62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1756 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.41 
 
 
1125 bp  731  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  5.74895e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.56 
 
 
1125 bp  686  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  1.18913e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  84.74 
 
 
1134 bp  868  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.59 
 
 
1125 bp  747  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.63226e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1756    100 
 
 
1133 bp  2246  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.38862e-07  hitchhiker  0.00517032 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.71 
 
 
1125 bp  700  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  6.52098e-07  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.61 
 
 
1125 bp  692  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.28041e-06  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.68 
 
 
1125 bp  755  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  1.35544e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.29 
 
 
1125 bp  704  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.68 
 
 
1125 bp  755  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.5 
 
 
1125 bp  739  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  3.11087e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.86 
 
 
1125 bp  771  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.09087e-05  hitchhiker  1.08069e-07 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  85.36 
 
 
1134 bp  924  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  80.99 
 
 
1125 bp  492  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  80.4 
 
 
1125 bp  468  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  6.54614e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  80.07 
 
 
1134 bp  448  1e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  3.97481e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  80.06 
 
 
1128 bp  125  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  80.06 
 
 
1128 bp  125  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0464  queuine tRNA-ribosyltransferase  86.57 
 
 
1128 bp  123  1e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.992026  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0445  queuine tRNA-ribosyltransferase  86.57 
 
 
1128 bp  123  1e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0451  queuine tRNA-ribosyltransferase  85.82 
 
 
1128 bp  115  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0945287  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0270  queuine tRNA-ribosyltransferase  79.77 
 
 
1140 bp  97.6  7e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.147453  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2647  queuine tRNA-ribosyltransferase  86.11 
 
 
1146 bp  95.6  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  9.56702e-08  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  85.98 
 
 
1125 bp  93.7  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.937214  normal  0.212389 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004367  tRNA-guanine transglycosylase  77.73 
 
 
1149 bp  91.7  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0875  queuine tRNA-ribosyltransferase  80.63 
 
 
1128 bp  85.7  3e-14  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.68635  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3227  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.84 
 
 
1128 bp  83.8  1e-13  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  1.87089e-06 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0325  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.84 
 
 
1128 bp  83.8  1e-13  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0486  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.84 
 
 
1128 bp  83.8  1e-13  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00358  hypothetical protein  82.84 
 
 
1128 bp  83.8  1e-13  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.575633  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0436  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.84 
 
 
1128 bp  83.8  1e-13  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0476  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.84 
 
 
1128 bp  83.8  1e-13  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.84 
 
 
1128 bp  83.8  1e-13  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00354  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.84 
 
 
1128 bp  83.8  1e-13  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520405  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1315  queuine tRNA-ribosyltransferase  85.15 
 
 
1131 bp  81.8  4e-13  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  78.99 
 
 
1125 bp  75.8  2e-11  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0438  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.09 
 
 
1128 bp  75.8  2e-11  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  79.31 
 
 
1128 bp  69.9  2e-09  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2214  queuine tRNA-ribosyltransferase  85.54 
 
 
1125 bp  69.9  2e-09  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00238944  normal  0.155586 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4621  queuine tRNA-ribosyltransferase  84.88 
 
 
1134 bp  67.9  6e-09  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.559921 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1703  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.17 
 
 
1152 bp  65.9  2e-08  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.108277  normal  0.62465 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01046  queuine tRNA-ribosyltransferase  91.49 
 
 
1137 bp  61.9  4e-07  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  94.59 
 
 
1158 bp  58  6e-06  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0833  queuine tRNA-ribosyltransferase  81.73 
 
 
1116 bp  56  2e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.936074  normal  0.0233256 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2456  queuine tRNA-ribosyltransferase  92.5 
 
 
1104 bp  56  2e-05  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.359127  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0863  queuine tRNA-ribosyltransferase  81.73 
 
 
1134 bp  56  2e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0876  queuine tRNA-ribosyltransferase  81.73 
 
 
1134 bp  56  2e-05  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.321375 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3123  queuine tRNA-ribosyltransferase  77.82 
 
 
1125 bp  54  9e-05  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00561158  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3264  queuine tRNA-ribosyltransferase  77.82 
 
 
1125 bp  54  9e-05  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000400897  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3384  queuine tRNA-ribosyltransferase  77.82 
 
 
1125 bp  54  9e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000344335  normal  0.488605 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  80.7 
 
 
1164 bp  52  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1524  queuine tRNA-ribosyltransferase  81.37 
 
 
1152 bp  52  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000558338  normal  0.0203734 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0584  queuine tRNA-ribosyltransferase  90.24 
 
 
1122 bp  50.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0414152  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1302  queuine tRNA-ribosyltransferase  90.24 
 
 
1203 bp  50.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0632  queuine tRNA-ribosyltransferase  90.24 
 
 
1179 bp  50.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1506  queuine tRNA-ribosyltransferase  90.24 
 
 
1158 bp  50.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.966603 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14600  queuine tRNA-ribosyltransferase  86.79 
 
 
1119 bp  50.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4345  queuine tRNA-ribosyltransferase  80.77 
 
 
1134 bp  48.1  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  3.30572e-06 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2906  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.82 
 
 
1164 bp  48.1  0.006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.905549  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1215  queuine tRNA-ribosyltransferase  88.64 
 
 
1158 bp  48.1  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.557932 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  85 
 
 
1146 bp  48.1  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0699  queuine tRNA-ribosyltransferase  88.64 
 
 
1215 bp  48.1  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>