More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1004 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1004  50S ribosomal protein L21  100 
 
 
103 aa  205  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.56676e-07  decreased coverage  3.56458e-06 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0869  50S ribosomal protein L21  97.09 
 
 
103 aa  202  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.45664e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0954  50S ribosomal protein L21  97.09 
 
 
103 aa  199  8e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.361102  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1069  50S ribosomal protein L21  95.15 
 
 
103 aa  198  2e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  1.90707e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0979  50S ribosomal protein L21  96.12 
 
 
103 aa  199  2e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.28697e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3323  50S ribosomal protein L21  95.15 
 
 
103 aa  198  2e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  3.3092e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0967  50S ribosomal protein L21  95.15 
 
 
103 aa  198  2e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.86548e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1036  50S ribosomal protein L21  95.15 
 
 
103 aa  198  2e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.68941e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0852  50S ribosomal protein L21  94.17 
 
 
103 aa  196  8e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  2.65275e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2927  50S ribosomal protein L21  94.17 
 
 
103 aa  196  1e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  7.89228e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3089  50S ribosomal protein L21  94.17 
 
 
103 aa  196  1e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3125  50S ribosomal protein L21  94.17 
 
 
103 aa  194  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.93081e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0895  50S ribosomal protein L21  94.17 
 
 
103 aa  194  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.81262e-05  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3652  50S ribosomal protein L21  93.2 
 
 
103 aa  193  7e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3219  50S ribosomal protein L21  93.2 
 
 
103 aa  193  7e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  4.50477e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2829  50S ribosomal protein L21  90.29 
 
 
103 aa  187  5e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  6.50093e-10  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3612  50S ribosomal protein L21  71.84 
 
 
103 aa  168  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.09393e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3974  50S ribosomal protein L21  71.84 
 
 
103 aa  168  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  2.70537e-12  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3757  50S ribosomal protein L21  71.84 
 
 
103 aa  168  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  6.20592e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00800  50S ribosomal protein L21  80.58 
 
 
103 aa  168  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2853  50S ribosomal protein L21  80.58 
 
 
103 aa  168  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  6.34591e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001673  LSU ribosomal protein L21p  79.61 
 
 
103 aa  168  3e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.80256e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3479  50S ribosomal protein L21  76.7 
 
 
103 aa  165  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  6.47108e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0558  50S ribosomal protein L21  74.76 
 
 
103 aa  164  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  2.82146e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03731  50S ribosomal protein L21  76.7 
 
 
103 aa  164  5e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  2.30006e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0473  50S ribosomal protein L21  71.84 
 
 
103 aa  164  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  6.37379e-11  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0793  50S ribosomal protein L21  74.76 
 
 
103 aa  163  7e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  2.36829e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3360  50S ribosomal protein L21  73.79 
 
 
103 aa  162  1e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000107263  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3738  50S ribosomal protein L21  74.76 
 
 
103 aa  159  8e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  9.15025e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0245  50S ribosomal protein L21  74.76 
 
 
103 aa  160  8e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  2.76317e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0474  50S ribosomal protein L21P  75.73 
 
 
103 aa  159  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.030685  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0361  50S ribosomal protein L21  73.79 
 
 
103 aa  158  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000287252  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03051  50S ribosomal protein L21  72.82 
 
 
103 aa  158  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00856225  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0514  50S ribosomal protein L21  72.82 
 
 
103 aa  158  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  9.28168e-06  normal  0.0169565 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3584  50S ribosomal protein L21  72.82 
 
 
103 aa  158  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  6.68689e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3482  50S ribosomal protein L21  72.82 
 
 
103 aa  158  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  2.16305e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3671  50S ribosomal protein L21  72.82 
 
 
103 aa  158  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  1.25607e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3565  50S ribosomal protein L21  71.84 
 
 
103 aa  157  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00265959  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03002  hypothetical protein  72.82 
 
 
103 aa  158  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00734484  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0521  ribosomal protein L21  72.82 
 
 
103 aa  158  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.11872e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4508  50S ribosomal protein L21  72.82 
 
 
103 aa  158  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  7.66256e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3494  50S ribosomal protein L21  71.84 
 
 
103 aa  157  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  3.60043e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3379  50S ribosomal protein L21  72.82 
 
 
103 aa  158  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.03555e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3601  50S ribosomal protein L21  71.84 
 
 
103 aa  157  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  2.43272e-05  normal  0.724724 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3496  50S ribosomal protein L21  72.82 
 
 
103 aa  158  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  2.80512e-06  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4512  ribosomal protein L21  72.55 
 
 
103 aa  156  7e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3622  50S ribosomal protein L21  71.84 
 
 
103 aa  156  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  4.42245e-09  normal  0.259667 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0855  50S ribosomal protein L21  73.79 
 
 
103 aa  152  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0525  ribosomal protein L21  72.82 
 
 
103 aa  150  7e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4497  50S ribosomal protein L21  69.61 
 
 
104 aa  148  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.200456  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0720  50S ribosomal protein L21  70.59 
 
 
104 aa  148  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456821  normal  0.0127169 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0720  50S ribosomal protein L21  70.59 
 
 
104 aa  148  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7553  normal  0.901329 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0688  50S ribosomal protein L21  70.59 
 
 
104 aa  148  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468756  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1008  50S ribosomal protein L21P  71.29 
 
 
103 aa  147  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.2148e-11  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60460  50S ribosomal protein L21  67.96 
 
 
103 aa  147  6e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0123186 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4860  50S ribosomal protein L21  66.99 
 
 
103 aa  146  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5208  50S ribosomal protein L21  66.02 
 
 
103 aa  145  2e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123983  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0701  50S ribosomal protein L21  65.05 
 
 
103 aa  144  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.60997 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0797  ribosomal protein L21  64.08 
 
 
103 aa  144  5e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3682  50S ribosomal protein L21  65.05 
 
 
103 aa  142  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.885821  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40790  50S ribosomal protein L21  66.02 
 
 
103 aa  140  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.200722  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4238  ribosomal protein L21  65.69 
 
 
102 aa  140  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  1.44419e-06  hitchhiker  2.01625e-07 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3206  ribosomal protein L21  65.05 
 
 
103 aa  135  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.78407  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2005  ribosomal protein L21  63.37 
 
 
103 aa  131  3e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0644  ribosomal protein L21  50.98 
 
 
103 aa  128  3e-29  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.315584  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0845  50S ribosomal protein L21  59.22 
 
 
104 aa  125  2e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1573  50S ribosomal protein L21  57.28 
 
 
103 aa  124  3e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.337451  normal  0.754011 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1755  50S ribosomal protein L21  57.28 
 
 
103 aa  124  3e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.092624  normal  0.0601991 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0341  ribosomal protein L21  57.69 
 
 
104 aa  122  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.33447e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0270  ribosomal protein L21  55.34 
 
 
103 aa  120  6e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.656841  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0496  50S ribosomal protein L21  54.46 
 
 
115 aa  117  5e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  3.70473e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0864  50S ribosomal protein L21P  51.46 
 
 
103 aa  116  8e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0835554  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1683  50S ribosomal protein L21  53.47 
 
 
115 aa  116  8e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  1.96723e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2246  ribosomal protein L21  53.4 
 
 
103 aa  115  1e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  5.79103e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2576  50S ribosomal protein L21  53.47 
 
 
103 aa  115  1e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1119  50S ribosomal protein L21  53.47 
 
 
105 aa  115  2e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2219  50S ribosomal protein L21P  53.4 
 
 
104 aa  115  2e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  1.52954e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0462  50S ribosomal protein L21  55.34 
 
 
103 aa  115  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.953045  hitchhiker  0.00315446 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0285  50S ribosomal protein L21  55.34 
 
 
103 aa  115  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.253807  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1584  50S ribosomal protein L21  54.37 
 
 
108 aa  114  3e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0891  50S ribosomal protein L21  53.92 
 
 
103 aa  114  4e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0723214 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2704  50S ribosomal protein L21  52.48 
 
 
103 aa  114  4e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1613  ribosomal protein L21  50 
 
 
104 aa  114  6e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  1.43983e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1848  50S ribosomal protein L21  54.37 
 
 
104 aa  112  1e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1527  50S ribosomal protein L21  54.37 
 
 
108 aa  112  2e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3470  50S ribosomal protein L21  49.51 
 
 
103 aa  111  4e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235402  normal  0.37333 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3675  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 
103 aa  110  6e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5486  ribosomal protein L21  52.43 
 
 
103 aa  110  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.145587  normal  0.514082 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0446  50S ribosomal protein L21  52.43 
 
 
103 aa  110  7e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0841  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 
103 aa  110  7e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.498603 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1305  50S ribosomal protein L21  52.43 
 
 
103 aa  110  7e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2523  50S ribosomal protein L21  52.43 
 
 
103 aa  110  7e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.444595  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1633  50S ribosomal protein L21  49.51 
 
 
103 aa  110  7e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3490  50S ribosomal protein L21  52.43 
 
 
103 aa  110  7e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.761621  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3526  50S ribosomal protein L21  52.43 
 
 
103 aa  110  7e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.248668  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3258  50S ribosomal protein L21  52.43 
 
 
103 aa  110  7e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1140  50S ribosomal protein L21  52.43 
 
 
103 aa  110  7e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0770  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 
103 aa  110  8e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2802  50S ribosomal protein L21  52.43 
 
 
103 aa  109  1e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000188755  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0551  50S ribosomal protein L21  52.43 
 
 
103 aa  109  1e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  1.032e-07  normal  0.0263071 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>