More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2825 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 223 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  90.99 
 
 		 223 aa  412  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  87.84 
 
 		 223 aa  400  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  84.68 
 
 		 223 aa  389  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  84.3 
 
 		 223 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  84.3 
 
 		 223 aa  385  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  83.86 
 
 		 223 aa  382  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  82.96 
 
 		 223 aa  380  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  83.41 
 
 		 223 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  83.41 
 
 		 223 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  83.41 
 
 		 223 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  83.41 
 
 		 223 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  81.98 
 
 		 233 aa  370  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  75.57 
 
 		 223 aa  353  1e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  73.87 
 
 		 224 aa  336  1.9999999999999998e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  69.59 
 
 		 227 aa  300  9e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  60 
 
 		 222 aa  265  2.9999999999999995e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  54.03 
 
 		 224 aa  238  4e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  48.54 
 
 		 223 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 239 aa  177  8e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 229 aa  171  7.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 240 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 206 aa  169  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  41.18 
 
 		 225 aa  168  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 226 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  38.81 
 
 		 222 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 226 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 226 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  44 
 
 		 232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  37.81 
 
 		 222 aa  162  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  43.22 
 
 		 268 aa  159  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 226 aa  159  4e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 222 aa  154  8e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 231 aa  153  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 217 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  45.41 
 
 		 225 aa  149  4e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 230 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 267 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  38.38 
 
 		 226 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 226 aa  145  6e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 247 aa  142  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 229 aa  142  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 214 aa  141  7e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 260 aa  137  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 245 aa  132  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  40.1 
 
 		 242 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 257 aa  124  9e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 230 aa  122  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  36 
 
 		 257 aa  122  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  34.78 
 
 		 232 aa  119  3e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 234 aa  115  6.9999999999999995e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 236 aa  112  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 219 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 219 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 213 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4095  GntR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  37.37 
 
 		 231 aa  110  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 213 aa  109  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 232 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1008  putative glycosyltransferase  31.47 
 
 		 219 aa  108  6e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.120442  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  32.49 
 
 		 217 aa  107  1e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2320  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 207 aa  106  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0628  GntR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 213 aa  105  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 209 aa  105  7e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 229 aa  104  9e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 222 aa  104  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4088  transcriptional regulator, GntR family  35.07 
 
 		 236 aa  103  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 222 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 251 aa  103  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 224 aa  102  7e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  33.64 
 
 		 245 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  34.29 
 
 		 245 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2466  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 213 aa  98.2  8e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 221 aa  97.8  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 221 aa  97.8  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  37.18 
 
 		 218 aa  97.4  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 215 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 215 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 222 aa  96.3  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 248 aa  95.5  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  34.58 
 
 		 237 aa  95.5  6e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2595  GntR domain protein  34.43 
 
 		 227 aa  94.4  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.709124  normal  0.171909 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 218 aa  93.6  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 235 aa  93.6  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 235 aa  93.6  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 226 aa  93.2  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 230 aa  93.2  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2775  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 211 aa  93.2  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  32.45 
 
 		 222 aa  92.4  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  29.96 
 
 		 232 aa  91.7  8e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  31.77 
 
 		 222 aa  91.3  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  30.58 
 
 		 233 aa  90.9  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1961  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 227 aa  89.7  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0634218  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1887  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 219 aa  89.7  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000514659  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 245 aa  89  6e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>