56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1226 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1226  DNA mismatch repair protein  100 
 
 
231 aa  474  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  5.02045e-08  hitchhiker  0.00825632 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1131  DNA mismatch repair protein  82.43 
 
 
224 aa  386  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  9.41126e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1037  DNA mismatch repair protein  71.76 
 
 
223 aa  333  9e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.3466e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1020  DNA mismatch repair protein  72.48 
 
 
223 aa  331  4e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  8.64463e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1141  DNA mismatch repair protein  68.66 
 
 
223 aa  322  3e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  5.91813e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2948  DNA mismatch repair protein  66.36 
 
 
223 aa  320  1e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  8.86645e-07  normal  0.260318 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2783  DNA mismatch repair protein  66.36 
 
 
222 aa  319  2e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  8.62742e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0862  DNA mismatch repair protein  66.67 
 
 
224 aa  317  7e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.78549e-09  normal  0.0577392 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1227  DNA mismatch repair protein  66.82 
 
 
223 aa  317  9e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  9.90302e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1330  DNA mismatch repair protein  66.82 
 
 
223 aa  317  9e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2946  DNA mismatch repair protein  66.82 
 
 
222 aa  316  2e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0152588  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1260  DNA mismatch repair protein  66.82 
 
 
223 aa  315  3e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.73996e-08  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3044  DNA mismatch repair protein  65.9 
 
 
223 aa  314  7e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  8.24269e-09  normal  0.401343 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2866  DNA mismatch repair protein  65.9 
 
 
223 aa  314  7e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  4.04837e-09  normal  0.419127 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1183  DNA mismatch repair protein  66.36 
 
 
223 aa  312  3e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  5.48416e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3130  DNA mismatch repair protein  66.36 
 
 
223 aa  312  3e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  8.66065e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0568  DNA mismatch repair protein  60 
 
 
222 aa  273  2e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.128312  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3151  DNA mismatch repair protein  58.26 
 
 
229 aa  272  3e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  4.14624e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0884  DNA mismatch repair protein  58.26 
 
 
229 aa  272  3e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  2.3918e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3031  DNA mismatch repair protein  58.26 
 
 
229 aa  272  3e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  7.33589e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4098  DNA mismatch repair protein  58.26 
 
 
229 aa  272  3e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  7.07245e-09  hitchhiker  0.00136585 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2978  DNA mismatch repair protein  58.26 
 
 
229 aa  271  5e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.65444e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2979  DNA mismatch repair protein  58.26 
 
 
229 aa  271  5e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.62046e-07  decreased coverage  0.00389286 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02640  hypothetical protein  58.26 
 
 
229 aa  271  5e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  4.02159e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02679  DNA mismatch repair protein  58.26 
 
 
229 aa  271  5e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  5.79311e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0859  DNA mismatch repair endonuclease mutH  58.26 
 
 
229 aa  271  5e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.02017e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0200  DNA mismatch repair protein  57.8 
 
 
221 aa  270  2e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.725657  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3825  DNA mismatch repair protein  57.01 
 
 
228 aa  268  5e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  3.12374e-07  normal  0.472471 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3333  DNA mismatch repair protein  58.33 
 
 
231 aa  266  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  1.94607e-05  hitchhiker  0.00919064 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3233  DNA mismatch repair protein  58.33 
 
 
231 aa  266  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  2.81601e-05  hitchhiker  4.00145e-06 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3169  DNA mismatch repair protein  58.33 
 
 
231 aa  266  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  1.66298e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3218  DNA mismatch repair protein  58.33 
 
 
231 aa  266  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  6.31392e-05  hitchhiker  0.00373794 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3152  DNA mismatch repair protein  58.33 
 
 
231 aa  266  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  9.22313e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00966  DNA mismatch repair protein  55.56 
 
 
226 aa  266  2e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004432  DNA mismatch repair endonuclease MutH  54.5 
 
 
226 aa  263  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.91849e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3273  DNA mismatch repair protein  57.27 
 
 
230 aa  261  7e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.45556e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3400  DNA mismatch repair protein  57.14 
 
 
230 aa  259  2e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00030218  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1032  DNA mismatch repair protein  55.71 
 
 
228 aa  258  4e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.09163e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3242  DNA mismatch repair protein  55.71 
 
 
228 aa  258  4e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  1.70849e-11  normal  0.0183168 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0980  DNA mismatch repair protein  55.71 
 
 
228 aa  258  4e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.87199e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0903  DNA mismatch repair protein  57.14 
 
 
231 aa  258  6e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00317572  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3199  DNA mismatch repair protein  55.8 
 
 
228 aa  253  2e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000169255  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1550  DNA mismatch repair protein  55.5 
 
 
224 aa  251  1e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3626  DNA mismatch repair protein  52.75 
 
 
222 aa  250  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.544284  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03711  DNA mismatch repair protein  56.87 
 
 
225 aa  250  1e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.60827  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0541  DNA mismatch repair protein  56.87 
 
 
224 aa  249  2e-65  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.962332  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3848  DNA mismatch repair protein  54.63 
 
 
228 aa  250  2e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.662475  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0501  DNA mismatch repair protein  52.27 
 
 
224 aa  247  9e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.56276  normal  0.0450922 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3019  DNA mismatch repair protein  59.2 
 
 
228 aa  245  5e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  3.28639e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2831  DNA mismatch repair protein  44.7 
 
 
225 aa  209  3e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1548  DNA mismatch repair protein  46.98 
 
 
224 aa  205  6e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1436  DNA mismatch repair protein  46.05 
 
 
224 aa  197  8e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1358  DNA mismatch repair protein  25.33 
 
 
502 aa  59.3  5e-08  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  2.49397e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl307  type II restriction enzyme Sau3AI, GATC site  26.13 
 
 
452 aa  57  2e-07  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.09234e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1016  putative type II restriction endonuclease  27.03 
 
 
495 aa  52.8  4e-06  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  5.61814e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1854  DNA mismatch repair enzyme MutH  25.41 
 
 
467 aa  42  0.009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>