More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1255 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
176 aa  361  4e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.36012e-08  hitchhiker  5.12506e-05 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  92.05 
 
 
176 aa  337  4e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  3.39506e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  88.64 
 
 
176 aa  328  3e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  1.45643e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  86.36 
 
 
176 aa  326  1e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.54206e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  78.98 
 
 
176 aa  304  3e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  81.82 
 
 
176 aa  305  3e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  4.58928e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  81.82 
 
 
176 aa  305  3e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  81.82 
 
 
176 aa  305  3e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  4.16795e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  81.82 
 
 
176 aa  305  3e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.26118e-07  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  81.82 
 
 
176 aa  304  5e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  5.49178e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  80.11 
 
 
176 aa  299  1e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  80.11 
 
 
176 aa  299  1e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  8.28768e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  80.11 
 
 
176 aa  299  1e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  4.99984e-08  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1358  16S rRNA-processing protein RimM  79.55 
 
 
177 aa  298  3e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  80.68 
 
 
176 aa  296  9e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  79.55 
 
 
176 aa  295  2e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  2.27208e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  50.59 
 
 
182 aa  208  4e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  53.49 
 
 
182 aa  207  7e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  50.29 
 
 
182 aa  207  8e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.44425e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  50.29 
 
 
183 aa  207  8e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  50.29 
 
 
182 aa  207  8e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.59397e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  50.29 
 
 
182 aa  207  8e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  50.29 
 
 
183 aa  207  8e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  50.29 
 
 
182 aa  207  8e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  50.29 
 
 
182 aa  207  8e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  50.29 
 
 
182 aa  207  8e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  50.29 
 
 
182 aa  207  8e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  50.57 
 
 
176 aa  206  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  52.33 
 
 
182 aa  204  4e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  50.59 
 
 
182 aa  204  5e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  50.29 
 
 
183 aa  204  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  50.29 
 
 
183 aa  204  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  50.29 
 
 
183 aa  204  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  50.29 
 
 
183 aa  204  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  50.29 
 
 
183 aa  204  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  52.25 
 
 
177 aa  203  1e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  52.84 
 
 
184 aa  202  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.52452e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  48.54 
 
 
182 aa  201  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  47.7 
 
 
182 aa  200  8e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.99239e-06  hitchhiker  6.59128e-05 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  47.95 
 
 
182 aa  200  1e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  47.95 
 
 
182 aa  200  1e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  48.24 
 
 
182 aa  197  6e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  53.41 
 
 
175 aa  197  6e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  50 
 
 
175 aa  197  7e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  47.65 
 
 
182 aa  197  7e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  48.3 
 
 
176 aa  191  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  48.55 
 
 
175 aa  187  5e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  2.44736e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  47.73 
 
 
173 aa  183  1e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0197  16S rRNA processing protein RimM  41.28 
 
 
175 aa  164  5e-40  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0648  16S rRNA processing protein RimM  47.43 
 
 
181 aa  159  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.144328  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  42.22 
 
 
178 aa  155  4e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  5.59239e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3769  16S rRNA processing protein RimM  37.71 
 
 
181 aa  152  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  1.83564e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  40.24 
 
 
175 aa  152  3e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  40.34 
 
 
175 aa  148  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  41.04 
 
 
167 aa  145  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3015  16S rRNA-processing protein RimM  37.43 
 
 
184 aa  143  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00120588  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  39.43 
 
 
178 aa  141  6e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0885  16S rRNA processing protein RimM  39.55 
 
 
170 aa  141  6e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230501  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  38.37 
 
 
178 aa  135  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  37.14 
 
 
172 aa  131  4e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0465  hypothetical protein  36.36 
 
 
169 aa  131  5e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0441  hypothetical protein  36.36 
 
 
169 aa  131  5e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  36.69 
 
 
178 aa  131  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  36.69 
 
 
178 aa  129  2e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  36.69 
 
 
178 aa  129  2e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 
175 aa  128  4e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 
175 aa  127  7e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  35.23 
 
 
179 aa  126  2e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
183 aa  125  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  38.73 
 
 
168 aa  125  4e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 
178 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0551  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 
168 aa  124  7e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.44188e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  34.46 
 
 
170 aa  124  7e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  34.66 
 
 
179 aa  124  8e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1630  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 
168 aa  123  1e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  5.68977e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  36.63 
 
 
164 aa  122  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  3.77156e-08  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  36.16 
 
 
180 aa  122  4e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 
178 aa  120  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  32.95 
 
 
169 aa  120  1e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  37.13 
 
 
176 aa  119  2e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  36.87 
 
 
177 aa  115  2e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  36.31 
 
 
177 aa  115  3e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  40 
 
 
171 aa  114  9e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  34.91 
 
 
189 aa  114  9e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  35.03 
 
 
191 aa  113  1e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  36.52 
 
 
248 aa  111  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  39.29 
 
 
160 aa  110  9e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  31.07 
 
 
170 aa  109  2e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  35.96 
 
 
244 aa  109  2e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  30.51 
 
 
170 aa  108  4e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  35.63 
 
 
187 aa  108  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0950  16S rRNA-processing protein RimM  34.46 
 
 
225 aa  107  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
173 aa  105  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.17474e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0946  16S rRNA-processing protein RimM  33.9 
 
 
237 aa  105  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.501365  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  34.25 
 
 
202 aa  104  6e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  34.3 
 
 
184 aa  103  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  35.88 
 
 
170 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  5.08882e-11  hitchhiker  5.46045e-07 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  33.71 
 
 
190 aa  102  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  31.49 
 
 
220 aa  101  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0591  16S rRNA-processing protein RimM  32.77 
 
 
225 aa  101  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>