More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0274 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
306 aa  619  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  2.55624e-08 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  82.18 
 
 
305 aa  509  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  76.9 
 
 
310 aa  481  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  54.28 
 
 
313 aa  338  9e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  52.81 
 
 
341 aa  330  1e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  52.48 
 
 
314 aa  327  2e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  52.81 
 
 
318 aa  327  2e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  52.3 
 
 
313 aa  315  9e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  33.67 
 
 
309 aa  157  3e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 
323 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 
318 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 
322 aa  149  5e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 
323 aa  148  9e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
330 aa  148  1e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  32.69 
 
 
322 aa  147  2e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 
319 aa  145  6e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
327 aa  145  9e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 
321 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
320 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
319 aa  142  5e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 
319 aa  142  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  32.69 
 
 
313 aa  142  8e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 
323 aa  140  2e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
323 aa  140  2e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
323 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
323 aa  139  6e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 
323 aa  139  8e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  31.21 
 
 
314 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  1.17377e-06  decreased coverage  1.5924e-07 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  30.34 
 
 
301 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
322 aa  137  3e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
308 aa  135  1e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
305 aa  134  2e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  31.86 
 
 
298 aa  133  4e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 
308 aa  133  4e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
308 aa  133  4e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  32.82 
 
 
326 aa  132  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 
308 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  30.48 
 
 
327 aa  132  6e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 
307 aa  132  7e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  31.09 
 
 
323 aa  132  9e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  31.53 
 
 
298 aa  130  2e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4063  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
310 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.444174  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  30.85 
 
 
304 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  30.85 
 
 
304 aa  129  5e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  29.57 
 
 
306 aa  129  5e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
310 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
333 aa  129  9e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
312 aa  128  1e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  9.32924e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 
342 aa  128  1e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  1.38303e-05  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
298 aa  127  2e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
329 aa  127  2e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 
315 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 
313 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 
314 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.81 
 
 
300 aa  125  6e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  30.82 
 
 
304 aa  125  8e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  30.49 
 
 
304 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 
329 aa  125  1e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 
313 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  9.46054e-05  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 
313 aa  124  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 
336 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
302 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  31.68 
 
 
311 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 
313 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.70817e-07  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
314 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
321 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 
313 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 
313 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.52565e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 
307 aa  122  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
311 aa  122  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 
314 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
311 aa  122  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  29.45 
 
 
321 aa  122  8e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  28.43 
 
 
310 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 
318 aa  122  1e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 
310 aa  122  1e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.8485e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 
355 aa  122  1e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 
320 aa  122  1e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 
301 aa  120  2e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  27.96 
 
 
326 aa  121  2e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
311 aa  121  2e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 
310 aa  120  2e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.57 
 
 
300 aa  120  2e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  30.03 
 
 
319 aa  120  2e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
324 aa  121  2e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  30.69 
 
 
311 aa  121  2e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.95 
 
 
321 aa  121  2e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 
319 aa  120  2e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 
310 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
355 aa  120  4e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 
316 aa  120  4e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
355 aa  119  4e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  27.45 
 
 
309 aa  120  4e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
355 aa  120  4e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
355 aa  120  4e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
319 aa  119  5e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 
432 aa  119  7e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  2.24126e-05 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 
301 aa  118  1e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 
314 aa  118  1e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
311 aa  118  1e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>