119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1650 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  100 
 
 		 179 aa  370  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  62.01 
 
 		 173 aa  236  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  61.8 
 
 		 175 aa  228  4e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  58.79 
 
 		 179 aa  218  5e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  57.06 
 
 		 168 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  56.57 
 
 		 168 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  56.57 
 
 		 168 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  56.5 
 
 		 168 aa  211  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  56.9 
 
 		 166 aa  209  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  54.8 
 
 		 166 aa  204  5e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  53.67 
 
 		 168 aa  202  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  54.8 
 
 		 166 aa  202  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  54.8 
 
 		 166 aa  202  3e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  52.27 
 
 		 166 aa  189  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  50 
 
 		 170 aa  180  9.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  50.85 
 
 		 167 aa  176  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  32.2 
 
 		 177 aa  97.8  7e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  33.91 
 
 		 174 aa  95.9  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  32.54 
 
 		 162 aa  94.4  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  32.54 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  32.54 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  32.54 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  32.54 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  32.54 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  32.54 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  32.54 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  32.54 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  32.54 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  33.92 
 
 		 170 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  30.54 
 
 		 182 aa  92.8  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  31.64 
 
 		 163 aa  92.8  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  33.53 
 
 		 162 aa  93.2  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  33.53 
 
 		 162 aa  93.2  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  33.53 
 
 		 162 aa  93.2  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  33.53 
 
 		 162 aa  93.2  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  31.95 
 
 		 162 aa  92.8  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  33.53 
 
 		 162 aa  92.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  30.46 
 
 		 169 aa  91.7  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  32.35 
 
 		 162 aa  90.1  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  31.98 
 
 		 178 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  28.99 
 
 		 153 aa  89.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  31.93 
 
 		 162 aa  89  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  30.06 
 
 		 182 aa  87.8  7e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  30.64 
 
 		 175 aa  87.8  8e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  29.65 
 
 		 165 aa  87.4  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  33.33 
 
 		 167 aa  86.7  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  33.33 
 
 		 167 aa  86.3  2e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  32 
 
 		 166 aa  84.7  6e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  31.58 
 
 		 170 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  30.86 
 
 		 166 aa  84  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  31.36 
 
 		 162 aa  84  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  30.12 
 
 		 184 aa  80.5  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  31.43 
 
 		 162 aa  79.7  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  31.43 
 
 		 161 aa  79.7  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  28.92 
 
 		 174 aa  77  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  30.86 
 
 		 162 aa  76.6  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  29.48 
 
 		 165 aa  75.9  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  30.36 
 
 		 173 aa  71.6  0.000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  27.01 
 
 		 196 aa  68.2  0.00000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  26.92 
 
 		 197 aa  67.8  0.00000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  28.32 
 
 		 194 aa  65.1  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  28.41 
 
 		 168 aa  63.2  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  26.29 
 
 		 184 aa  61.6  0.000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  25.57 
 
 		 172 aa  58.5  0.00000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  25.95 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  26.04 
 
 		 170 aa  57.8  0.00000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  25.29 
 
 		 174 aa  57.4  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  28.81 
 
 		 182 aa  56.6  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  26.14 
 
 		 180 aa  56.6  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  25.9 
 
 		 174 aa  56.6  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  25.61 
 
 		 169 aa  56.2  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  22.99 
 
 		 170 aa  52.4  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  25.32 
 
 		 154 aa  51.2  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  26.57 
 
 		 190 aa  49.7  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0204  NusG antitermination factor  26.06 
 
 		 188 aa  49.7  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  27.17 
 
 		 243 aa  50.1  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6062  NusG antitermination factor  23.91 
 
 		 273 aa  48.5  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.275139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  25.5 
 
 		 161 aa  48.9  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1321  transcription antitermination protein NusG  24.84 
 
 		 176 aa  47.8  0.00008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000116235  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2226  NusG antitermination factor  23.84 
 
 		 179 aa  47.4  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0470266 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0176  transcription antitermination protein NusG  27.1 
 
 		 176 aa  47.4  0.0001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0141603  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2276  NusG antitermination factor  23.84 
 
 		 179 aa  47  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2364  NusG antitermination factor  23.84 
 
 		 179 aa  47  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0318836  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2130  NusG antitermination factor  24.87 
 
 		 176 aa  47  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0645684  normal  0.768925 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1549  transcription antitermination protein nusG  23.28 
 
 		 234 aa  46.6  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.671844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0568  transcription antitermination protein nusG  23.2 
 
 		 277 aa  46.6  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2167  transcription antitermination protein nusG  24.31 
 
 		 176 aa  46.2  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  24.49 
 
 		 160 aa  46.6  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3938  transcription termination/antitermination factor NusG  25.28 
 
 		 242 aa  46.2  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  24.71 
 
 		 194 aa  46.6  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2445  NusG antitermination factor  24.58 
 
 		 172 aa  47  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.012878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0058  transcriptional activator  31.37 
 
 		 159 aa  45.8  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4330  NusG antitermination factor  25.28 
 
 		 242 aa  46.2  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  22.73 
 
 		 176 aa  46.2  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1587  transcription antitermination protein nusG  25 
 
 		 179 aa  45.8  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  24.02 
 
 		 194 aa  45.1  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  25 
 
 		 189 aa  45.1  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0444  transcription antitermination protein NusG  25.49 
 
 		 176 aa  45.1  0.0006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00370515  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2398  NusG antitermination factor  24.47 
 
 		 196 aa  44.7  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134344  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  25.62 
 
 		 185 aa  44.3  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>