127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1252 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1252  cytochrome c assembly protein  100 
 
 
262 aa  523  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  5.44074e-08  hitchhiker  1.56209e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1157  cytochrome c assembly protein  92.72 
 
 
262 aa  477  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  6.03609e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1047  cytochrome c assembly protein  87.4 
 
 
262 aa  464  1e-130  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00493417  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1166  cytochrome c assembly protein  83.52 
 
 
262 aa  437  1e-122  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00369516  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2840  cytochrome c assembly protein  85.5 
 
 
262 aa  434  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.54809e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2922  cytochrome c assembly protein  85.5 
 
 
262 aa  434  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.140112  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3019  cytochrome c assembly protein  85.11 
 
 
262 aa  432  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  5.24804e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3105  cytochrome c assembly protein  83.97 
 
 
262 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.97765e-06  normal  0.104427 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1285  cytochrome c assembly protein  83.97 
 
 
262 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.46299e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1061  cytochrome c assembly protein  86.21 
 
 
262 aa  427  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000186655  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1252  cytochrome c assembly protein  83.97 
 
 
262 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.97541e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1208  cytochrome c assembly protein  83.97 
 
 
262 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.14986e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1355  hypothetical protein  84.73 
 
 
262 aa  429  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0887  hypothetical protein  84.73 
 
 
262 aa  426  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.8995  normal  0.567455 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2922  cytochrome c assembly protein  76.72 
 
 
262 aa  417  1e-115  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2756  cytochrome c assembly protein  77.78 
 
 
262 aa  395  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.3762e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002534  CcsA-related protein  41.25 
 
 
264 aa  209  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3850  putative cytochrome C assembly protein  45.04 
 
 
288 aa  199  3e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  1.0196e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1072  cytochrome c assembly protein  45.04 
 
 
288 aa  199  3e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00835827  normal  0.0177644 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2763  putative cytochrome C assembly protein  45.04 
 
 
288 aa  199  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0166622  normal  0.110636 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2770  putative cytochrome C assembly protein  45.04 
 
 
288 aa  199  3e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.34415e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2895  putative cytochrome C assembly protein  45.04 
 
 
288 aa  199  3e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.97657e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02464  hypothetical protein  45.04 
 
 
288 aa  199  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0370315  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02500  predicted inner membrane protein  45.04 
 
 
288 aa  199  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.048331  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3000  putative cytochrome C assembly protein  45.04 
 
 
288 aa  199  3e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.09297e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1063  cytochrome c assembly protein  45.04 
 
 
288 aa  199  3e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  5.02411e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3369  cytochrome c assembly protein  43.25 
 
 
263 aa  196  3e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03482  hypothetical protein  41.8 
 
 
264 aa  195  7e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0850  cytochrome c assembly protein  41.38 
 
 
284 aa  192  4e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00175266  hitchhiker  1.87767e-05 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3092  cytochrome c assembly protein  41.22 
 
 
288 aa  191  1e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000526591  normal  0.131985 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0093  hypothetical protein  40.62 
 
 
267 aa  191  1e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.00922e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3231  putative cytochrome C assembly protein  42.15 
 
 
263 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00112943  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3366  cytochrome c assembly protein  42.15 
 
 
263 aa  190  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0757452  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0885  hypothetical protein  42.15 
 
 
263 aa  190  2e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.215466  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0647  inner membrane protein, putative cytochrome c assembly protein  42.91 
 
 
264 aa  190  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.650824  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1669  cytochrome c assembly protein  39.44 
 
 
262 aa  186  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01689  cytochrome c assembly protein  38.68 
 
 
265 aa  183  2e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  4.13644e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1122  cytochrome c assembly protein  39.69 
 
 
264 aa  182  6e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0765442  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3205  cytochrome c assembly protein  39.69 
 
 
264 aa  181  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00378275  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2862  cytochrome c assembly protein  38.93 
 
 
264 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0989  cytochrome c assembly protein  41.98 
 
 
264 aa  167  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00443363  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4075  cytochrome C assembly family protein  37.79 
 
 
265 aa  164  1e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186491  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1428  permease  40.67 
 
 
265 aa  160  2e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.219034  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1337  hypothetical protein  38.94 
 
 
273 aa  118  1e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0843  cytochrome c assembly protein  34.6 
 
 
269 aa  115  7e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1460  cytochrome c assembly protein  32.28 
 
 
283 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.164878 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0445  cytochrome c assembly protein  32.34 
 
 
289 aa  111  1e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4261  cytochrome c assembly protein  31.1 
 
 
283 aa  110  2e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.99902  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2133  cytochrome c assembly protein  33.77 
 
 
275 aa  110  2e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.324766  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4159  cytochrome c assembly protein  32.28 
 
 
269 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.25819  normal  0.436154 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1065  cytochrome c assembly protein  31.1 
 
 
269 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1017  cytochrome c assembly protein  30.74 
 
 
270 aa  108  9e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235741  normal  0.587271 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0521  cytochrome c assembly protein  31.86 
 
 
269 aa  108  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.312653  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2312  cytochrome c assembly protein  29.26 
 
 
268 aa  105  7e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3403  cytochrome c assembly protein  31.28 
 
 
266 aa  105  9e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.887838  normal  0.688779 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1177  cytochrome c assembly protein  30.26 
 
 
276 aa  102  5e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.262716  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2262  cytochrome c assembly protein  32.23 
 
 
282 aa  102  6e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.262308  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0641  cytochrome c assembly protein  29.61 
 
 
279 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3772  cytochrome c assembly protein  30.04 
 
 
255 aa  95.5  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0034021  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0591  cytochrome c assembly protein  28.12 
 
 
263 aa  95.1  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0672  cytochrome c assembly protein  31.73 
 
 
269 aa  94  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0997  cytochrome c assembly protein  27.31 
 
 
269 aa  91.7  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0202  cytochrome c assembly protein  30.65 
 
 
282 aa  91.7  1e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.848267  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1939  cytochrome c assembly protein  31.13 
 
 
280 aa  90.1  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.664487 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0127  cytochrome c assembly protein  34.25 
 
 
280 aa  90.1  3e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.496419  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3018  cytochrome c assembly protein  30.19 
 
 
266 aa  89.7  4e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00647598  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0046  cytochrome c assembly protein  34.25 
 
 
263 aa  89.7  4e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.975637  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1371  hypothetical protein  32.23 
 
 
266 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0056  hypothetical protein  34.25 
 
 
265 aa  89.4  6e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.046398  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0144  hypothetical protein  34.25 
 
 
265 aa  89.4  6e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.772264  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0220  cytochrome c assembly protein  27.38 
 
 
282 aa  87.4  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.141329  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15940  hypothetical protein  33.06 
 
 
266 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.182655  normal  0.371616 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1986  cytochrome c assembly protein  29.41 
 
 
268 aa  87.4  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1471  hypothetical protein  32.1 
 
 
270 aa  87  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.250309  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1708  hypothetical protein  29.6 
 
 
268 aa  86.3  4e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.61279  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1280  cytochrome c assembly protein  31.69 
 
 
284 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39590  Cytochrome c assembly-like protein  31.27 
 
 
266 aa  85.5  7e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1201  metal dependent phosphohydrolase  31.2 
 
 
261 aa  84.7  1e-15  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3627  cytochrome c assembly protein  27.16 
 
 
266 aa  83.2  4e-15  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.470506  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2937  cytochrome c assembly protein  27.16 
 
 
266 aa  83.2  4e-15  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.390266  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1149  cytochrome c assembly protein  37.59 
 
 
264 aa  81.6  1e-14  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02262  putative cytochrome C assembly protein  33.8 
 
 
263 aa  80.5  2e-14  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0377  cytochrome c assembly protein  28.19 
 
 
255 aa  78.2  1e-13  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.015203 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3219  ABC-type uncharacterized transport system permease component-like protein  28.26 
 
 
274 aa  78.2  1e-13  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.368672 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2372  transmembrane protein  33.57 
 
 
262 aa  77.8  2e-13  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.34584 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0961  cytochrome c assembly protein  26.34 
 
 
270 aa  73.9  2e-12  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3093  cytochrome c assembly protein  26.32 
 
 
312 aa  73.6  3e-12  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.349808  normal  0.865657 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2946  cytochrome c assembly protein  25.51 
 
 
315 aa  72  9e-12  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0425  cytochrome c assembly protein  32.69 
 
 
266 aa  71.2  2e-11  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1501  cytochrome c assembly protein  26.64 
 
 
224 aa  69.7  4e-11  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3343  cytochrome c assembly protein  25.62 
 
 
267 aa  68.2  1e-10  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1506  cytochrome c assembly protein  23.72 
 
 
271 aa  65.5  1e-09  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0869  cytochrome c assembly protein  27.51 
 
 
265 aa  62.4  8e-09  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.111472 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2810  hypothetical protein  25.69 
 
 
303 aa  62  9e-09  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.443588  normal  0.1588 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3439  cytochrome c assembly protein  26.05 
 
 
309 aa  61.6  1e-08  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00951271  hitchhiker  0.000487073 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1150  cytochrome C assembly family protein  24.38 
 
 
299 aa  61.6  1e-08  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3514  cytochrome C assembly family protein  28.22 
 
 
299 aa  60.5  2e-08  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3478  cytochrome C assembly family protein  28.22 
 
 
299 aa  60.5  2e-08  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.213677  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0435  cytochrome C assembly family protein  28.22 
 
 
299 aa  60.5  2e-08  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.75155  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2513  cytochrome C assembly family protein  28.22 
 
 
299 aa  60.5  2e-08  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>