More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2930 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  60.38 
 
 		 522 aa  647    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.96 
 
 		 523 aa  644    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  89.71 
 
 		 528 aa  972    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 527 aa  1098    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  60.38 
 
 		 522 aa  645    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.77 
 
 		 522 aa  630  1e-179  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.67 
 
 		 522 aa  626  1e-178  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  56.92 
 
 		 522 aa  619  1e-176  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  56.92 
 
 		 522 aa  619  1e-176  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.79 
 
 		 526 aa  621  1e-176  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  57.61 
 
 		 522 aa  617  1e-175  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.94 
 
 		 522 aa  613  9.999999999999999e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  58.65 
 
 		 523 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.62 
 
 		 528 aa  596  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.24 
 
 		 527 aa  594  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  55.89 
 
 		 528 aa  592  1e-168  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.63 
 
 		 534 aa  584  1.0000000000000001e-165  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.76 
 
 		 518 aa  497  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.05 
 
 		 553 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.42 
 
 		 553 aa  293  6e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.27 
 
 		 548 aa  276  5e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.11 
 
 		 547 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.74 
 
 		 515 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.84 
 
 		 547 aa  271  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.5 
 
 		 573 aa  270  4e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.66 
 
 		 548 aa  268  2.9999999999999995e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.38 
 
 		 556 aa  265  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  36.73 
 
 		 547 aa  264  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.31 
 
 		 573 aa  263  8.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.82 
 
 		 526 aa  262  1e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.64 
 
 		 556 aa  262  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.82 
 
 		 526 aa  260  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.49 
 
 		 556 aa  256  8e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  36.29 
 
 		 563 aa  248  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  36.29 
 
 		 563 aa  248  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  36.29 
 
 		 563 aa  248  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.96 
 
 		 550 aa  247  4.9999999999999997e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  33.04 
 
 		 549 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.45 
 
 		 545 aa  242  1e-62  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.26 
 
 		 549 aa  234  3e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.24 
 
 		 533 aa  224  4e-57  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  31.75 
 
 		 573 aa  223  9e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.01 
 
 		 566 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.4 
 
 		 531 aa  220  5e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  29.17 
 
 		 570 aa  218  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.7 
 
 		 572 aa  216  8e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.47 
 
 		 573 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.29 
 
 		 561 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.41 
 
 		 563 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.9 
 
 		 566 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.42 
 
 		 559 aa  212  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.58 
 
 		 563 aa  212  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.36 
 
 		 565 aa  211  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.84 
 
 		 569 aa  210  4e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.9 
 
 		 545 aa  209  7e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.15 
 
 		 578 aa  209  7e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.57 
 
 		 582 aa  208  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.52 
 
 		 579 aa  207  4e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.45 
 
 		 565 aa  206  1e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.12 
 
 		 579 aa  204  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.25 
 
 		 567 aa  204  4e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.91 
 
 		 755 aa  202  9e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.84 
 
 		 572 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.42 
 
 		 562 aa  200  7e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.7 
 
 		 545 aa  199  7e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.22 
 
 		 540 aa  199  9e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  27.72 
 
 		 565 aa  199  9e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.72 
 
 		 536 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.94 
 
 		 533 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.9 
 
 		 570 aa  198  2.0000000000000003e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.37 
 
 		 539 aa  197  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.43 
 
 		 538 aa  197  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.53 
 
 		 539 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.53 
 
 		 539 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.53 
 
 		 539 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.67 
 
 		 570 aa  197  6e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.07 
 
 		 561 aa  196  6e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.3 
 
 		 533 aa  196  7e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.3 
 
 		 533 aa  196  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  31.01 
 
 		 549 aa  195  2e-48  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.45 
 
 		 574 aa  195  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  28.72 
 
 		 558 aa  193  6e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.25 
 
 		 569 aa  192  1e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.68 
 
 		 539 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.97 
 
 		 561 aa  190  5e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  30.88 
 
 		 539 aa  188  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.84 
 
 		 572 aa  187  3e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.9 
 
 		 573 aa  187  4e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.52 
 
 		 570 aa  187  4e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.75 
 
 		 570 aa  186  8e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  26.97 
 
 		 561 aa  186  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.32 
 
 		 539 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  27.57 
 
 		 574 aa  186  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.39 
 
 		 533 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.69 
 
 		 534 aa  185  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.77 
 
 		 579 aa  183  5.0000000000000004e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.62 
 
 		 570 aa  182  9.000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  29 
 
 		 551 aa  182  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.88 
 
 		 544 aa  182  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  30.8 
 
 		 537 aa  182  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>