More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0425 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 281 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  64.26 
 
 		 282 aa  381  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  64.26 
 
 		 282 aa  377  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  63.18 
 
 		 282 aa  372  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05533  transcriptional regulator  49.82 
 
 		 276 aa  275  9e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0413  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 283 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 283 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 283 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 321 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 283 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 322 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  36.56 
 
 		 284 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 284 aa  175  6e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 322 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 322 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 285 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.84 
 
 		 296 aa  171  9e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 284 aa  169  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 316 aa  168  8e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 294 aa  168  8e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 285 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 290 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 294 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0368  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 285 aa  162  7e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  34.63 
 
 		 332 aa  162  7e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  35.13 
 
 		 284 aa  160  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 317 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 284 aa  159  7e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  36.23 
 
 		 289 aa  158  8e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 284 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 309 aa  155  7e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 285 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 279 aa  152  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 282 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 283 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  32.96 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 		 289 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 290 aa  146  4.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 283 aa  145  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 283 aa  145  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0243  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 289 aa  145  7.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 299 aa  142  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 310 aa  142  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  142  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  30.74 
 
 		 324 aa  142  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  32.37 
 
 		 309 aa  142  6e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  32.37 
 
 		 309 aa  142  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 285 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 283 aa  142  8e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 290 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 311 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 294 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 287 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 283 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 291 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 287 aa  139  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 316 aa  139  6e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 289 aa  138  7.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 290 aa  138  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 284 aa  137  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3593  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 294 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 283 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1269  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 291 aa  135  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0299945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 289 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 287 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>