More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2415 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2415  C32 tRNA thiolase  100 
 
 		 319 aa  665    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.170221  decreased coverage  0.000000170238 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2221  C32 tRNA thiolase  86.52 
 
 		 316 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2224  C32 tRNA thiolase  84.64 
 
 		 311 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00242897  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1841  C32 tRNA thiolase  81.01 
 
 		 323 aa  550  1e-156  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000126519  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1995  C32 tRNA thiolase  80.32 
 
 		 317 aa  544  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0619881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1801  C32 tRNA thiolase  79.43 
 
 		 319 aa  545  1e-154  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.313433 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2016  C32 tRNA thiolase  78.55 
 
 		 322 aa  542  1e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000499451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1959  C32 tRNA thiolase  78.55 
 
 		 322 aa  542  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791076 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2117  C32 tRNA thiolase  78.55 
 
 		 322 aa  542  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0387293 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2224  C32 tRNA thiolase  78.55 
 
 		 322 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000167986  normal  0.0826377 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2210  C32 tRNA thiolase  78.23 
 
 		 322 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000285606  normal  0.272334 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2160  C32 tRNA thiolase  78.55 
 
 		 322 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00960533  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4497  C32 tRNA thiolase  77.92 
 
 		 310 aa  534  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2211  C32 tRNA thiolase  77.92 
 
 		 310 aa  534  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000587998  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2354  C32 tRNA thiolase  80.07 
 
 		 310 aa  533  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1949  C32 tRNA thiolase  77.92 
 
 		 310 aa  533  1e-150  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2020  C32 tRNA thiolase  78.41 
 
 		 312 aa  533  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2225  C32 tRNA thiolase  64.26 
 
 		 310 aa  401  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.28353 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1203  C32 tRNA thiolase  70.98 
 
 		 274 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4076  C32 tRNA thiolase  70.98 
 
 		 274 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1243  C32 tRNA thiolase  71.37 
 
 		 274 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000805224 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2962  C32 tRNA thiolase  71.76 
 
 		 274 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.828296  normal  0.0229557 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4186  C32 tRNA thiolase  70.98 
 
 		 274 aa  394  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.610238  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1641  C32 tRNA thiolase  70.59 
 
 		 274 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.822283  normal  0.200546 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48870  C32 tRNA thiolase  70.98 
 
 		 274 aa  394  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000116894  hitchhiker  0.0000000652379 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1793  C32 tRNA thiolase  63.32 
 
 		 302 aa  395  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003477  tRNA(Cytosine32)-2-thiocytidine synthetase  61.86 
 
 		 297 aa  396  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0168289  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02293  C32 tRNA thiolase  62.2 
 
 		 297 aa  393  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3705  C32 tRNA thiolase  70.2 
 
 		 274 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248731  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4232  C32 tRNA thiolase  69.8 
 
 		 274 aa  392  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.636295  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1043  C32 tRNA thiolase  65.2 
 
 		 310 aa  393  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00286005  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0875  PP-loop  66.54 
 
 		 284 aa  391  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00139883  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1573  C32 tRNA thiolase  58.41 
 
 		 307 aa  390  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.539766  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33230  C32 tRNA thiolase  69.8 
 
 		 274 aa  388  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.259091  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1684  hypothetical protein  69.02 
 
 		 274 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1773  C32 tRNA thiolase  63.97 
 
 		 313 aa  382  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1778  C32 tRNA thiolase  63.74 
 
 		 311 aa  381  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.446502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2230  PP-loop domain-containing protein  64.31 
 
 		 279 aa  382  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.259403  normal  0.653141 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2598  C32 tRNA thiolase  64.58 
 
 		 311 aa  382  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1774  C32 tRNA thiolase  65.91 
 
 		 311 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.075518 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1681  C32 tRNA thiolase  65.91 
 
 		 311 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.0209698 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1837  C32 tRNA thiolase  65.91 
 
 		 311 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.555568  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01321  predicted C32 tRNA thiolase  64.23 
 
 		 311 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2299  PP-loop domain protein  64.23 
 
 		 311 aa  380  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00162169  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2316  C32 tRNA thiolase  63.6 
 
 		 311 aa  379  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.415676  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2974  PP-loop family protein  62.55 
 
 		 314 aa  379  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1558  C32 tRNA thiolase  63.74 
 
 		 311 aa  380  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1589  C32 tRNA thiolase  64.23 
 
 		 311 aa  380  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1777  C32 tRNA thiolase  65.91 
 
 		 311 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.101816 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2281  C32 tRNA thiolase  63.74 
 
 		 311 aa  380  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.787518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1499  C32 tRNA thiolase  65.91 
 
 		 311 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1993  C32 tRNA thiolase  63.74 
 
 		 311 aa  380  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.800343 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2064  PP-loop superfamily ATPase  63.5 
 
 		 318 aa  380  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1461  C32 tRNA thiolase  63.74 
 
 		 311 aa  380  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01331  hypothetical protein  64.23 
 
 		 311 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2607  C32 tRNA thiolase  63.08 
 
 		 310 aa  380  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.560057 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2142  C32 tRNA thiolase  61.75 
 
 		 311 aa  377  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.614557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2198  PP-loop domain-containing protein  63.41 
 
 		 309 aa  376  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.256426  normal  0.397615 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1802  C32 tRNA thiolase  64.89 
 
 		 313 aa  371  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2206  C32 tRNA thiolase  64.89 
 
 		 313 aa  371  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.840796 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1596  ATPase  64.12 
 
 		 302 aa  372  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.612685  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1738  C32 tRNA thiolase  61.84 
 
 		 313 aa  374  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1912  C32 tRNA thiolase  64.89 
 
 		 313 aa  371  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0974  PP-loop domain protein  63.6 
 
 		 309 aa  368  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02065  C32 tRNA thiolase  62.09 
 
 		 317 aa  370  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00588797  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2975  C32 tRNA thiolase  63.3 
 
 		 331 aa  366  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3027  C32 tRNA thiolase  62.92 
 
 		 334 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2890  C32 tRNA thiolase  62.92 
 
 		 340 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.735906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0772  C32 tRNA thiolase  59.81 
 
 		 381 aa  364  1e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.26194  normal  0.702409 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0509  C32 tRNA thiolase  62.17 
 
 		 298 aa  363  2e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.252102  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0778  C32 tRNA thiolase  65.3 
 
 		 381 aa  360  1e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.344606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0516  C32 tRNA thiolase  63.36 
 
 		 314 aa  360  1e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.366068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3054  C32 tRNA thiolase  62.55 
 
 		 331 aa  360  2e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.31194  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2880  hypothetical protein  62.16 
 
 		 289 aa  360  2e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2039  C32 tRNA thiolase  62.55 
 
 		 331 aa  360  2e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.605016  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3381  C32 tRNA thiolase  62.55 
 
 		 331 aa  360  2e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0000151455  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0519  C32 tRNA thiolase  62.55 
 
 		 331 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.339453  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0327  C32 tRNA thiolase  62.55 
 
 		 331 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0340  C32 tRNA thiolase  62.55 
 
 		 331 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0290  C32 tRNA thiolase  62.17 
 
 		 331 aa  360  2e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.583518  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0184  C32 tRNA thiolase  64.26 
 
 		 314 aa  360  2e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2366  C32 tRNA thiolase  61.94 
 
 		 326 aa  360  2e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53458  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2892  C32 tRNA thiolase  61.42 
 
 		 336 aa  360  2e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00588342 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2980  C32 tRNA thiolase  61.94 
 
 		 331 aa  360  2e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2245  C32 tRNA thiolase  62.55 
 
 		 331 aa  360  2e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.705781  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3000  C32 tRNA thiolase  61.94 
 
 		 331 aa  359  4e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6329  C32 tRNA thiolase  60.43 
 
 		 331 aa  359  4e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.577363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4089  C32 tRNA thiolase  57.95 
 
 		 311 aa  359  4e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0227  C32 tRNA thiolase  63.45 
 
 		 312 aa  358  7e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.384347  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3730  C32 tRNA thiolase  61.42 
 
 		 336 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0526035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0206  C32 tRNA thiolase  61.42 
 
 		 336 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1750  C32 tRNA thiolase  67.63 
 
 		 368 aa  355  3.9999999999999996e-97  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000779647 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1896  C32 tRNA thiolase  67.36 
 
 		 289 aa  355  5.999999999999999e-97  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.318261 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0068  C32 tRNA thiolase  63.2 
 
 		 315 aa  355  5.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0060  C32 tRNA thiolase  63.2 
 
 		 315 aa  354  1e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.867348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0695  C32 tRNA thiolase  64.14 
 
 		 317 aa  354  1e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.283768  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4143  C32 tRNA thiolase  57.45 
 
 		 287 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0863  C32 tRNA thiolase  63.18 
 
 		 314 aa  352  2.9999999999999997e-96  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1405  C32 tRNA thiolase  64.73 
 
 		 274 aa  353  2.9999999999999997e-96  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.237455 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0175  C32 tRNA thiolase  62.8 
 
 		 312 aa  352  7e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.186206 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>