More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0281 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  100 
 
 
227 aa  449  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.15794e-08  unclonable  2.55624e-08 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  86.78 
 
 
227 aa  373  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  6.22263e-08  unclonable  1.01633e-10 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  83.26 
 
 
227 aa  365  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  9.56729e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  85.84 
 
 
227 aa  361  5e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  75 
 
 
228 aa  351  7e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  74.45 
 
 
228 aa  318  6e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  3.45172e-05  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  74.89 
 
 
226 aa  315  3e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.24466e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0256  two component transcriptional regulator, winged helix family  79.39 
 
 
228 aa  305  5e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  2.72342e-07  decreased coverage  1.06333e-05 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0261  two component transcriptional regulator  79.39 
 
 
228 aa  305  5e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000347248  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0254  two component transcriptional regulator  79.39 
 
 
228 aa  303  1e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  3.26652e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0261  two component transcriptional regulator  79.39 
 
 
228 aa  303  2e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  3.61731e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4477  transcriptional regulatory protein CpxR  78.95 
 
 
228 aa  301  6e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3769  two component transcriptional regulator  78.95 
 
 
228 aa  300  1e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  5.56998e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0253  two component transcriptional regulator  78.95 
 
 
228 aa  300  1e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  4.54029e-06  hitchhiker  1.89127e-09 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0252  two component transcriptional regulator  78.95 
 
 
228 aa  300  1e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  5.71082e-06  hitchhiker  0.000346333 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0367  two component transcriptional regulator  78.95 
 
 
228 aa  298  4e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.00212e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  61.23 
 
 
229 aa  276  2e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  5.72967e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  61.33 
 
 
229 aa  275  4e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  60.62 
 
 
228 aa  274  9e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  5.667e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  60.71 
 
 
228 aa  262  4e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  5.91425e-06  unclonable  2.08218e-12 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  57.64 
 
 
232 aa  260  1e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  56.77 
 
 
232 aa  257  1e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3850  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  54.82 
 
 
232 aa  243  2e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.308855  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5367  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  56.33 
 
 
232 aa  242  4e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4105  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  56.33 
 
 
232 aa  242  4e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.393063  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4143  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  56.33 
 
 
232 aa  242  4e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4392  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  56.33 
 
 
232 aa  242  4e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  56.33 
 
 
232 aa  242  4e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0517203  normal  0.0145886 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4446  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  56.33 
 
 
232 aa  242  4e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03747  hypothetical protein  56.33 
 
 
232 aa  242  4e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0830559  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03798  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CpxA  56.33 
 
 
232 aa  242  4e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0579105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4072  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.33 
 
 
232 aa  242  4e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.476785  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4390  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  55.9 
 
 
232 aa  241  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4346  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  55.9 
 
 
232 aa  241  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.591439  hitchhiker  8.17459e-08 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4457  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  55.9 
 
 
232 aa  241  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  55.9 
 
 
232 aa  241  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  55.9 
 
 
232 aa  241  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4033  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  54.82 
 
 
232 aa  241  6e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4810  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  55.9 
 
 
232 aa  241  8e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4060  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  55.02 
 
 
232 aa  240  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  2.52632e-06  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  53.04 
 
 
238 aa  239  3e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  56.19 
 
 
227 aa  238  8e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  2.88823e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0081  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  55.9 
 
 
232 aa  236  2e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4132  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  55.9 
 
 
232 aa  236  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  4.94358e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0084  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  55.9 
 
 
232 aa  236  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.601085  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  55.36 
 
 
226 aa  235  3e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  55.36 
 
 
226 aa  235  3e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  53.51 
 
 
235 aa  234  9e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  51.74 
 
 
242 aa  230  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2970  two component transcriptional regulator  47.56 
 
 
230 aa  221  8e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.068725 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  48.89 
 
 
230 aa  218  7e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  50.87 
 
 
247 aa  214  6e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  47.6 
 
 
231 aa  213  3e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  2.1656e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31150  Response regulator  47.77 
 
 
249 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.152443  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.46 
 
 
235 aa  210  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 
232 aa  209  3e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  5.61273e-12 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  47.19 
 
 
233 aa  209  3e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  46.22 
 
 
231 aa  208  5e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 
222 aa  206  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2572  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 
230 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.186253 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3372  winged helix family two component transcriptional regulator  45.85 
 
 
233 aa  204  7e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690812  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3793  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.17 
 
 
229 aa  201  6e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_003296  RS03088  two-component response regulator transcription regulator protein  44.84 
 
 
246 aa  200  2e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.25081 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  50 
 
 
223 aa  200  2e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  3.69721e-10  hitchhiker  9.68682e-09 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2386  two component transcriptional regulator  44.98 
 
 
253 aa  199  2e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.3038  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0704  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.29 
 
 
226 aa  198  7e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.710027 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  43.81 
 
 
229 aa  196  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  41.7 
 
 
228 aa  195  4e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  43.24 
 
 
229 aa  190  1e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6517  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.39 
 
 
228 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0325894 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1831  two component transcriptional regulator  48.03 
 
 
225 aa  189  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.989444  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.5 
 
 
228 aa  187  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1223  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 
230 aa  186  2e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.140258  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4347  two component transcriptional regulator  45.18 
 
 
244 aa  185  4e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.215798  normal  0.0155623 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15610  Response regulator, transciptional regulatory protein  45.58 
 
 
225 aa  185  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0572115  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3452  two component transcriptional regulator  44.34 
 
 
226 aa  185  5e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00186092 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3792  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 
225 aa  184  8e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  2.77452e-10 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22760  putative two-component response regulator  46.26 
 
 
225 aa  184  1e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0539892 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1483  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 
225 aa  183  2e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0288957  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1408  two component transcriptional regulator  45.81 
 
 
225 aa  183  2e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0248977  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4503  winged helix family two component transcriptional regulator  45.81 
 
 
225 aa  183  2e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390062  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  45.25 
 
 
229 aa  182  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4009  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 
225 aa  182  4e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.597595  hitchhiker  1.10419e-05 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1922  putative two-component response regulator  45.81 
 
 
225 aa  181  6e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.34 
 
 
234 aa  179  3e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.34 
 
 
234 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 
245 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0771  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.89 
 
 
226 aa  178  6e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  4.23816e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3589  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.81 
 
 
225 aa  177  9e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.110518  normal  0.715571 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1806  DNA-binding response regulator  44.69 
 
 
225 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 
231 aa  176  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3195  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 
226 aa  176  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.67 
 
 
235 aa  176  3e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2301  two component transcriptional regulator  42.36 
 
 
244 aa  175  4e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025805  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  44.1 
 
 
232 aa  175  7e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3275  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 
232 aa  174  8e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000116561  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  42.27 
 
 
227 aa  174  9e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1313  transcriptional regulatory protein CpxR  42.34 
 
 
227 aa  174  1e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.18695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4562  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 
247 aa  174  1e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.488322  normal  0.0982939 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0585  DNA-binding response regulator  40.71 
 
 
230 aa  174  1e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00125793  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>