More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1153 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.59 
 
 
855 aa  644  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  88.74 
 
 
616 aa  1046  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.45 
 
 
615 aa  763  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.07 
 
 
621 aa  872  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.16 
 
 
616 aa  763  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  61.66 
 
 
623 aa  702  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  66.13 
 
 
612 aa  749  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.58 
 
 
617 aa  784  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  88.4 
 
 
627 aa  1043  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  77.69 
 
 
612 aa  933  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.59129e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  58.4 
 
 
698 aa  683  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.81 
 
 
620 aa  884  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.47 
 
 
613 aa  937  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.47 
 
 
613 aa  937  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1072  RpoD family RNA polymerase sigma factor  95.25 
 
 
612 aa  1120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.321598  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.01 
 
 
647 aa  932  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  77.52 
 
 
631 aa  941  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0996  RpoD family RNA polymerase sigma factor  92.99 
 
 
616 aa  1093  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0289616  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  71.71 
 
 
612 aa  880  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1038  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  78.14 
 
 
613 aa  927  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0389354  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.78 
 
 
595 aa  786  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2908  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  87.99 
 
 
619 aa  1056  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.32821  normal  0.122569 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  87.99 
 
 
619 aa  1055  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  66.39 
 
 
598 aa  749  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  86.58 
 
 
614 aa  1038  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.92 
 
 
617 aa  765  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  87.99 
 
 
619 aa  1056  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  86.22 
 
 
620 aa  1029  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  71.96 
 
 
617 aa  885  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  65.58 
 
 
618 aa  763  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.47 
 
 
613 aa  937  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  62.15 
 
 
602 aa  730  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  88.24 
 
 
627 aa  1041  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0958  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  93.96 
 
 
616 aa  1101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.23062e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  88.4 
 
 
627 aa  1043  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.4 
 
 
698 aa  683  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  60.98 
 
 
631 aa  687  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.22 
 
 
610 aa  918  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.47 
 
 
613 aa  937  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1189  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.04 
 
 
666 aa  662  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.920411  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  88.4 
 
 
611 aa  1044  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.98 
 
 
624 aa  687  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  66.29 
 
 
619 aa  767  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.54 
 
 
620 aa  768  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.31 
 
 
612 aa  915  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  78.47 
 
 
613 aa  937  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.63 
 
 
611 aa  917  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  77.36 
 
 
612 aa  934  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  77.2 
 
 
611 aa  932  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  56.89 
 
 
608 aa  671  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.65 
 
 
620 aa  880  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.21 
 
 
615 aa  949  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.21 
 
 
615 aa  949  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  77.52 
 
 
612 aa  932  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.67 
 
 
616 aa  768  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  77.69 
 
 
612 aa  933  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.47 
 
 
613 aa  937  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  67 
 
 
616 aa  764  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1153  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  100 
 
 
611 aa  1242  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  4.83168e-06  normal  0.0896301 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.57 
 
 
623 aa  694  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.97 
 
 
623 aa  695  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.47 
 
 
613 aa  937  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.13 
 
 
624 aa  673  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3572  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.97 
 
 
618 aa  673  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00998328  normal  0.692055 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.21 
 
 
615 aa  949  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.21 
 
 
615 aa  949  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.21 
 
 
615 aa  949  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  77.94 
 
 
611 aa  915  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  63.1 
 
 
629 aa  749  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  76.42 
 
 
616 aa  903  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  61.8 
 
 
621 aa  727  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  67 
 
 
613 aa  754  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  3.78476e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.16 
 
 
615 aa  769  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.05 
 
 
616 aa  791  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  78.47 
 
 
613 aa  937  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  62.03 
 
 
602 aa  721  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.49 
 
 
657 aa  663  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  60.46 
 
 
644 aa  700  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  6.48058e-07  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  59.14 
 
 
656 aa  692  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.415567 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  78.3 
 
 
613 aa  935  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  7.80039e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  61.8 
 
 
621 aa  727  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  85.67 
 
 
617 aa  1032  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  67.37 
 
 
616 aa  791  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  61.74 
 
 
599 aa  732  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0976  sigma 70 (RpoD)  66.23 
 
 
614 aa  758  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.741163  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.16 
 
 
616 aa  763  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.2 
 
 
707 aa  729  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1284  RNA polymerase sigma-70 factor  87.66 
 
 
616 aa  1045  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.84 
 
 
783 aa  633  1e-180  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.03 
 
 
685 aa  624  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.71 
 
 
681 aa  620  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.71 
 
 
680 aa  620  1e-176  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  53.54 
 
 
784 aa  615  1e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  54.02 
 
 
801 aa  617  1e-175  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  54.35 
 
 
781 aa  617  1e-175  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  53.43 
 
 
900 aa  614  1e-174  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  53.52 
 
 
808 aa  613  1e-174  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  55.28 
 
 
594 aa  613  1e-174  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  8.03488e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  53.86 
 
 
797 aa  613  1e-174  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  53.61 
 
 
746 aa  611  1e-173  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>