More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2479 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2020  seryl-tRNA synthetase  88.55 
 
 
428 aa  795  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  5.21115e-07  hitchhiker  0.00090554 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1776  seryl-tRNA synthetase  80.37 
 
 
428 aa  744  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0781762  hitchhiker  0.00882047 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1055  seryl-tRNA synthetase  70.7 
 
 
430 aa  645  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.208173  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2479  seryl-tRNA synthetase  100 
 
 
428 aa  879  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00110643  hitchhiker  4.82447e-06 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1844  seryl-tRNA synthetase  73.33 
 
 
435 aa  650  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0308873  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2227  seryl-tRNA synthetase  70.7 
 
 
430 aa  645  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.495423  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2703  seryl-tRNA synthetase  70.7 
 
 
430 aa  645  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.48584  normal  0.850161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2009  seryl-tRNA synthetase  84.35 
 
 
428 aa  764  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000634653  hitchhiker  0.000399612 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2007  seryl-tRNA synthetase  83.18 
 
 
428 aa  755  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000156378  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1799  seryl-tRNA synthetase  82.48 
 
 
428 aa  749  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0591455  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1666  seryl-tRNA synthetase  71.73 
 
 
428 aa  656  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.746595  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2456  seryl-tRNA synthetase  69.7 
 
 
432 aa  638  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00287072  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2319  seryl-tRNA synthetase  84.11 
 
 
428 aa  766  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  1.45216e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1747  seryl-tRNA synthetase  80.61 
 
 
428 aa  728  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.387448  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2435  seryl-tRNA synthetase  70.47 
 
 
430 aa  642  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.881624  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1417  seryl-tRNA synthetase  69.77 
 
 
430 aa  635  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1967  seryl-tRNA synthetase  84.35 
 
 
428 aa  764  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000578776  normal  0.974041 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0997  seryl-tRNA synthetase  70.93 
 
 
430 aa  650  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.964875  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2195  seryl-tRNA synthetase  83.41 
 
 
428 aa  760  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  5.18192e-05  normal  0.265088 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00904  hypothetical protein  70.7 
 
 
430 aa  645  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.178726  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2160  seryl-tRNA synthetase  84.35 
 
 
428 aa  768  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0336189  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2681  seryl-tRNA synthetase  71.4 
 
 
430 aa  647  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.252056  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2593  seryl-tRNA synthetase  71.4 
 
 
430 aa  647  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2310  seryl-tRNA synthetase  83.64 
 
 
428 aa  759  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0968  seryl-tRNA synthetase  70.7 
 
 
430 aa  645  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.246515  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0998  seryl-tRNA synthetase  70.7 
 
 
430 aa  645  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0131648  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02111  seryl-tRNA synthetase  72.66 
 
 
430 aa  654  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000240259  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2229  seryl-tRNA synthetase  87.85 
 
 
428 aa  785  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0252643  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0968  seryl-tRNA synthetase  70.93 
 
 
430 aa  650  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.462799  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2054  seryl-tRNA synthetase  84.35 
 
 
428 aa  764  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00569868  hitchhiker  0.000126187 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2750  seryl-tRNA synthetase  70.7 
 
 
430 aa  645  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00225777  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2131  seryl-tRNA synthetase  93.22 
 
 
428 aa  826  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0131347  normal  0.0177706 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1077  seryl-tRNA synthetase  70.7 
 
 
430 aa  647  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.788445 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1616  seryl-tRNA synthetase  71.4 
 
 
430 aa  647  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.466666  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00897  seryl-tRNA synthetase  70.7 
 
 
430 aa  645  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.210113  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1028  seryl-tRNA synthetase  70.93 
 
 
430 aa  650  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1062  seryl-tRNA synthetase  70.93 
 
 
430 aa  650  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2211  seryl-tRNA synthetase  84.11 
 
 
428 aa  766  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  9.08788e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1722  seryl-tRNA synthetase  69.84 
 
 
431 aa  632  1e-180  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1075  seryl-tRNA synthetase  69.23 
 
 
429 aa  632  1e-180  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0171622  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1686  seryl-tRNA synthetase  69.53 
 
 
430 aa  632  1e-180  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.162047 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1990  seryl-tRNA synthetase  70.3 
 
 
431 aa  633  1e-180  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0628  seryl-tRNA synthetase  69.2 
 
 
435 aa  630  1e-179  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0256221  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01800  seryl-tRNA synthetase  68.97 
 
 
435 aa  624  1e-178  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003876  seryl-tRNA synthetase  68.74 
 
 
435 aa  622  1e-177  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00729663  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2353  seryl-tRNA synthetase  68.45 
 
 
431 aa  620  1e-176  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2257  seryl-tRNA synthetase  69.37 
 
 
431 aa  618  1e-176  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.510223  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2755  seryl-tRNA synthetase  67.37 
 
 
426 aa  608  1e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.958971  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1229  seryl-tRNA synthetase  64.4 
 
 
427 aa  581  1e-165  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3175  seryl-tRNA synthetase  64.57 
 
 
426 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.499903  normal  0.106811 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3345  seryl-tRNA synthetase  64.57 
 
 
426 aa  579  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0468703  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1699  seryl-tRNA synthetase  63.79 
 
 
424 aa  579  1e-164  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.849075 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4000  seryl-tRNA synthetase  64.02 
 
 
426 aa  577  1e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.279963  hitchhiker  0.00302148 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3404  seryl-tRNA synthetase  64.02 
 
 
426 aa  575  1e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.25013 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3605  seryl-tRNA synthetase  64.25 
 
 
426 aa  575  1e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.837669 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2419  seryl-tRNA synthetase  62.62 
 
 
433 aa  574  1e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0778112  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0500  seryl-tRNA synthetase  61.92 
 
 
433 aa  573  1e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0912435  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0979  seryl-tRNA synthetase  61.92 
 
 
433 aa  573  1e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1833  seryl-tRNA synthetase  63.79 
 
 
426 aa  574  1e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  decreased coverage  8.44174e-05 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4082  seryl-tRNA synthetase  61.68 
 
 
433 aa  574  1e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.159254  normal  0.389584 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0940  seryl-tRNA synthetase  62.15 
 
 
433 aa  573  1e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.874713  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3072  seryl-tRNA synthetase  61.45 
 
 
433 aa  568  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0946131  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3582  seryl-tRNA synthetase  63.79 
 
 
426 aa  571  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0780205  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2986  seryl-tRNA synthetase  61.68 
 
 
433 aa  568  1e-161  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.340897  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2118  seryl-tRNA synthetase  61.45 
 
 
433 aa  568  1e-161  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.510487  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0839  seryl-tRNA synthetase  61.68 
 
 
433 aa  568  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0851  seryl-tRNA synthetase  61.45 
 
 
433 aa  569  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165217  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2384  seryl-tRNA synthetase  63.08 
 
 
426 aa  568  1e-161  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00617953 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0794  seryl-tRNA synthetase  61.45 
 
 
433 aa  568  1e-161  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1189  seryl-tRNA synthetase  63.76 
 
 
426 aa  570  1e-161  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.520559  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1986  seryl-tRNA synthetase  61.45 
 
 
433 aa  568  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2626  seryl-tRNA synthetase  61.45 
 
 
433 aa  568  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.18292  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3038  seryl-tRNA synthetase  61.45 
 
 
433 aa  568  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1565  seryl-tRNA synthetase  61.31 
 
 
433 aa  569  1e-161  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.382494  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0695  seryl-tRNA synthetase  62.36 
 
 
435 aa  565  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30330  seryl-tRNA synthetase  63.55 
 
 
426 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.705305  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2594  seryl-tRNA synthetase  62.5 
 
 
434 aa  565  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.365068  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2596  seryl-tRNA synthetase  63.08 
 
 
426 aa  563  1e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.359075  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28180  seryl-tRNA synthetase  62.47 
 
 
426 aa  561  1e-159  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.044076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2315  seryl-tRNA synthetase  63.7 
 
 
425 aa  563  1e-159  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00701941  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2551  seryl-tRNA synthetase  61.98 
 
 
438 aa  560  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1971  seryl-tRNA synthetase  61.86 
 
 
427 aa  559  1e-158  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.140828  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2337  seryl-tRNA synthetase  62.73 
 
 
438 aa  559  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.252974 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1044  seryl-tRNA synthetase  60.05 
 
 
431 aa  557  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.682379 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3435  seryl-tRNA synthetase  60.51 
 
 
431 aa  557  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.280613  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0642  seryl-tRNA synthetase  58.88 
 
 
432 aa  553  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.586932  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1300  seryl-tRNA synthetase  63.06 
 
 
427 aa  554  1e-156  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.341204  normal  0.68468 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1547  seryl-tRNA synthetase  60.89 
 
 
424 aa  552  1e-156  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1159  seryl-tRNA synthetase  62.12 
 
 
436 aa  554  1e-156  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0553122 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1129  seryl-tRNA synthetase  62.33 
 
 
432 aa  553  1e-156  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.645427 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2145  seryl-tRNA synthetase  61.06 
 
 
438 aa  552  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119162  normal  0.699626 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1697  seryl-tRNA synthetase  60.76 
 
 
426 aa  549  1e-155  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1560  seryl-tRNA synthetase  61.59 
 
 
431 aa  545  1e-154  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0886  seryl-tRNA synthetase  60.99 
 
 
429 aa  547  1e-154  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.609092 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2535  seryl-tRNA synthetase  62 
 
 
426 aa  542  1e-153  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0771698  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1908  seryl-tRNA synthetase  62.9 
 
 
438 aa  542  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.301857  hitchhiker  8.78717e-06 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3767  seryl-tRNA synthetase  61.7 
 
 
439 aa  544  1e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1036  seryl-tRNA synthetase  61.08 
 
 
427 aa  542  1e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1618  seryl-tRNA synthetase  59.58 
 
 
427 aa  538  1e-152  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.697706 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3252  seryl-tRNA synthetase  61.03 
 
 
433 aa  536  1e-151  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00693553  hitchhiker  1.88332e-06 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>