195  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 642 aa  190  5e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  33.24 
 
 		 614 aa  188  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 645 aa  186  8e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  28.6 
 
 		 518 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  29.2 
 
 		 645 aa  183  7e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 696 aa  182  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  36.2 
 
 		 668 aa  181  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  36.2 
 
 		 671 aa  179  9e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  28.29 
 
 		 520 aa  178  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  28.11 
 
 		 524 aa  177  3e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  28.46 
 
 		 653 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  33 
 
 		 690 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  29.85 
 
 		 565 aa  174  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  33 
 
 		 677 aa  173  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  27.94 
 
 		 460 aa  171  3e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  24.95 
 
 		 508 aa  171  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  32.28 
 
 		 451 aa  164  3e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 559 aa  146  8.000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  27.4 
 
 		 516 aa  146  9e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  27.4 
 
 		 516 aa  145  2e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 622 aa  137  5e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  43.48 
 
 		 474 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  39.7 
 
 		 355 aa  134  6e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.51 
 
 		 820 aa  131  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 342 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 461 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 382 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.18 
 
 		 722 aa  129  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 325 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 621 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  40.25 
 
 		 308 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 308 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 614 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 631 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2700  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 		 324 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  35 
 
 		 457 aa  127  5e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  40.74 
 
 		 624 aa  127  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 438 aa  127  6e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  39.89 
 
 		 1726 aa  127  7e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  29.59 
 
 		 351 aa  125  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 		 345 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  40.61 
 
 		 391 aa  125  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  39.62 
 
 		 308 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 610 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 314 aa  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  39.51 
 
 		 560 aa  125  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 304 aa  125  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  38.85 
 
 		 275 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  38.85 
 
 		 235 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.33 
 
 		 1260 aa  124  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0616256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 464 aa  124  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  36.88 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  40.74 
 
 		 321 aa  124  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 377 aa  124  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.51 
 
 		 791 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 625 aa  124  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 625 aa  124  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 625 aa  124  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 345 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 253 aa  124  5e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  38.35 
 
 		 624 aa  123  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.18 
 
 		 960 aa  124  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 388 aa  123  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  32.99 
 
 		 415 aa  123  7e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48220  cyclic di-GMP signal transduction protein  38.27 
 
 		 344 aa  123  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.590583  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 764 aa  123  8e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 495 aa  123  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 732 aa  123  8e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 764 aa  123  8e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 764 aa  123  9e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  40.12 
 
 		 319 aa  123  9e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 680 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 388 aa  123  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 427 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 459 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 487 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  38.41 
 
 		 457 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.75 
 
 		 353 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 521 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 556 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>