More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2677 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  648    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  79.33 
 
 		 310 aa  486  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  71.33 
 
 		 306 aa  443  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  69.33 
 
 		 335 aa  434  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 313 aa  428  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  64.61 
 
 		 313 aa  429  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  64.59 
 
 		 313 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  64.26 
 
 		 313 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  64.59 
 
 		 313 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 311 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  62.42 
 
 		 311 aa  418  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  62.42 
 
 		 311 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  66.22 
 
 		 243 aa  321  9.000000000000001e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 320 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  44.41 
 
 		 322 aa  256  3e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 313 aa  255  9e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  42.11 
 
 		 327 aa  248  1e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  41.45 
 
 		 323 aa  244  9.999999999999999e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 330 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 323 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  42.43 
 
 		 322 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 323 aa  241  1e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 327 aa  239  5.999999999999999e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  42.11 
 
 		 323 aa  237  2e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  40.67 
 
 		 321 aa  236  4e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 318 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 323 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 323 aa  232  6e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 321 aa  232  8.000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 319 aa  227  2e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 319 aa  227  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 319 aa  228  2e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  42.11 
 
 		 326 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  37.09 
 
 		 285 aa  192  6e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 313 aa  157  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06876  transcriptional regulator  46.15 
 
 		 160 aa  155  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  30.62 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.27 
 
 		 321 aa  146  5e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 306 aa  145  9e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.37 
 
 		 321 aa  144  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  32.08 
 
 		 306 aa  144  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 315 aa  142  5e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 311 aa  143  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  32.66 
 
 		 313 aa  142  6e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 312 aa  141  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  28.94 
 
 		 323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.63 
 
 		 319 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 305 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 301 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.38 
 
 		 319 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.38 
 
 		 319 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.38 
 
 		 319 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  30.38 
 
 		 319 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.38 
 
 		 319 aa  139  8.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.38 
 
 		 319 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 319 aa  138  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  30.59 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  31.63 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.2 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.2 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.2 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.2 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.2 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 306 aa  138  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  32.26 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  29.69 
 
 		 319 aa  136  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 312 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 333 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 316 aa  135  9e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  30.46 
 
 		 319 aa  135  9e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 301 aa  135  9e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 315 aa  134  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 322 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 314 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>