More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3373 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3373  transcriptional regulator  100 
 
 
484 aa  1007    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.98747  normal  0.499869 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3935  GntR family transcriptional regulator  51.61 
 
 
503 aa  520  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.558201  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4138  GntR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
470 aa  259  5.0000000000000005e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3314  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.98 
 
 
494 aa  256  6e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1025  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
499 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.684124 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2235  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.22 
 
 
473 aa  249  6e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.71743 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4302  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 
521 aa  248  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0881  GntR family transcriptional regulator  31.52 
 
 
478 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426216  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0047  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.91 
 
 
482 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.493151  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0043  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
492 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1191  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.98 
 
 
489 aa  243  7e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.419241  normal  0.290751 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6053  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.4 
 
 
472 aa  240  4e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.137627  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0059  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.94 
 
 
487 aa  237  4e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.869186  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0559  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.7 
 
 
508 aa  236  5.0000000000000005e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2637  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.61 
 
 
493 aa  236  7e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.750053 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1434  GntR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
480 aa  236  8e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.515471 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7471  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 
449 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3547  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.33 
 
 
477 aa  231  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224357  normal  0.0204741 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0573  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
470 aa  229  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1922  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
470 aa  229  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.664628  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4623  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.06 
 
 
489 aa  225  1e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.609617  normal  0.250213 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4437  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
469 aa  226  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.654603 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4167  transcriptional regulator  30.06 
 
 
509 aa  223  8e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.117681  normal  0.924645 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4266  GntR family transcriptional regulator  30.06 
 
 
494 aa  223  8e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501313  normal  0.325137 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4100  GntR family transcriptional regulator  30.06 
 
 
494 aa  223  8e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.959861  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3251  transcriptional regulator  29.58 
 
 
494 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2912  transcriptional regulator, GntR family  31.12 
 
 
485 aa  220  3e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.784119  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1740  GntR family transcriptional regulator  29.75 
 
 
494 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.844969  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0130  GntR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
490 aa  220  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4324  transcriptional regulator  31.84 
 
 
495 aa  220  5e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.203783 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3694  GntR family transcriptional regulator  29.96 
 
 
494 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.385244  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  31.15 
 
 
508 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.0000000208159  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4318  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
504 aa  216  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.632192  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5391  transcriptional regulator  31.46 
 
 
509 aa  212  9e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253395  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 
509 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000722465 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2642  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
496 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2148  GntR family transcriptional regulator  30.38 
 
 
498 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1085  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
475 aa  211  3e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.350273 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
509 aa  210  5e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5633  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
517 aa  207  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000615538  normal  0.236104 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1641  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.59 
 
 
488 aa  206  1e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119637  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1688  GntR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
491 aa  204  4e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.82306  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3289  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  31.38 
 
 
485 aa  202  9e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5056  regulatory protein, GntR  30.18 
 
 
520 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000152055  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2172  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
477 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3187  transcriptional regulator  30.62 
 
 
487 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.685376  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1714  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.27 
 
 
488 aa  201  3e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0550689  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1334  transcriptional regulator  30.36 
 
 
501 aa  199  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4510  transcriptional regulator  28.21 
 
 
489 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111052  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5504  transcriptional regulator, GntR family  29.56 
 
 
520 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1925  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 
488 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3105  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
501 aa  198  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1217  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
501 aa  198  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
496 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4374  putative transcriptional regulator, GntR family  28.87 
 
 
508 aa  195  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.36 
 
 
485 aa  196  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444902  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
501 aa  195  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4441  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.12 
 
 
490 aa  193  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.944559 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1208  GntR family transcriptional regulator  29.22 
 
 
574 aa  192  8e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0695  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
508 aa  192  8e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0519778  hitchhiker  0.00612564 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4245  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
493 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0459012 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4121  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
493 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.648363  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3272  transcriptional regulator  31.88 
 
 
493 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.831292 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71680  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
491 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2755  putative transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 
456 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.243959 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2689  GntR family transcriptional regulator  27.74 
 
 
498 aa  191  2.9999999999999997e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00169618  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1805  GntR family transcriptional regulator  29.24 
 
 
504 aa  191  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0760  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
490 aa  191  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.996679  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0801  regulatory protein GntR, HTH  28.14 
 
 
508 aa  190  5.999999999999999e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0129569  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4139  GntR family transcriptional regulator  29.01 
 
 
503 aa  189  7e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.5231  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0439  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  27.1 
 
 
517 aa  189  1e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1766  GntR family transcriptional regulator  29.36 
 
 
495 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0178968 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2233  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
488 aa  188  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.420665  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1857  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.65 
 
 
468 aa  187  3e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0222  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.24 
 
 
464 aa  187  4e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3329  GntR family transcriptional regulator  28.86 
 
 
515 aa  187  4e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.895754  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1600  GntR family regulatory protein  29.67 
 
 
493 aa  187  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0192  GntR family regulatory protein  29.67 
 
 
570 aa  186  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1990  GntR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
508 aa  186  7e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1682  transcriptional regulator  29.67 
 
 
493 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  29.03 
 
 
497 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0046  transcriptional regulator  27.86 
 
 
490 aa  186  1.0000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0170475 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0205  transcriptional regulator, GntR family  28.63 
 
 
463 aa  186  1.0000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000146418 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
490 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
492 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4514  transcriptional regulator  28.22 
 
 
509 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6226  transcriptional regulator  26.24 
 
 
509 aa  184  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3752  GntR family transcriptional regulator  27.48 
 
 
513 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.840218  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1952  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.72 
 
 
465 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00720437  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3136  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.45 
 
 
496 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3364  transcriptional regulator  28.81 
 
 
498 aa  183  5.0000000000000004e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0620  transcriptional regulator, GntR family  28.39 
 
 
466 aa  183  7e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2304  regulatory protein GntR, HTH  28.27 
 
 
475 aa  183  7e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0496  transcriptional regulator  28.18 
 
 
466 aa  182  1e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3267  transcriptional regulator  29.54 
 
 
492 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0347  GntR family transcriptional regulator  27.01 
 
 
519 aa  181  2.9999999999999997e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5126  GntR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
492 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.835239  normal  0.332894 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.63 
 
 
497 aa  180  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6219  putative transcriptional regulator  32.18 
 
 
491 aa  180  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03480  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
473 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000000129974 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>