More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2007 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 		 403 aa  836    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  38.9 
 
 		 384 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  38.76 
 
 		 390 aa  268  2e-70  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0821  L-tyrosine decarboxylase  38.9 
 
 		 384 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.750414  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  35.13 
 
 		 395 aa  265  1e-69  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  38.9 
 
 		 384 aa  265  1e-69  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  35.45 
 
 		 384 aa  265  1e-69  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  35.71 
 
 		 363 aa  262  6.999999999999999e-69  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.895699 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  36.53 
 
 		 379 aa  261  2e-68  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  39.69 
 
 		 384 aa  259  8e-68  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  34.84 
 
 		 365 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1436  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.42 
 
 		 374 aa  241  1e-62  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.687898  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  34.75 
 
 		 365 aa  236  4e-61  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  33.25 
 
 		 365 aa  228  1e-58  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  32.63 
 
 		 369 aa  222  9e-57  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.61 
 
 		 365 aa  217  2.9999999999999998e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.99 
 
 		 361 aa  212  7.999999999999999e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  34.99 
 
 		 355 aa  201  9.999999999999999e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  33.15 
 
 		 349 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  30.9 
 
 		 349 aa  185  1.0000000000000001e-45  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.83 
 
 		 500 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1867  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.16 
 
 		 498 aa  162  1e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1072  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.85 
 
 		 474 aa  157  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2190  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.75 
 
 		 474 aa  154  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2562  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.72 
 
 		 468 aa  154  4e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000400331  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0159  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.21 
 
 		 513 aa  151  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1873  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.77 
 
 		 472 aa  150  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.044289  normal  0.812242 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15730  predicted protein  35.51 
 
 		 442 aa  145  1e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0024811  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3073  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.65 
 
 		 514 aa  140  3.9999999999999997e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.441347  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0806  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.68 
 
 		 411 aa  140  6e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168032 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2597  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.39 
 
 		 498 aa  139  7.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3961  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.94 
 
 		 478 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3418  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.01 
 
 		 472 aa  137  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.3739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0311  sphingosine-1-phosphate lyase  29.23 
 
 		 473 aa  132  9e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0935746  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87778  dihydrosphingosine-1-phosphate lyase  34.9 
 
 		 603 aa  132  2.0000000000000002e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119543  Sphingosine-1-phosphate lyase  32.13 
 
 		 532 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0309  sphingosine-1-phosphate lyase  31.01 
 
 		 473 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1039  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.96 
 
 		 412 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0451  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.85 
 
 		 425 aa  128  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0038225 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1139  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  31.85 
 
 		 473 aa  125  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.428342  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2756  sphingosine-1-phosphate lyase  31.85 
 
 		 473 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2912  sphingosine-1-phosphate lyase  31.85 
 
 		 473 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0389716  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH00560  sphinganine-1-phosphate aldolase, putative  28.62 
 
 		 546 aa  124  3e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22660  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  31.05 
 
 		 483 aa  123  6e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2761  sphingosine-1-phosphate lyase  31.05 
 
 		 498 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1143  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  31.05 
 
 		 473 aa  123  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764219  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2918  sphingosine-1-phosphate lyase  31.45 
 
 		 485 aa  123  7e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0389  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.15 
 
 		 499 aa  122  9e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2341  glutamate decarboxylase  27.51 
 
 		 466 aa  113  5e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0367356  normal  0.0856253 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01989  conserved hypothetical protein similar to dihydrosphingosine phosphate lyase (Eurofung)  30.71 
 
 		 572 aa  109  9.000000000000001e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.108973 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5339  glutamate decarboxylase  25.76 
 
 		 468 aa  109  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.43 
 
 		 500 aa  108  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172466 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3373  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.67 
 
 		 494 aa  108  2e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0563875  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0045  glutamate decarboxylase  26.04 
 
 		 468 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4374  glutamate decarboxylase  28.18 
 
 		 466 aa  108  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.777962 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3997  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.01 
 
 		 516 aa  107  3e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.167245  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4546  pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain protein  29.37 
 
 		 472 aa  106  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0851794  normal  0.218359 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03063  glutamate decarboxylase  27.21 
 
 		 464 aa  105  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1581  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.1 
 
 		 475 aa  104  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1469  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.12 
 
 		 549 aa  104  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.899491  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2953  glutamate decarboxylase  26.07 
 
 		 464 aa  103  5e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL03700  glutamate decarboxylase, putative  25.61 
 
 		 557 aa  102  1e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03700  glutamate decarboxylase, putative  25.61 
 
 		 557 aa  102  1e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.22 
 
 		 490 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1574  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.5 
 
 		 549 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2774  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.5 
 
 		 549 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267346 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1603  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.5 
 
 		 549 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00702468  normal  0.288093 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1769  glutamate decarboxylase, putative  27.92 
 
 		 533 aa  100  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.52 
 
 		 466 aa  100  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1569  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.5 
 
 		 549 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.77 
 
 		 495 aa  99.8  9e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4739  glutamate decarboxylase  25.77 
 
 		 464 aa  99.4  9e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0981  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.6 
 
 		 541 aa  99.4  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.77 
 
 		 495 aa  99.4  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18041  glutamate decarboxylase  28.05 
 
 		 479 aa  99.4  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.171895 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3467  glutamate decarboxylase  25 
 
 		 457 aa  98.2  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.43113  normal  0.0785631 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.14 
 
 		 550 aa  98.6  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2520  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.56 
 
 		 549 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.212789 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2686  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.38 
 
 		 549 aa  98.6  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.06 
 
 		 551 aa  98.6  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1483  glutamate decarboxylase  26.4 
 
 		 463 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.66379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.63 
 
 		 488 aa  97.8  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2588  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.56 
 
 		 549 aa  97.8  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2102  hypothetical protein  30.74 
 
 		 605 aa  97.1  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2128  hypothetical protein  30.74 
 
 		 605 aa  97.1  5e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1172  glutamate decarboxylase  26.26 
 
 		 461 aa  97.1  5e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615591  normal  0.0977769 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  25.53 
 
 		 468 aa  97.1  5e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1145  glutamate decarboxylase  26.26 
 
 		 461 aa  97.1  5e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1162  glutamate decarboxylase  26.26 
 
 		 461 aa  97.1  5e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.824661 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0372  glutamate decarboxylase  27.33 
 
 		 466 aa  97.1  6e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.231865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3826  glutamate decarboxylase  27.48 
 
 		 461 aa  96.7  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  26.74 
 
 		 543 aa  95.5  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1197  glutamate decarboxylase beta  26.3 
 
 		 464 aa  96.3  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8660  glutamate decarboxylase  24.57 
 
 		 463 aa  95.9  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0551  glutamate decarboxylase  27.48 
 
 		 461 aa  95.9  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1766  glutamate decarboxylase  26.18 
 
 		 460 aa  95.5  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.184514 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2535  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.5 
 
 		 546 aa  95.1  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  29.02 
 
 		 515 aa  95.5  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1200  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.18 
 
 		 560 aa  94  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2715  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.96 
 
 		 548 aa  93.6  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.288765  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>