275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0157 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0157  competence protein ComF  100 
 
 
274 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0177  competence protein ComF  65.29 
 
 
266 aa  344  7e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4198  competence protein ComF  59.69 
 
 
263 aa  330  1e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4330  competence protein ComF  59.3 
 
 
263 aa  330  1e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0141  competence protein ComF  60.08 
 
 
263 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4126  competence protein ComF  59.69 
 
 
263 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3800  competence protein ComF  58.53 
 
 
262 aa  324  1e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  61.8 
 
 
268 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  61.8 
 
 
268 aa  311  6.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4625  competence protein ComF  62.77 
 
 
235 aa  310  1e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4009  competence protein ComF  60.09 
 
 
262 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3629  competence protein ComF  62.34 
 
 
252 aa  305  6e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4012  competence protein ComF  59.13 
 
 
249 aa  291  1e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3529  competence protein ComF  51.29 
 
 
293 aa  265  4e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0243  competence protein ComF  53.97 
 
 
268 aa  254  8e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3504  competence protein ComF  54.7 
 
 
250 aa  246  4e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  35.44 
 
 
232 aa  128  8.000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  32.77 
 
 
239 aa  126  3e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  36.94 
 
 
230 aa  124  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  34.08 
 
 
227 aa  122  5e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  36 
 
 
241 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  35.09 
 
 
241 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  35.68 
 
 
234 aa  119  7e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  35.24 
 
 
234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  35.56 
 
 
244 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0572  ComF family protein  32.83 
 
 
204 aa  114  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  31.05 
 
 
233 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  35.56 
 
 
244 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  32.63 
 
 
247 aa  112  7.000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  35.81 
 
 
246 aa  112  9e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  29.73 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  33.89 
 
 
263 aa  109  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  33.89 
 
 
237 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  34.8 
 
 
243 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  32.5 
 
 
245 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  34.63 
 
 
246 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4231  amidophosphoribosyltransferases-like  30.17 
 
 
240 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3201  amidophosphoribosyltransferase  34.6 
 
 
226 aa  108  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.387541  normal  0.0162666 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2296  hypothetical protein  31.14 
 
 
241 aa  105  8e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.658532  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  32.46 
 
 
262 aa  105  9e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  37.77 
 
 
247 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3888  gluconate periplasmic binding protein  32.59 
 
 
227 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  37.38 
 
 
258 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  33.18 
 
 
246 aa  103  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  30.09 
 
 
230 aa  103  4e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4720  gluconate periplasmic binding protein  32.59 
 
 
248 aa  102  7e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3826  gluconate periplasmic binding protein  32.14 
 
 
227 aa  102  8e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03265  gluconate periplasmic binding protein with phosphoribosyltransferase domain, GNT I system  32.59 
 
 
227 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00626502  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0300  comF family protein  32.14 
 
 
227 aa  100  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3694  gluconate periplasmic binding protein  32.59 
 
 
227 aa  100  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3610  gluconate periplasmic binding protein  32.59 
 
 
227 aa  101  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03217  hypothetical protein  32.59 
 
 
227 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00548769  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0300  gluconate periplasmic binding protein  32.59 
 
 
227 aa  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414054  normal  0.0237558 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  30.04 
 
 
230 aa  100  3e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  35.51 
 
 
247 aa  100  3e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3709  gluconate periplasmic binding protein  31.86 
 
 
227 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.604176  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  34.87 
 
 
231 aa  99.8  4e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  31.86 
 
 
230 aa  99.4  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  33.97 
 
 
286 aa  99.4  6e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3712  gluconate periplasmic binding protein  31.86 
 
 
227 aa  99  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  34.51 
 
 
237 aa  99  8e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3784  gluconate periplasmic binding protein  31.86 
 
 
227 aa  99  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  32.89 
 
 
242 aa  98.6  9e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3818  gluconate periplasmic binding protein  31.86 
 
 
227 aa  97.8  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3794  gluconate periplasmic binding protein  32.14 
 
 
227 aa  98.2  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3880  gluconate periplasmic binding protein  31.42 
 
 
227 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  32.97 
 
 
237 aa  97.1  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000295242  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  31.44 
 
 
243 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  32.2 
 
 
243 aa  95.1  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  35.62 
 
 
246 aa  95.1  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0218  competence protein,-like protein  37.75 
 
 
273 aa  94.4  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0828937  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  33.19 
 
 
233 aa  94  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  31.72 
 
 
258 aa  94.4  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  34.36 
 
 
233 aa  94.7  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  32.14 
 
 
240 aa  94.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1401  phosphoribosyltransferase  33.82 
 
 
242 aa  93.6  3e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  32.3 
 
 
233 aa  93.2  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0215  putative competence protein F-related protein  32.99 
 
 
240 aa  92.8  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.162002 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  31.25 
 
 
242 aa  92  9e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  30.97 
 
 
243 aa  92  9e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2183  phosphoribosyltransferase  33.64 
 
 
230 aa  91.7  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000715358  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2905  phosphoribosyltransferase  29 
 
 
270 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2767  phosphoribosyltransferase  28.45 
 
 
270 aa  90.5  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  32.05 
 
 
279 aa  90.5  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  32.88 
 
 
238 aa  89.4  6e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0976  hypothetical protein  33.51 
 
 
229 aa  89  8e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0430992  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  29.52 
 
 
251 aa  89  8e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  30.41 
 
 
268 aa  88.6  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00615  amidophosphoribosyltransferase  30.77 
 
 
185 aa  88.6  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  31.18 
 
 
296 aa  88.2  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  32.86 
 
 
255 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3816  putative phosphoribosyl transferase  30.19 
 
 
266 aa  88.6  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.231863 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  34.88 
 
 
245 aa  88.6  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000243751  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  28.88 
 
 
255 aa  87.8  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  32.3 
 
 
227 aa  87.8  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  30.84 
 
 
228 aa  87.8  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1623  phosphoribosyltransferase  34.45 
 
 
227 aa  87.8  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.933338  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  31.19 
 
 
259 aa  87.8  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  34.17 
 
 
238 aa  86.7  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4174  putative competence protein f-related protein  29.49 
 
 
261 aa  86.7  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>