35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2401 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  100 
 
 		 428 aa  870    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000579977  hitchhiker  0.00170597 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0590  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.86 
 
 		 385 aa  125  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.021151  normal  0.572596 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1590  porin  29.03 
 
 		 377 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0885726 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2346  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.03 
 
 		 394 aa  108  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.222275  normal  0.578852 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2164  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.99 
 
 		 382 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.407836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1377  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.17 
 
 		 379 aa  89.7  9e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0007  putative outer membrane protein  23.6 
 
 		 374 aa  87  6e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.338152  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1637  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.29 
 
 		 372 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.381986 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1417  FadL family outer membrane protein  27.38 
 
 		 386 aa  84  0.000000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.377987 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1580  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.43 
 
 		 407 aa  72  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0010116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1416  putative outer membrane protein  24.77 
 
 		 404 aa  70.9  0.00000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.39768 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3059  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.52 
 
 		 442 aa  62.8  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.292585  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26 
 
 		 450 aa  58.5  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.59 
 
 		 424 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1947  long-chain fatty acid ABC transporter  22.14 
 
 		 514 aa  57  0.0000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3342  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.34 
 
 		 436 aa  56.2  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15331  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.91 
 
 		 421 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  25 
 
 		 423 aa  53.1  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.6 
 
 		 421 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.72 
 
 		 401 aa  51.6  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  22.01 
 
 		 422 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.81 
 
 		 364 aa  50.8  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.29 
 
 		 421 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1948  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  20.42 
 
 		 519 aa  49.3  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.59 
 
 		 400 aa  48.5  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0068  aromatic hydrocarbon degradation protein  28.16 
 
 		 417 aa  46.6  0.0008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.952244  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  25.48 
 
 		 405 aa  45.8  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  23.44 
 
 		 424 aa  43.9  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0035  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.29 
 
 		 459 aa  43.9  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.29 
 
 		 448 aa  43.9  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1579  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.58 
 
 		 460 aa  43.9  0.006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0371318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.29 
 
 		 448 aa  43.5  0.007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3234  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.05 
 
 		 420 aa  43.1  0.01  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5070  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.43 
 
 		 437 aa  43.1  0.01  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0344553 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2682  long-chain fatty acid transport protein  23.49 
 
 		 345 aa  43.1  0.01  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0586571  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>