More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3439 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3439  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 136 aa  276  7e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0033  MerR family transcriptional regulator  64.06 
 
 		 164 aa  164  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.696294  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2683  MerR family transcriptional regulator  65.29 
 
 		 142 aa  164  5e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.903809  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2694  MerR family transcriptional regulator  65.29 
 
 		 142 aa  164  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3269  MerR family transcriptional regulator  65.29 
 
 		 142 aa  164  5e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1858  MerR family transcriptional regulator  65.29 
 
 		 142 aa  164  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15558  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0035  MerR family transcriptional regulator  65.29 
 
 		 142 aa  164  5e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0248  MerR family transcriptional regulator  65.29 
 
 		 183 aa  163  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.849473  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0035  MerR family transcriptional regulator  65.29 
 
 		 142 aa  163  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1990  transcriptional regulator, MerR family  59.84 
 
 		 147 aa  160  5.0000000000000005e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2579  MerR family transcriptional regulator  56.39 
 
 		 143 aa  154  5.0000000000000005e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136218  normal  0.025304 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2837  MerR family transcriptional regulator  60.47 
 
 		 133 aa  152  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.156081 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01184  Transcriptional regulator, MerR family protein  57.6 
 
 		 137 aa  151  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4462  MerR family transcriptional regulator  57.25 
 
 		 141 aa  150  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0423  MerR family transcriptional regulator  58.87 
 
 		 140 aa  150  5e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4022  MerR family transcriptional regulator  60 
 
 		 141 aa  148  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.605309  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3541  MerR family transcriptional regulator  59.2 
 
 		 141 aa  148  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3347  MerR family transcriptional regulator  56.35 
 
 		 144 aa  148  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4236  MerR family transcriptional regulator  62.1 
 
 		 141 aa  147  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4130  MerR family transcriptional regulator  62.1 
 
 		 141 aa  147  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.601713  normal  0.465162 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3389  MerR family transcriptional regulator  62.1 
 
 		 141 aa  147  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879982 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1905  MerR family transcriptional regulator  60.48 
 
 		 141 aa  146  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.380273  normal  0.440167 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2902  regulatory protein, MerR  58.06 
 
 		 143 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2614  MerR family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 141 aa  144  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.144793 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67550  putative transcriptional regulator  63.25 
 
 		 141 aa  143  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0955895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0382  MerR family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 154 aa  143  8.000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2682  putative regulatory protein  52.76 
 
 		 172 aa  143  8.000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.537318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1595  MerR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 139 aa  140  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.146181 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4273  MerR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 139 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.652565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5849  putative transcriptional regulator  59.83 
 
 		 141 aa  137  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00369897  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3837  MerR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 139 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265561  normal  0.533813 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3589  MerR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 137 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4691  MerR family transcriptional regulator  54.03 
 
 		 159 aa  134  4e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000248  transcriptional regulator  52.38 
 
 		 135 aa  130  6.999999999999999e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1460  transcriptional regulator, MerR family  48.76 
 
 		 151 aa  123  7e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0645797  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4260  MerR family transcriptional regulator  49.64 
 
 		 141 aa  123  7e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.49412 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2311  transcriptional regulator, MerR family  45.16 
 
 		 135 aa  103  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113317  normal  0.278177 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 134 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  39.84 
 
 		 132 aa  72.4  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  38.21 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  38.21 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.775911 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  38.21 
 
 		 137 aa  72.4  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  38.21 
 
 		 135 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  38.21 
 
 		 135 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  38.21 
 
 		 135 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  38.21 
 
 		 135 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  38.21 
 
 		 135 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  38.21 
 
 		 135 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  38.21 
 
 		 135 aa  72  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  38.84 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  39.02 
 
 		 138 aa  70.5  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  37.4 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  37.4 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  37.4 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  37.19 
 
 		 132 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  37.4 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 136 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 136 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 136 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3218  transcriptional regulator, MerR family  36.89 
 
 		 138 aa  67  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  35 
 
 		 136 aa  67  0.00000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0495  MerR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 139 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.292362  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1032  transcriptional regulator, MerR family  34.96 
 
 		 144 aa  66.2  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.920994  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  36.89 
 
 		 132 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06131  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  38.52 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0295  MerR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 149 aa  65.9  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 139 aa  65.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  34.31 
 
 		 138 aa  65.5  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1098  transcriptional regulator, MerR family  36.89 
 
 		 134 aa  65.5  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  0.000000311334 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  35.2 
 
 		 129 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3280  MerR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 139 aa  64.7  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  35.2 
 
 		 129 aa  64.3  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  31.65 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 149 aa  64.3  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2821  MerR family transcriptional regulator  41 
 
 		 138 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.353313 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  34.65 
 
 		 140 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3152  MerR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 131 aa  63.9  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.335124  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0734  regulatory protein, MerR  32.5 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.308445  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  35.25 
 
 		 137 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0407  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  33.61 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267625 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0385  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  33.61 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000075209 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0388  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  33.61 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 137 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0448  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  33.61 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.17179e-17 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  34.15 
 
 		 136 aa  63.2  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0393  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  33.61 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.493726  hitchhiker  2.73635e-17 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 137 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3680  MerR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 151 aa  62  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4209  putative transcriptional regulator, MerR family  28.03 
 
 		 145 aa  61.6  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  hitchhiker  0.000986554 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4873  MerR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 141 aa  62  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3103  MerR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 145 aa  61.6  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5793  transcriptional regulator, MerR family  31.9 
 
 		 139 aa  62  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 164 aa  62  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0838  MerR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 145 aa  62  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2060  transcriptional regulator SoxR  32.79 
 
 		 151 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5683  MerR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 149 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6047  MerR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 149 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.790418 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>