47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0818 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0818  porin  100 
 
 		 356 aa  729    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.94844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0024  porin Gram-negative type  23.51 
 
 		 350 aa  67  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.133917 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  25.72 
 
 		 356 aa  50.4  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  26.4 
 
 		 335 aa  48.9  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  27.22 
 
 		 356 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  27.22 
 
 		 356 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  27.22 
 
 		 356 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  24.72 
 
 		 350 aa  48.9  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3127  porin Gram-negative type  23.49 
 
 		 333 aa  48.5  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.970335  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0215  outer membrane porin OpcP  24.23 
 
 		 382 aa  47.8  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  29.41 
 
 		 342 aa  47.4  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  26.25 
 
 		 302 aa  47.4  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  30.09 
 
 		 369 aa  47.4  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  30.97 
 
 		 365 aa  47  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  29.75 
 
 		 354 aa  46.6  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7462  outer membrane protein (porin)  29.89 
 
 		 360 aa  47  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00141122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  29.75 
 
 		 354 aa  46.6  0.0006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  24.9 
 
 		 346 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1141  porin  27.07 
 
 		 327 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  24.43 
 
 		 359 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  28.57 
 
 		 353 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4328  porin  26.06 
 
 		 391 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.428613  normal  0.0399975 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  25.68 
 
 		 362 aa  45.8  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7310  outer membrane protein (porin)  26.47 
 
 		 369 aa  45.4  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.949846  normal  0.523788 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0482  outer membrane protein (porin)  27.42 
 
 		 357 aa  44.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  28.03 
 
 		 356 aa  44.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  24.34 
 
 		 314 aa  44.7  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  28.95 
 
 		 380 aa  44.3  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  32.74 
 
 		 372 aa  43.9  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  32.74 
 
 		 347 aa  43.9  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0880  OmpC family outer membrane porin  25.77 
 
 		 378 aa  44.3  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.456854  normal  0.339444 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1699  OmpC family outer membrane porin  30.3 
 
 		 386 aa  44.3  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0712335  normal  0.645361 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  42.62 
 
 		 378 aa  44.3  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3126  porin  27.07 
 
 		 394 aa  43.5  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0189644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0238  porin  30.61 
 
 		 362 aa  43.9  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5778  porin  28.37 
 
 		 358 aa  43.5  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5977  porin  27.62 
 
 		 363 aa  43.1  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00000000297374  decreased coverage  0.000158153 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5613  porin  27.62 
 
 		 363 aa  43.1  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00000212183  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  34.78 
 
 		 363 aa  42.7  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  26.38 
 
 		 315 aa  42.7  0.009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  34.78 
 
 		 363 aa  42.7  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  34.78 
 
 		 363 aa  42.7  0.009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  34.78 
 
 		 363 aa  42.7  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4948  porin Gram-negative type  30.3 
 
 		 386 aa  42.7  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0530377  normal  0.0846854 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2103  outer membrane protein (porin)  29.08 
 
 		 385 aa  42.7  0.009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.938895  normal  0.317864 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  34.78 
 
 		 449 aa  42.7  0.009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  34.78 
 
 		 363 aa  42.7  0.009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>