More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2122 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2122  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 231 aa  481  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00660884  normal  0.0855219 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2494  two component transcriptional regulator  89.96 
 
 		 232 aa  435  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00298377  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1791  two component transcriptional regulator  84.72 
 
 		 230 aa  411  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000231936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2450  two component transcriptional regulator, winged helix family  85.46 
 
 		 230 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000016563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2518  two component transcriptional regulator  84.72 
 
 		 230 aa  407  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0122186  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1827  two component transcriptional regulator  85.46 
 
 		 230 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0283431  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1875  two component transcriptional regulator  85.46 
 
 		 230 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00450797  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2193  DNA-binding response regulator  84.14 
 
 		 230 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1738  two component transcriptional regulator  85.02 
 
 		 230 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.485524  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2202  two component transcriptional regulator  84.58 
 
 		 230 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0636153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2279  two component transcriptional regulator  84.58 
 
 		 230 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00696203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1623  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  84.58 
 
 		 229 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314496  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2412  two component transcriptional regulator  85.02 
 
 		 230 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000515704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2005  response regulator receiver protein  79.91 
 
 		 231 aa  384  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.209106 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1840  two component transcriptional regulator  84.39 
 
 		 227 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3982  DNA-binding response regulator  68 
 
 		 238 aa  337  9.999999999999999e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3920  two component transcriptional regulator  64.6 
 
 		 237 aa  318  5e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03557  two component transcriptional regulator, winged helix family  63.72 
 
 		 229 aa  310  1e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000983286  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1016  response regulator receiver domain-containing protein  58.77 
 
 		 230 aa  288  4e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3685  two component transcriptional regulator  56.64 
 
 		 233 aa  285  2.9999999999999996e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.934173  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0074  two component transcriptional regulator  45.15 
 
 		 236 aa  192  4e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1884  two component transcriptional regulator  45.22 
 
 		 233 aa  191  6e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  43.22 
 
 		 233 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  43.78 
 
 		 233 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3571  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 233 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2441  two component transcriptional regulator  42.31 
 
 		 233 aa  181  9.000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.325552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7367  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 233 aa  177  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.06 
 
 		 231 aa  177  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.02112 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0212  two component transcriptional regulator  40.68 
 
 		 233 aa  176  2e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0361  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.16 
 
 		 233 aa  176  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.324623  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  41.1 
 
 		 233 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  42.8 
 
 		 239 aa  176  4e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  42.8 
 
 		 239 aa  176  4e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3422  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 241 aa  175  4e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0111  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 233 aa  176  4e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953605 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  42.17 
 
 		 239 aa  176  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0044  two component response regulator  41.42 
 
 		 240 aa  175  6e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3089  two component transcriptional regulator  41.35 
 
 		 236 aa  175  6e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.63756 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1975  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.67 
 
 		 236 aa  174  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2741  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.299643 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  40.6 
 
 		 232 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  39.15 
 
 		 235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0597  two component transcriptional regulator  41.45 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 235 aa  172  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0463  two component transcriptional regulator  41.03 
 
 		 233 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.966783  normal  0.711351 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0367  winged helix family two component transcriptional regulator  41.03 
 
 		 233 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0127671 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0348  transcriptional regulatory protein  41.45 
 
 		 233 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.242627 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0443  two component transcriptional regulator  41.45 
 
 		 233 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1400  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.34 
 
 		 237 aa  169  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.435154 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1238  response regulator receiver  40.34 
 
 		 237 aa  169  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1179  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.34 
 
 		 237 aa  169  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.566879  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2907  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 		 250 aa  169  4e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0225  two component transcriptional regulator  40.59 
 
 		 238 aa  168  7e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0106464 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5433  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.59 
 
 		 238 aa  168  7e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.177781  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3252  two component transcriptional regulator  41.84 
 
 		 240 aa  167  9e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2047  two component transcriptional regulator  40.26 
 
 		 236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50343  normal  0.117999 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3969  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.92 
 
 		 244 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.966692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1332  transcriptional regulatory protein BvrR  39.39 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4296  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.92 
 
 		 250 aa  162  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1203  two component transcriptional regulator  37.66 
 
 		 233 aa  148  9e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.856614  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  36.21 
 
 		 232 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.39 
 
 		 233 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.56 
 
 		 234 aa  134  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  34.2 
 
 		 229 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0753  putative response regulator  37.77 
 
 		 240 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  35.78 
 
 		 229 aa  133  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02230  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  35.24 
 
 		 229 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.07 
 
 		 229 aa  133  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  36.09 
 
 		 230 aa  133  3e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  34.38 
 
 		 229 aa  133  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  34.07 
 
 		 229 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  34.07 
 
 		 229 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  34.07 
 
 		 229 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  34.07 
 
 		 229 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.75 
 
 		 235 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.09 
 
 		 227 aa  132  5e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  35.4 
 
 		 229 aa  132  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1349  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.23 
 
 		 237 aa  131  6.999999999999999e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.421984 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  34.07 
 
 		 229 aa  131  6.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02200  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  35.4 
 
 		 231 aa  131  1.0000000000000001e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.17 
 
 		 237 aa  130  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.5 
 
 		 226 aa  130  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.1 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  35.78 
 
 		 229 aa  129  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  35.34 
 
 		 234 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0793  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.23 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.91 
 
 		 234 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  36.52 
 
 		 229 aa  129  6e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.78 
 
 		 230 aa  128  6e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0088  two component transcriptional regulator  33.77 
 
 		 228 aa  128  6e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0253  DNA-binding response regulator PhoB  35.06 
 
 		 229 aa  128  6e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1751  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.5 
 
 		 234 aa  129  6e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5456  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.62 
 
 		 251 aa  128  7.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.228477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  34.21 
 
 		 230 aa  128  8.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  34.5 
 
 		 230 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1508  two component transcriptional regulator  37.12 
 
 		 237 aa  128  9.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  33.77 
 
 		 240 aa  127  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.5 
 
 		 242 aa  127  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3872  two component transcriptional regulator  35.06 
 
 		 229 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0547348  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  36.4 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>