More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0640 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0640  single-strand binding protein  100 
 
 
225 aa  439  1e-122  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.64603e-08  unclonable  1.89971e-08 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3710  single-strand binding protein  62.9 
 
 
242 aa  263  2e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  5.68362e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4025  single-strand binding protein  98.23 
 
 
231 aa  236  2e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  9.41126e-08  unclonable  1.10243e-10 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0535  single-strand binding protein  77.13 
 
 
220 aa  231  5e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  6.86084e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  63.9 
 
 
231 aa  221  7e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0533  single-strand binding protein  60.64 
 
 
236 aa  202  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0176705  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  65.45 
 
 
238 aa  196  2e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2690  single-strand binding protein  82.14 
 
 
172 aa  195  4e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0960941  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  69.54 
 
 
236 aa  195  5e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  69.54 
 
 
234 aa  195  5e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  69.54 
 
 
234 aa  195  5e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  69.54 
 
 
234 aa  195  5e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  1.1541e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  69.54 
 
 
236 aa  195  6e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00235  single-strand binding protein  70.2 
 
 
196 aa  194  7e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.508026  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  67.7 
 
 
222 aa  191  9e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  4.99632e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0148  single-strand binding protein  79.09 
 
 
200 aa  189  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000650066  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  65.24 
 
 
234 aa  184  8e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  74.56 
 
 
160 aa  182  3e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3590  single-strand binding protein  76.11 
 
 
235 aa  181  8e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152827  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3419  single-strand binding protein  76.11 
 
 
236 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0354621  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2424  single-strand binding protein  78.18 
 
 
167 aa  179  3e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00208547  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0996  single-stranded DNA-binding protein  71.93 
 
 
175 aa  175  6e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  2.69191e-15  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  59.75 
 
 
177 aa  173  2e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  70.91 
 
 
158 aa  172  4e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  5.00943e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  70.34 
 
 
163 aa  172  4e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0748  single-strand binding protein  59.63 
 
 
174 aa  171  8e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.810085  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  70.91 
 
 
158 aa  171  8e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0450  single-strand binding protein  60.69 
 
 
188 aa  171  9e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544035  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  57.93 
 
 
171 aa  169  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  67.21 
 
 
178 aa  170  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  65.49 
 
 
159 aa  169  2e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3391  single-strand binding protein  57.58 
 
 
222 aa  169  3e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  71.79 
 
 
165 aa  169  3e-41  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  65.49 
 
 
159 aa  169  3e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3850  single-stranded DNA-binding protein  71.93 
 
 
182 aa  168  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0749  single-stranded DNA-binding protein  71.93 
 
 
182 aa  168  7e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3760  single-stranded DNA-binding protein  71.93 
 
 
182 aa  168  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.637198  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2746  single-strand binding protein  70.54 
 
 
154 aa  168  8e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  68.85 
 
 
178 aa  167  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1129  single-stranded DNA-binding protein  60.26 
 
 
154 aa  167  1e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  68.85 
 
 
178 aa  167  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  68.85 
 
 
178 aa  167  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  68.85 
 
 
178 aa  167  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  68.85 
 
 
178 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  54.36 
 
 
152 aa  167  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  68.85 
 
 
178 aa  167  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  68.85 
 
 
178 aa  167  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  68.85 
 
 
178 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1964  single-strand binding protein  55.62 
 
 
166 aa  167  2e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0586806  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  71.05 
 
 
180 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3662  single-stranded DNA-binding protein  71.05 
 
 
180 aa  166  3e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.311594  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0691  single-strand binding protein  69.3 
 
 
182 aa  165  5e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  70.43 
 
 
176 aa  164  7e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  70.43 
 
 
176 aa  164  7e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  70.43 
 
 
176 aa  164  7e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  70.43 
 
 
176 aa  164  7e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  70.43 
 
 
176 aa  164  7e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0108  single-strand DNA-binding protein  45.78 
 
 
175 aa  164  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.127981 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0261  single-strand binding protein  56.49 
 
 
163 aa  164  1e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0918801  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  55.49 
 
 
182 aa  164  1e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  69.72 
 
 
155 aa  163  2e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002363  single-stranded DNA-binding protein  67.83 
 
 
178 aa  163  2e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298235  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4439  single-strand binding protein  70.18 
 
 
181 aa  163  2e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580245  normal  0.977465 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  59.29 
 
 
149 aa  163  2e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0025  single-strand binding protein  69.37 
 
 
185 aa  162  3e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.326087  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  66.39 
 
 
181 aa  163  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  57.33 
 
 
168 aa  161  6e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  3.5276e-07 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0930  single-strand binding protein  53.59 
 
 
233 aa  161  8e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0461  single-stranded DNA-binding protein  64.41 
 
 
183 aa  160  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09200  single-stranded DNA-binding protein  65.85 
 
 
165 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0140345  normal  0.797582 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0868  single-stranded DNA-binding protein  65.85 
 
 
165 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0056  single-stranded DNA-binding protein  43.67 
 
 
175 aa  159  4e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.564154 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0262  single-stranded DNA-binding protein  65.79 
 
 
176 aa  157  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1958  single-strand binding protein  47.39 
 
 
219 aa  156  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  1.82579e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1683  putative single-strand binding protein  48.89 
 
 
213 aa  156  3e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0327  single-strand binding protein  44.93 
 
 
201 aa  155  5e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00747942  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06540  single-stranded DNA-binding protein  64.35 
 
 
167 aa  154  8e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0610132  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  53.29 
 
 
188 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0051  single-stranded DNA-binding protein  44.35 
 
 
175 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.772758  normal  0.0108774 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4247  single-strand binding protein  54.86 
 
 
246 aa  154  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.301307  hitchhiker  3.94233e-11 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2223  single-strand binding protein  60.19 
 
 
164 aa  153  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  3.51539e-07  normal  0.108037 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0140  single-strand binding protein  59.82 
 
 
164 aa  152  4e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1569  single-strand binding protein  61.47 
 
 
164 aa  152  5e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285989  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1280  single-strand binding protein  62.26 
 
 
164 aa  152  6e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00522699 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03522  Single-strand binding protein (SSB) (Helix-destabilizing protein)  59.83 
 
 
161 aa  151  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.721181  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03473  hypothetical protein  59.83 
 
 
161 aa  151  7e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1260  single-strand binding protein  55.56 
 
 
161 aa  151  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0616311  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2466  single-strand binding protein  60.38 
 
 
156 aa  150  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34674  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2845  single-strand binding protein  60.38 
 
 
156 aa  150  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.101348  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1992  single-strand binding protein  63.3 
 
 
230 aa  150  2e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  3.47052e-11  decreased coverage  7.11736e-05 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0066  single-stranded DNA-binding protein  64.04 
 
 
150 aa  149  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0817  single-strand binding protein  60.53 
 
 
188 aa  149  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.517323  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0746  single-strand binding protein  48.67 
 
 
161 aa  149  4e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  5.49741e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0002  single-stranded DNA-binding protein  49.71 
 
 
175 aa  149  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1397  single-strand binding protein  55 
 
 
160 aa  149  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4397  single-strand binding protein  62.73 
 
 
149 aa  149  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  1.43406e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  45.5 
 
 
190 aa  148  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4062  single-strand binding protein  54.37 
 
 
148 aa  148  6e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0351  single-stranded DNA-binding protein  63.96 
 
 
169 aa  148  8e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0967385  normal  0.582722 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3307  single-strand binding protein  59.32 
 
 
167 aa  148  9e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>