More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0278 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0278  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
291 aa  603  1e-172  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.676555  unclonable  1.95953e-08 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3936  LysR family transcriptional regulator  88.85 
 
 
295 aa  541  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0258  LysR family transcriptional regulator  85.02 
 
 
289 aa  512  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0276  transcriptional regulator, LysR family protein  82.75 
 
 
287 aa  497  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160059  hitchhiker  1.9997e-06 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3892  transcriptional regulator, LysR family protein  80.07 
 
 
288 aa  480  1e-134  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0258  LysR family transcriptional regulator  79.17 
 
 
288 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.489347  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2226  LysR family transcriptional regulator  80.35 
 
 
294 aa  477  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0492432  normal  0.299524 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3532  LysR family transcriptional regulator  77.93 
 
 
288 aa  474  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2149  LysR family transcriptional regulator  80 
 
 
294 aa  475  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.269804  normal  0.274984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.19 
 
 
313 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 
299 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  32.16 
 
 
284 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
284 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 
306 aa  148  9e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
299 aa  145  8e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 
309 aa  144  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 
284 aa  140  2e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 
298 aa  136  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 
316 aa  135  1e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 
283 aa  134  2e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 
283 aa  134  2e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
294 aa  134  2e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
296 aa  134  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
283 aa  133  4e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  33.74 
 
 
280 aa  133  4e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  29.51 
 
 
289 aa  132  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.04 
 
 
296 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4127  putative transcriptional regulator  29.23 
 
 
294 aa  132  7e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0482297  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 
290 aa  131  1e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 
322 aa  130  2e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 
322 aa  130  2e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
290 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 
289 aa  130  4e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 
283 aa  129  5e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
283 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 
316 aa  129  6e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
306 aa  129  7e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  27.96 
 
 
332 aa  128  1e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 
299 aa  127  2e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 
279 aa  127  2e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47880  putative transcriptional regulator  29.58 
 
 
288 aa  126  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000178644  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  29.43 
 
 
287 aa  126  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 
321 aa  125  9e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 
300 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6042  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
302 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.957083 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 
292 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 
290 aa  123  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
322 aa  123  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
297 aa  123  4e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  28.83 
 
 
295 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
317 aa  122  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
282 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
292 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
292 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
305 aa  120  2e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 
294 aa  120  2e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
282 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  4.87815e-10 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 
284 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 
287 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
285 aa  119  8e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
282 aa  119  8e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 
284 aa  118  1e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  27.86 
 
 
282 aa  117  2e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.22814e-08 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  27.05 
 
 
298 aa  117  2e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.56 
 
 
300 aa  117  2e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7727  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
298 aa  117  2e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840004  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  26.92 
 
 
299 aa  117  2e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
303 aa  117  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 
283 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 
301 aa  116  4e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
291 aa  116  4e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0961  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 
289 aa  116  4e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 
294 aa  116  4e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
291 aa  116  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 
282 aa  116  6e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
316 aa  115  6e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
291 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 
282 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  35.9 
 
 
284 aa  116  6e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
287 aa  115  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7471  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 
292 aa  115  8e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
291 aa  115  8e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
291 aa  114  1e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
296 aa  115  1e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
291 aa  114  1e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
294 aa  114  1e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
291 aa  114  1e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
282 aa  114  2e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
321 aa  114  2e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
286 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
367 aa  113  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
286 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 
289 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
286 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 
283 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
286 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0413  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 
302 aa  113  4e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
282 aa  113  4e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 
298 aa  113  4e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 
323 aa  113  4e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>