More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1119 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1119  ribokinase  100 
 
 
302 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.970785  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  68.11 
 
 
301 aa  427  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  61.26 
 
 
302 aa  376  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000942042  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  61.79 
 
 
303 aa  374  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  61.79 
 
 
303 aa  374  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  61.13 
 
 
303 aa  375  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  62.13 
 
 
303 aa  371  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  61.46 
 
 
303 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  61.46 
 
 
303 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  62.13 
 
 
303 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  61.13 
 
 
304 aa  364  1e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  60.13 
 
 
303 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0810  ribokinase  62.79 
 
 
303 aa  344  8e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  48 
 
 
308 aa  260  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  48 
 
 
308 aa  260  2e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  48 
 
 
308 aa  260  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  46.82 
 
 
318 aa  254  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  46.28 
 
 
317 aa  252  6e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  45.82 
 
 
308 aa  251  7e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  45.51 
 
 
307 aa  249  3e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  45.97 
 
 
308 aa  241  7.999999999999999e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  44.52 
 
 
305 aa  237  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  46.15 
 
 
310 aa  237  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  46.49 
 
 
308 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  46.49 
 
 
308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  44.52 
 
 
305 aa  233  4.0000000000000004e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  44.52 
 
 
305 aa  232  5e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  45.18 
 
 
306 aa  232  7.000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  43.87 
 
 
319 aa  231  8.000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  44.3 
 
 
309 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  44.3 
 
 
309 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  44.3 
 
 
309 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  44.3 
 
 
309 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  44.97 
 
 
309 aa  231  9e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  45.3 
 
 
314 aa  231  1e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  45.3 
 
 
309 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  45.3 
 
 
309 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  43.96 
 
 
309 aa  229  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  44.97 
 
 
309 aa  229  4e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  44.97 
 
 
314 aa  229  4e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  44.97 
 
 
309 aa  229  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  44.97 
 
 
309 aa  229  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  44.97 
 
 
309 aa  229  5e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  44.97 
 
 
314 aa  229  5e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  44.15 
 
 
299 aa  225  7e-58  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  39 
 
 
308 aa  213  1.9999999999999998e-54  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  38.74 
 
 
304 aa  209  4e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  38.74 
 
 
304 aa  209  4e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  41.81 
 
 
302 aa  209  6e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  36.93 
 
 
310 aa  206  3e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  41.86 
 
 
302 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  38.87 
 
 
309 aa  206  5e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  40.4 
 
 
307 aa  203  2e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  42.52 
 
 
299 aa  204  2e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  42.05 
 
 
308 aa  203  3e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  40.47 
 
 
308 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  36.6 
 
 
310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  39.53 
 
 
308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  40.86 
 
 
302 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  40.53 
 
 
306 aa  199  6e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  40.34 
 
 
295 aa  198  7e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  37.09 
 
 
345 aa  198  7.999999999999999e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  41.47 
 
 
309 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  40.86 
 
 
309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  41.47 
 
 
309 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  40.86 
 
 
308 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  40.53 
 
 
310 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  40.2 
 
 
302 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  40.86 
 
 
312 aa  194  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  39.74 
 
 
307 aa  192  4e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  40.2 
 
 
308 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  39.2 
 
 
302 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  42.43 
 
 
308 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  38.83 
 
 
403 aa  189  5e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  41.2 
 
 
311 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  36.51 
 
 
340 aa  187  3e-46  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  37.7 
 
 
308 aa  186  5e-46  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  40.86 
 
 
311 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  40.86 
 
 
311 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  41 
 
 
315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  36.3 
 
 
311 aa  185  1.0000000000000001e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  36.77 
 
 
398 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  37.67 
 
 
316 aa  183  4.0000000000000006e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  39.53 
 
 
305 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2121  PfkB  39.8 
 
 
307 aa  181  1e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.987568  normal  0.281407 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  37.42 
 
 
304 aa  181  1e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  39.1 
 
 
424 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  37.54 
 
 
313 aa  178  8e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  38.41 
 
 
303 aa  178  8e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  43.14 
 
 
308 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  40.33 
 
 
305 aa  178  1e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  43.14 
 
 
308 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.425434 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  39.53 
 
 
309 aa  176  6e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0558  PfkB domain protein  35.43 
 
 
295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6608  ribokinase  42.81 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.487327  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  41.2 
 
 
304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  38.18 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  39.33 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  39.26 
 
 
297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  39.13 
 
 
302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0179509 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>