More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3057 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
389 aa  787    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  44.85 
 
 
381 aa  301  1e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  36.18 
 
 
392 aa  257  2e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  36.57 
 
 
404 aa  242  7.999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  35.73 
 
 
385 aa  226  4e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 
390 aa  226  6e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 
390 aa  213  3.9999999999999995e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 
379 aa  147  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 
377 aa  144  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  30.13 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  26.94 
 
 
379 aa  117  5e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  24.3 
 
 
379 aa  116  6.9999999999999995e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 
390 aa  108  1e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  24.76 
 
 
406 aa  107  4e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  36.88 
 
 
375 aa  107  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  43.09 
 
 
373 aa  105  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 
371 aa  104  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  26.37 
 
 
399 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 
106 aa  99  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 
381 aa  97.4  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.8 
 
 
389 aa  90.9  3e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  48.24 
 
 
362 aa  89.4  9e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  39.62 
 
 
285 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  27 
 
 
385 aa  88.2  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.88 
 
 
389 aa  86.7  7e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  30.9 
 
 
328 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 
376 aa  82.8  0.000000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  48.28 
 
 
391 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 
383 aa  78.6  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 
377 aa  78.6  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  24.79 
 
 
392 aa  78.2  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  24.31 
 
 
370 aa  77.4  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.91 
 
 
398 aa  77  0.0000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 
393 aa  76.3  0.0000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  31.71 
 
 
335 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  32.21 
 
 
359 aa  75.5  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 
399 aa  75.1  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  31.45 
 
 
357 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  35.2 
 
 
364 aa  74.3  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
363 aa  72.4  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  34.58 
 
 
353 aa  70.1  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 
349 aa  69.7  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  26.71 
 
 
347 aa  68.6  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.58 
 
 
394 aa  67.4  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  25.82 
 
 
349 aa  66.2  0.0000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 
368 aa  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  31.15 
 
 
349 aa  65.1  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 
331 aa  65.1  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 
358 aa  64.7  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 
337 aa  64.3  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 
380 aa  63.9  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  30.77 
 
 
352 aa  62.8  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  32.11 
 
 
532 aa  62  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  36.78 
 
 
301 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  31.09 
 
 
492 aa  61.6  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4704  putative DNA-binding protein  32.14 
 
 
274 aa  61.2  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000153171  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4396  DNA-binding response regulator  36.46 
 
 
231 aa  60.5  0.00000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4237  DNA-binding response regulator  36.46 
 
 
231 aa  60.5  0.00000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4736  DNA-binding response regulator  36.46 
 
 
231 aa  60.5  0.00000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4614  DNA-binding response regulator  36.46 
 
 
231 aa  60.5  0.00000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4249  DNA-binding response regulator  36.46 
 
 
231 aa  60.5  0.00000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0692  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 
287 aa  60.1  0.00000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0906  helix-turn-helix domain-containing protein  33.03 
 
 
274 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  36.11 
 
 
332 aa  59.7  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 
513 aa  58.9  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 
274 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  25.78 
 
 
380 aa  59.7  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 
422 aa  59.7  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  28.36 
 
 
386 aa  59.3  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3508  AraC family transcriptional regulator  35.14 
 
 
196 aa  58.9  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0210792  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  35.16 
 
 
301 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 
544 aa  58.5  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3336  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 
367 aa  58.2  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  23.82 
 
 
397 aa  58.5  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06729  hypothetical protein  30.43 
 
 
288 aa  58.5  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0951  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 
571 aa  57.8  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00021324  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1509  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 
272 aa  58.2  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  33.71 
 
 
295 aa  57.8  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  35.63 
 
 
359 aa  58.2  0.0000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0876  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 
274 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00939857  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  38.64 
 
 
295 aa  57.4  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2239  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 
295 aa  57  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2007  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
529 aa  57  0.0000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  27.19 
 
 
515 aa  57  0.0000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2674  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 
271 aa  57  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3788  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  35.14 
 
 
198 aa  56.6  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2158  two component transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 
493 aa  56.6  0.0000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  34.07 
 
 
307 aa  56.2  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1459  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  36.28 
 
 
198 aa  56.2  0.0000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000164097 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 
277 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 
198 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  35.56 
 
 
261 aa  56.2  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2253  two component AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 
532 aa  55.8  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 
438 aa  56.2  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1770  transcriptional regulator, AraC family  27.07 
 
 
320 aa  55.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 
277 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3485  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 
198 aa  55.1  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.781082  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 
277 aa  55.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 
277 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3380  helix-turn-helix domain-containing protein  34.44 
 
 
288 aa  55.5  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>