More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2531 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  100 
 
 
347 aa  709    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  71.14 
 
 
343 aa  513  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  61.47 
 
 
347 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  60.54 
 
 
368 aa  424  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  60.64 
 
 
350 aa  421  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  59.16 
 
 
342 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  59.16 
 
 
342 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  59.16 
 
 
342 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  59.16 
 
 
342 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  56.93 
 
 
342 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  57.96 
 
 
342 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  57.73 
 
 
319 aa  393  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  57.81 
 
 
308 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  53.01 
 
 
340 aa  363  3e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  50 
 
 
339 aa  348  1e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  46.94 
 
 
355 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  37.43 
 
 
351 aa  230  3e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  35.89 
 
 
355 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  34.36 
 
 
355 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  33.54 
 
 
355 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  34.46 
 
 
354 aa  192  7e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  31.45 
 
 
353 aa  191  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  34.62 
 
 
355 aa  189  8e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  35.08 
 
 
354 aa  187  2e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  32.83 
 
 
355 aa  183  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  33.01 
 
 
352 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  31.89 
 
 
328 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  33.23 
 
 
350 aa  175  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  32.34 
 
 
353 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  30.95 
 
 
351 aa  172  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  32.06 
 
 
353 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  31.95 
 
 
352 aa  166  4e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  30.41 
 
 
349 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  34.96 
 
 
348 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  30.59 
 
 
340 aa  162  9e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  31.18 
 
 
341 aa  161  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  31.36 
 
 
372 aa  159  6e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  33.12 
 
 
333 aa  158  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  31.12 
 
 
337 aa  156  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  30.81 
 
 
341 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  30.81 
 
 
341 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  32.92 
 
 
359 aa  155  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  30.52 
 
 
341 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  46.58 
 
 
460 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  45.96 
 
 
466 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  31.65 
 
 
369 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  27.86 
 
 
360 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  30.7 
 
 
341 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  31.65 
 
 
369 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  31.27 
 
 
352 aa  153  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  28.93 
 
 
355 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  30.42 
 
 
343 aa  151  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  30.22 
 
 
334 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  30.52 
 
 
341 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  29.74 
 
 
341 aa  150  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  28.93 
 
 
355 aa  149  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  30.45 
 
 
341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  29 
 
 
337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  30.7 
 
 
341 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  30.7 
 
 
341 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  30 
 
 
339 aa  145  8.000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  28.86 
 
 
341 aa  145  9e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  30.26 
 
 
339 aa  144  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  29.68 
 
 
352 aa  143  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  30.41 
 
 
341 aa  144  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  37.61 
 
 
518 aa  143  5e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  27.73 
 
 
352 aa  142  7e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  27.73 
 
 
352 aa  142  9e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  42.57 
 
 
344 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  27.7 
 
 
341 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  29.74 
 
 
342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  43.11 
 
 
477 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  38.86 
 
 
346 aa  140  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  40.51 
 
 
578 aa  140  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
362 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  40.88 
 
 
668 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.94 
 
 
820 aa  139  4.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  43.89 
 
 
457 aa  139  7e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  36.84 
 
 
574 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  38.95 
 
 
451 aa  139  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.18 
 
 
316 aa  138  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  30.34 
 
 
559 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  28.4 
 
 
504 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  41.44 
 
 
671 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.69 
 
 
307 aa  137  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  38.02 
 
 
487 aa  138  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  42.94 
 
 
443 aa  138  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  42.02 
 
 
538 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.96 
 
 
550 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  46.15 
 
 
630 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  40.41 
 
 
626 aa  136  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  40.57 
 
 
768 aa  136  5e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  37.23 
 
 
360 aa  136  5e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  35.27 
 
 
583 aa  135  9e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  36.89 
 
 
446 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  36.73 
 
 
642 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  40.4 
 
 
578 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  34.29 
 
 
464 aa  134  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  44.38 
 
 
382 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  34.78 
 
 
460 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>