More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2993 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  69.96 
 
 		 702 aa  1019    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 705 aa  1452    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  30.2 
 
 		 711 aa  288  2.9999999999999996e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 		 705 aa  273  7e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  26.68 
 
 		 725 aa  228  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0901  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 		 735 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2258  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 708 aa  217  5e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1883  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 702 aa  212  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.118236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1863  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 781 aa  207  7e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.150075  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03830  putative TonB-dependent receptor protein  25.54 
 
 		 670 aa  204  5e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 757 aa  194  4e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1609  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 684 aa  176  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.952193  normal  0.492474 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4534  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 779 aa  172  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.732299 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1896  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  23.62 
 
 		 687 aa  145  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0390326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 700 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 		 698 aa  124  5e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  22.94 
 
 		 694 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  23.02 
 
 		 706 aa  119  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  22.77 
 
 		 721 aa  118  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  22.77 
 
 		 706 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  22.77 
 
 		 706 aa  117  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  21.41 
 
 		 701 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  22.63 
 
 		 706 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 678 aa  110  6e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  23.59 
 
 		 700 aa  110  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  23.59 
 
 		 700 aa  110  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  22.59 
 
 		 710 aa  108  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  22.8 
 
 		 700 aa  108  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  22.73 
 
 		 700 aa  108  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  21.51 
 
 		 728 aa  107  7e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  22.66 
 
 		 700 aa  107  8e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  22.66 
 
 		 700 aa  107  9e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  22.61 
 
 		 706 aa  107  9e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  22.13 
 
 		 700 aa  105  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  23.31 
 
 		 700 aa  105  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  23.31 
 
 		 700 aa  105  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  22.99 
 
 		 681 aa  103  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 688 aa  101  4e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 705 aa  97.8  6e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  26.13 
 
 		 711 aa  97.4  8e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  22.77 
 
 		 742 aa  94.7  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3784  TonB-dependent siderophore receptor  23.13 
 
 		 807 aa  94  8e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2559  TonB-dependent siderophore receptor  25.81 
 
 		 708 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  22.47 
 
 		 721 aa  91.7  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3155  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  25.16 
 
 		 709 aa  91.3  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.990361 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  23.56 
 
 		 731 aa  91.3  5e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  22.03 
 
 		 715 aa  90.5  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  22.93 
 
 		 828 aa  89.7  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5774  TonB-dependent receptor plug  22.07 
 
 		 690 aa  89  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.872771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  21.71 
 
 		 721 aa  89  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1767  TonB-dependent siderophore receptor  23.58 
 
 		 748 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000312172  normal  0.573538 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1590  TonB-dependent siderophore receptor  22.06 
 
 		 737 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  20.28 
 
 		 680 aa  87  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1729  TonB-dependent siderophore receptor  23.46 
 
 		 749 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.775588  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  21.7 
 
 		 809 aa  87  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1724  TonB-dependent siderophore receptor  23.58 
 
 		 748 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000700289  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  23.43 
 
 		 828 aa  86.3  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2565  TonB-dependent siderophore receptor  23.43 
 
 		 740 aa  85.5  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000192113  hitchhiker  0.000234826 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0393  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 670 aa  85.5  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.431607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  21.73 
 
 		 739 aa  84.7  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  23.01 
 
 		 709 aa  84.7  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  21.25 
 
 		 697 aa  84.3  0.000000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  22.22 
 
 		 706 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  22.41 
 
 		 681 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  21.25 
 
 		 703 aa  82.4  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 777 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  21.88 
 
 		 688 aa  82.4  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5125  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 777 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1588  TonB-dependent receptor  22.3 
 
 		 716 aa  82.4  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3243  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 777 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00716389  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0219  enterobactin receptor protein  21.75 
 
 		 666 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0246836  normal  0.0975103 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4120  enterobactin receptor protein  21.68 
 
 		 666 aa  81.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000897059  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4241  enterobactin receptor protein  21.75 
 
 		 666 aa  81.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112255  hitchhiker  0.000515179 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  22.28 
 
 		 696 aa  81.6  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  21.44 
 
 		 809 aa  81.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  21.44 
 
 		 809 aa  81.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  21.72 
 
 		 743 aa  81.3  0.00000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  21.41 
 
 		 809 aa  81.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0217  enterobactin receptor protein  21.61 
 
 		 666 aa  80.9  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000171736  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2386  TonB-dependent siderophore receptor  22.71 
 
 		 742 aa  80.9  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000185534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  22.13 
 
 		 646 aa  80.5  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  22.79 
 
 		 675 aa  80.1  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  23.13 
 
 		 640 aa  80.5  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2458  TonB-dependent siderophore receptor  22.71 
 
 		 742 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0391  TonB-dependent siderophore receptor  27.63 
 
 		 712 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.196206  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2419  TonB-dependent siderophore receptor  22.07 
 
 		 696 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.56644  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4523  enterobactin receptor protein  21.91 
 
 		 663 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  23.56 
 
 		 730 aa  78.6  0.0000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3776  TonB-dependent siderophore receptor  22.11 
 
 		 707 aa  78.6  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658574  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02129  TonB-dependent receptor  22.54 
 
 		 667 aa  78.2  0.0000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220582  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3325  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  21.98 
 
 		 696 aa  78.2  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54373 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01505  putative TonB-dependent transmembrane receptor protein  22.41 
 
 		 803 aa  77.4  0.0000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 		 764 aa  76.6  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3503  enterobactin receptor protein  26.54 
 
 		 666 aa  77  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00217636  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0806  TonB-dependent receptor  22.15 
 
 		 743 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0805  TonB-dependent siderophore receptor  22.73 
 
 		 731 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  21.23 
 
 		 656 aa  76.3  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51930  TonB-dependent siderophore receptor  21.83 
 
 		 709 aa  75.9  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  22.78 
 
 		 712 aa  75.9  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3962  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 698 aa  75.5  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>