More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1947 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  84.22 
 
 
377 aa  662  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  100 
 
 
395 aa  815  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  3.27314e-07  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  71.93 
 
 
396 aa  606  1e-172  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.13322e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  71.14 
 
 
395 aa  605  1e-172  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  9.82897e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  70.03 
 
 
424 aa  575  1e-163  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  71.39 
 
 
411 aa  572  1e-162  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.14496e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  69.5 
 
 
430 aa  572  1e-162  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  71.39 
 
 
438 aa  573  1e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  8.84934e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  69.76 
 
 
424 aa  571  1e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  7.46143e-05  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  71.24 
 
 
438 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.26618e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  71.39 
 
 
436 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  68.98 
 
 
433 aa  561  1e-159  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  69.89 
 
 
439 aa  560  1e-158  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  2.38033e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  66.14 
 
 
415 aa  540  1e-152  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2141  lytic murein transglycosylase  65.22 
 
 
437 aa  540  1e-152  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  4.51146e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  58.97 
 
 
401 aa  482  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  7.48498e-08  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  55.44 
 
 
421 aa  446  1e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  56.13 
 
 
428 aa  442  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  49.87 
 
 
410 aa  397  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1316  putative peptidoglycan-binding protein  48.25 
 
 
427 aa  378  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  47.91 
 
 
409 aa  373  1e-102  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  9.29833e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  49.73 
 
 
400 aa  369  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  46.84 
 
 
395 aa  368  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  45.33 
 
 
434 aa  327  2e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  43.44 
 
 
454 aa  322  9e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  42.89 
 
 
417 aa  319  6e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  42.7 
 
 
470 aa  302  7e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  41.73 
 
 
427 aa  300  2e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  42.27 
 
 
432 aa  298  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  42.53 
 
 
398 aa  298  1e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  42.09 
 
 
430 aa  298  1e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  41.71 
 
 
438 aa  298  1e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  41.96 
 
 
457 aa  296  5e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  42.47 
 
 
421 aa  296  5e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  41.13 
 
 
398 aa  296  6e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  40.31 
 
 
409 aa  295  8e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  41.13 
 
 
398 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  40.72 
 
 
398 aa  293  3e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  41.69 
 
 
417 aa  292  6e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  41.69 
 
 
419 aa  292  7e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0959  lytic murein transglycosylase  40.47 
 
 
404 aa  292  7e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  38.72 
 
 
445 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0041  lytic murein transglycosylase  40.57 
 
 
398 aa  290  3e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.765237  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  41.78 
 
 
474 aa  289  7e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  38.46 
 
 
415 aa  288  1e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  40.05 
 
 
445 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  41.29 
 
 
422 aa  287  3e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  39.67 
 
 
440 aa  286  4e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  41.5 
 
 
466 aa  285  7e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5203  lytic murein transglycosylase  41.75 
 
 
398 aa  285  8e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.511887 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4736  lytic murein transglycosylase  41.75 
 
 
398 aa  285  1e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  39.89 
 
 
434 aa  283  3e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  39.47 
 
 
438 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  39.5 
 
 
455 aa  280  3e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1075  lytic murein transglycosylase  41.36 
 
 
349 aa  279  5e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00383925  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3516  putative transglycosylase  41.25 
 
 
347 aa  278  1e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.112608  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1704  lytic murein transglycosylase  40.45 
 
 
400 aa  275  8e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.030456  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  40.38 
 
 
418 aa  274  2e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  38.9 
 
 
438 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  40.16 
 
 
413 aa  272  7e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  38.64 
 
 
438 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  38.64 
 
 
438 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0775  lytic murein transglycosylase  38.46 
 
 
451 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  37.6 
 
 
443 aa  271  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  39.94 
 
 
448 aa  270  3e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  38.06 
 
 
461 aa  270  3e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  39.94 
 
 
448 aa  270  3e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  39.62 
 
 
413 aa  270  4e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03307  transglycolase  39.14 
 
 
720 aa  268  1e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0752099  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  39.39 
 
 
429 aa  266  4e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4521  lytic murein transglycosylase  38.67 
 
 
464 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1132  lytic murein transglycosylase  38.46 
 
 
481 aa  265  1e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3645  lytic murein transglycosylase  39.63 
 
 
419 aa  265  1e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0107772  normal  0.911576 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1543  putative lytic murein transglycosylase  40.57 
 
 
323 aa  263  3e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  5.90177e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6960  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative signal peptide  37.57 
 
 
464 aa  262  8e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  38.9 
 
 
438 aa  262  8e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  38.42 
 
 
411 aa  262  9e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  40.98 
 
 
418 aa  261  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4363  lytic murein transglycosylase  37.57 
 
 
469 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.831397  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2957  lytic murein transglycosylase  37.85 
 
 
470 aa  259  5e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.344089  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004084  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  38.8 
 
 
323 aa  259  7e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00180088  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01388  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  38.49 
 
 
323 aa  258  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  37.33 
 
 
462 aa  257  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  38.06 
 
 
417 aa  257  3e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  37.33 
 
 
413 aa  257  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1069  hypothetical protein  39.94 
 
 
324 aa  256  4e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.912642  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1233  lytic murein transglycosylase  39.52 
 
 
405 aa  256  4e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0329877 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4047  lytic murein transglycosylase  39.95 
 
 
423 aa  255  1e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1375  lytic murein transglycosylase  37.74 
 
 
412 aa  255  1e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.399813  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  37.23 
 
 
424 aa  255  1e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4881  lytic murein transglycosylase  37.13 
 
 
442 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  36.8 
 
 
425 aa  253  5e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0286  lytic murein transglycosylase  38.19 
 
 
474 aa  253  5e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0852  type III helper protein HopAJ1  36.56 
 
 
413 aa  252  6e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2243  hypothetical protein  37.4 
 
 
412 aa  252  7e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2522  lytic murein transglycosylase  40.06 
 
 
406 aa  251  2e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2026  lytic murein transglycosylase  35.77 
 
 
394 aa  250  3e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460264  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1952  transglycolase  36.22 
 
 
491 aa  248  1e-64  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135275  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1092  lytic murein transglycosylase  36.71 
 
 
434 aa  247  2e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  39.02 
 
 
429 aa  248  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>