More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0040 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 331 aa  671    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  76.06 
 
 		 368 aa  534  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  65.76 
 
 		 338 aa  461  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  66.06 
 
 		 340 aa  464  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  65.15 
 
 		 338 aa  461  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  65.15 
 
 		 338 aa  461  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  65.15 
 
 		 338 aa  462  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  65.15 
 
 		 338 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  65.15 
 
 		 338 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  65.15 
 
 		 338 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  65.15 
 
 		 338 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3734  DNA protecting protein DprA  68.79 
 
 		 339 aa  442  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.242141  hitchhiker  0.0022522 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  62.42 
 
 		 362 aa  424  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  64.24 
 
 		 339 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  60.91 
 
 		 338 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  59.09 
 
 		 338 aa  396  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  46.6 
 
 		 352 aa  301  1e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  50.81 
 
 		 369 aa  300  3e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  50.33 
 
 		 369 aa  296  4e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  49.19 
 
 		 361 aa  289  4e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  47.6 
 
 		 369 aa  289  4e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  49.19 
 
 		 361 aa  288  7e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  50.16 
 
 		 383 aa  275  1.0000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  47.71 
 
 		 371 aa  272  6e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3881  DNA protecting protein DprA  46.2 
 
 		 373 aa  271  9e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000308128  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0317  DNA protecting protein DprA  46.2 
 
 		 373 aa  271  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595486  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3967  DNA protecting protein DprA  45.57 
 
 		 373 aa  269  5e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.104375  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  45.05 
 
 		 377 aa  265  1e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  47.1 
 
 		 379 aa  261  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  43.83 
 
 		 369 aa  260  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0440  DNA protecting protein DprA  46.05 
 
 		 377 aa  259  6e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.303838  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  46.46 
 
 		 308 aa  258  7e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3717  DNA protecting protein DprA  46.08 
 
 		 374 aa  258  1e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00862167  decreased coverage  0.00279195 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3788  DNA protecting protein DprA  46.28 
 
 		 373 aa  255  6e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00493314  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  46.13 
 
 		 296 aa  255  8e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3670  DNA protecting protein DprA  46.41 
 
 		 374 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.206561  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3768  DNA protecting protein DprA  46.41 
 
 		 374 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00137702  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  43.99 
 
 		 364 aa  253  5.000000000000001e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3581  DNA protecting protein DprA  46.41 
 
 		 374 aa  252  5.000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0315496  normal  0.18869 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  44.14 
 
 		 372 aa  252  7e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3602  DNA protecting protein DprA  43.99 
 
 		 374 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.62233 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03136  hypothetical protein  46.08 
 
 		 374 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.393563  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0428  DNA protecting protein DprA  46.08 
 
 		 374 aa  250  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4608  DNA protecting protein DprA  46.08 
 
 		 374 aa  250  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0168836  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03087  hypothetical protein  46.08 
 
 		 374 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  43.73 
 
 		 379 aa  250  2e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3479  DNA protecting protein DprA  46.08 
 
 		 374 aa  250  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000661668  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0428  DNA protecting protein DprA  46.08 
 
 		 374 aa  250  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0030328  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3601  DNA protecting protein DprA  43.67 
 
 		 374 aa  249  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000541333  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3674  DNA protecting protein DprA  43.67 
 
 		 374 aa  249  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3709  DNA protecting protein DprA  43.67 
 
 		 374 aa  249  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.0813608 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  46.15 
 
 		 336 aa  249  6e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  40.51 
 
 		 388 aa  248  7e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3772  DNA protecting protein DprA  43.67 
 
 		 374 aa  248  7e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  43.85 
 
 		 389 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  43.3 
 
 		 377 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  43.45 
 
 		 399 aa  245  6e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  44.92 
 
 		 373 aa  244  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  42.01 
 
 		 448 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  47.44 
 
 		 368 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  43.3 
 
 		 374 aa  243  3.9999999999999997e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  45.12 
 
 		 379 aa  242  7e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  42.86 
 
 		 377 aa  240  2e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  44.15 
 
 		 368 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  45.82 
 
 		 368 aa  238  8e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  46.64 
 
 		 362 aa  238  9e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  42.3 
 
 		 422 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  44.06 
 
 		 375 aa  238  1e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  43.04 
 
 		 320 aa  237  3e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  39.38 
 
 		 381 aa  236  3e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  46.49 
 
 		 394 aa  236  4e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  44.05 
 
 		 366 aa  236  4e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  39.38 
 
 		 381 aa  235  8e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  44.59 
 
 		 434 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  42.3 
 
 		 422 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  42.67 
 
 		 365 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  44.59 
 
 		 434 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2865  DNA processing protein DprA, putative  44.04 
 
 		 371 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  41.57 
 
 		 422 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  44.11 
 
 		 361 aa  232  8.000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  41.34 
 
 		 475 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  43.34 
 
 		 370 aa  231  2e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  42.95 
 
 		 365 aa  231  2e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  42.95 
 
 		 365 aa  231  2e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  44.05 
 
 		 396 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  44.05 
 
 		 396 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  41.03 
 
 		 475 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  44.05 
 
 		 434 aa  229  6e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  43.69 
 
 		 399 aa  229  6e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  44.05 
 
 		 434 aa  229  7e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  44.05 
 
 		 434 aa  229  7e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  45.21 
 
 		 365 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  44.86 
 
 		 365 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  52.27 
 
 		 362 aa  226  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  44.75 
 
 		 382 aa  225  8e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  44.86 
 
 		 365 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  37.9 
 
 		 421 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  44.33 
 
 		 365 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  41.14 
 
 		 399 aa  223  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  44.64 
 
 		 359 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>