164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2793 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2793  porin  100 
 
 		 350 aa  710    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  29.64 
 
 		 368 aa  138  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000197819  unclonable  2.8842300000000004e-18 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2050  porin  33.72 
 
 		 376 aa  135  9.999999999999999e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.946286  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  31.23 
 
 		 339 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0822  porin  31.87 
 
 		 359 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0594  porin  30.54 
 
 		 354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000227625  unclonable  3.1886500000000004e-18 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  30.36 
 
 		 342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1114  porin  26.3 
 
 		 365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.600912 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  28.13 
 
 		 367 aa  108  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  26.4 
 
 		 362 aa  97.8  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  26.33 
 
 		 349 aa  91.3  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  28.01 
 
 		 374 aa  86.7  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  26.69 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  24.02 
 
 		 366 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  29.57 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4097  outer membrane porin  24.61 
 
 		 374 aa  79  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.552753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  27.38 
 
 		 336 aa  78.6  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  26.53 
 
 		 336 aa  77  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  27.12 
 
 		 327 aa  76.6  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  27.51 
 
 		 357 aa  75.1  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  28.57 
 
 		 351 aa  74.3  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  27.09 
 
 		 315 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  26.71 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  25.52 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6530  outer membrane protein, (porin)-like  26.76 
 
 		 417 aa  72  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  26.47 
 
 		 316 aa  72  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  25.74 
 
 		 329 aa  72  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  25.68 
 
 		 340 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  28.05 
 
 		 362 aa  71.2  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  27.36 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  27.23 
 
 		 362 aa  68.9  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  26.46 
 
 		 316 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  26.78 
 
 		 317 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  26.33 
 
 		 314 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  25.32 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  25.96 
 
 		 338 aa  64.7  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1907  porin  21.56 
 
 		 371 aa  64.7  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.178405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0024  porin Gram-negative type  28.92 
 
 		 350 aa  64.3  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.133917 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  25 
 
 		 314 aa  64.3  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  24.68 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  23.16 
 
 		 340 aa  62.4  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3474  porin  24.32 
 
 		 384 aa  62.4  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00203539  normal  0.190966 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  24.74 
 
 		 314 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  25.34 
 
 		 372 aa  62.4  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  24.74 
 
 		 314 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4878  porin  25.6 
 
 		 382 aa  62  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  25.67 
 
 		 313 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  24.74 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  28.57 
 
 		 342 aa  62  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  28.62 
 
 		 344 aa  60.1  0.00000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3605  OmpC family outer membrane porin  26.09 
 
 		 355 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000104312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  28.67 
 
 		 348 aa  58.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2038  porin  23.62 
 
 		 360 aa  58.2  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  28 
 
 		 370 aa  57.4  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3122  periplasmic-binding protein  29.28 
 
 		 413 aa  57.8  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00833115  normal  0.0608186 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  24.27 
 
 		 353 aa  57.4  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  24.72 
 
 		 347 aa  57  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  25.72 
 
 		 347 aa  57  0.0000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  24.74 
 
 		 348 aa  56.6  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  24.16 
 
 		 344 aa  56.2  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  22.25 
 
 		 356 aa  55.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  25.14 
 
 		 372 aa  55.5  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  27.62 
 
 		 348 aa  55.1  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  33.82 
 
 		 344 aa  55.1  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  24.06 
 
 		 358 aa  54.3  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  23.64 
 
 		 359 aa  54.7  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3127  porin Gram-negative type  25.26 
 
 		 333 aa  54.3  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.970335  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  26 
 
 		 344 aa  54.3  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  23.84 
 
 		 335 aa  53.5  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  24.56 
 
 		 352 aa  53.5  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3132  porin  23.73 
 
 		 376 aa  53.1  0.000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.011649  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0158  porin Gram-negative type  23.17 
 
 		 347 aa  52.8  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  21.92 
 
 		 356 aa  52.8  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  21.92 
 
 		 356 aa  52.8  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  21.92 
 
 		 356 aa  52.8  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  26.06 
 
 		 360 aa  52.4  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  25.78 
 
 		 354 aa  51.2  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5786  porin  23.16 
 
 		 358 aa  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10486  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2569  porin  27.57 
 
 		 365 aa  51.6  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.0000000237522  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  25.69 
 
 		 352 aa  51.2  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0545  OmpC family outer membrane porin  21.43 
 
 		 352 aa  51.2  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3095  putative outer membrane porin  24.93 
 
 		 391 aa  50.4  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  23.86 
 
 		 338 aa  50.1  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2036  putative outer membrane porin  24.93 
 
 		 375 aa  50.1  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0071  OmpC family outer membrane porin  28.89 
 
 		 380 aa  50.1  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.192485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  28.4 
 
 		 358 aa  50.1  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1060  putative outer membrane porin  25.22 
 
 		 376 aa  50.1  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1346  putative outer membrane porin  25.22 
 
 		 376 aa  50.1  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.80313  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2327  putative outer membrane porin  25.22 
 
 		 376 aa  50.1  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1434  putative porin protein  25.22 
 
 		 379 aa  50.1  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  24.01 
 
 		 350 aa  50.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  24.01 
 
 		 350 aa  50.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6498  porin  26.46 
 
 		 390 aa  49.7  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0845493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  24.91 
 
 		 351 aa  49.7  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  28.78 
 
 		 344 aa  49.7  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  23.01 
 
 		 342 aa  49.7  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  24.04 
 
 		 326 aa  49.7  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  24.86 
 
 		 354 aa  49.3  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5190  outer membrane porin  23.48 
 
 		 371 aa  49.3  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.353922 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  26.15 
 
 		 379 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>