More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_2436 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_1017  iron hydrogenase, small subunit  68.13 
 
 		 574 aa  765    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2436  (Fe) hydrogenase, large subunit HymC, putative  100 
 
 		 563 aa  1164    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000128912  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  55.44 
 
 		 576 aa  616  1e-175  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  55.54 
 
 		 583 aa  600  1e-170  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  53.26 
 
 		 573 aa  595  1e-169  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  53.26 
 
 		 573 aa  596  1e-169  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  52.91 
 
 		 573 aa  594  1e-168  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  51.22 
 
 		 582 aa  590  1e-167  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  53.68 
 
 		 573 aa  590  1e-167  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  50.88 
 
 		 582 aa  587  1e-166  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1781  hydrogenase, Fe-only  53.73 
 
 		 578 aa  587  1e-166  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  51.14 
 
 		 579 aa  583  1.0000000000000001e-165  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  52.8 
 
 		 593 aa  583  1.0000000000000001e-165  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  50.88 
 
 		 581 aa  581  1e-164  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  52.28 
 
 		 573 aa  573  1.0000000000000001e-162  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  51.33 
 
 		 578 aa  563  1.0000000000000001e-159  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0152  hydrogenase, Fe-only  51.74 
 
 		 580 aa  561  1e-158  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  48.25 
 
 		 574 aa  546  1e-154  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  50.88 
 
 		 590 aa  520  1e-146  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  47.19 
 
 		 582 aa  518  1.0000000000000001e-145  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  45.45 
 
 		 582 aa  513  1e-144  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02980  NADH dehydrogenase I subunit G  48.95 
 
 		 570 aa  509  1e-143  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0747  hydrogenase, Fe-only  47.55 
 
 		 582 aa  507  9.999999999999999e-143  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  47.97 
 
 		 569 aa  507  9.999999999999999e-143  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0723  hydrogenase, Fe-only  47.55 
 
 		 582 aa  504  1e-141  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1085  hydrogenase, Fe-only  47.23 
 
 		 577 aa  503  1e-141  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1605  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  47.18 
 
 		 585 aa  499  1e-140  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0150  hydrogenase, Fe-only  45.98 
 
 		 585 aa  500  1e-140  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  45.42 
 
 		 586 aa  497  1e-139  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3290  hydrogenases, Fe-only  44.79 
 
 		 594 aa  496  1e-139  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1544  hydrogenase, Fe-only  45.72 
 
 		 581 aa  491  1e-137  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557218 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0533  hydrogenase, Fe-only  45.2 
 
 		 582 aa  491  1e-137  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0310904  normal  0.240554 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1633  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  46.9 
 
 		 585 aa  488  1e-136  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000469619  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0723  hydrogenase, Fe-only  46.25 
 
 		 578 aa  484  1e-135  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0625  hydrogenase, Fe-only  45.35 
 
 		 587 aa  479  1e-134  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000144729  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3601  hydrogenase, Fe-only  43.9 
 
 		 587 aa  476  1e-133  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  44.5 
 
 		 666 aa  477  1e-133  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2159  hydrogenase, Fe-only  44.56 
 
 		 582 aa  473  1e-132  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1384  hydrogenases, Fe-only  45.03 
 
 		 606 aa  468  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3829  hydrogenase, Fe-only  43.87 
 
 		 625 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2502  iron-containing hydrogenase, Hyd gamma  45.55 
 
 		 598 aa  467  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1548  hydrogenase, Fe-only  43.52 
 
 		 615 aa  466  9.999999999999999e-131  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0137  hydrogenase, Fe-only  42.34 
 
 		 619 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2341  iron hydrogenase  40 
 
 		 572 aa  436  1e-121  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0290  hydrogenase, Fe-only  48.04 
 
 		 549 aa  436  1e-121  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199872  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0463  hydrogenases, Fe-only  49.89 
 
 		 520 aa  435  1e-120  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  38.83 
 
 		 562 aa  430  1e-119  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2655  iron hydrogenase  39.14 
 
 		 572 aa  429  1e-119  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0168  hydrogenase, Fe-only  48.22 
 
 		 513 aa  426  1e-118  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.191335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  38.01 
 
 		 601 aa  423  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1593  Fe-hydrogenase  40.24 
 
 		 596 aa  417  9.999999999999999e-116  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  40.82 
 
 		 566 aa  415  9.999999999999999e-116  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  39.96 
 
 		 567 aa  417  9.999999999999999e-116  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0157  hydrogenase, Fe-only  49.23 
 
 		 523 aa  418  9.999999999999999e-116  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.434937  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4621  hydrogenase, Fe-only  47.02 
 
 		 527 aa  411  1e-113  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16530  hydrogenase, Fe-only  40.28 
 
 		 569 aa  408  1.0000000000000001e-112  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.143158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  40.62 
 
 		 659 aa  404  1e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3003  hydrogenase, Fe-only  41.04 
 
 		 644 aa  375  1e-103  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  39.44 
 
 		 645 aa  374  1e-102  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0475  ferredoxin hydrogenase  44.54 
 
 		 458 aa  374  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  39.44 
 
 		 645 aa  374  1e-102  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0225  hydrogenase, Fe-only  37.72 
 
 		 667 aa  370  1e-101  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  38.19 
 
 		 653 aa  371  1e-101  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  37.48 
 
 		 666 aa  364  2e-99  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1883  ferredoxin hydrogenase  42.42 
 
 		 460 aa  363  6e-99  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1076  [Fe] hydrogenase  43.71 
 
 		 696 aa  356  7.999999999999999e-97  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.723256  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2056  hydrogenase, Fe-only  45.79 
 
 		 644 aa  348  1e-94  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000410653  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  38.86 
 
 		 1150 aa  346  5e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0938  periplasmic [Fe] hydrogenase 1  43.02 
 
 		 696 aa  344  2e-93  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625857  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1925  ferredoxin hydrogenase  47.26 
 
 		 387 aa  336  7.999999999999999e-91  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2281  ferredoxin hydrogenase  48.59 
 
 		 439 aa  333  4e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0848  hydrogenases, Fe-only  46.95 
 
 		 417 aa  324  2e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3250  hydrogenases, Fe-only  44.13 
 
 		 410 aa  306  6e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.644479  hitchhiker  0.0000163586 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0711  response regulator receiver protein  43.88 
 
 		 410 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.312278  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1386  hydrogenases, Fe-only  45.2 
 
 		 421 aa  304  3.0000000000000004e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.999103  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3920  periplasmic Fe hydrogenase, large subunit  43.88 
 
 		 410 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1503  hydrogenase, Fe-only  46.01 
 
 		 418 aa  303  6.000000000000001e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349556  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0081  ferredoxin hydrogenase  42.82 
 
 		 421 aa  288  1e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0310  ferredoxin hydrogenase  30.43 
 
 		 462 aa  211  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33837  predicted protein  28.64 
 
 		 473 aa  180  7e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.40604 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1080  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  34.16 
 
 		 960 aa  157  6e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2741  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.74 
 
 		 960 aa  155  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.313061 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2853  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.33 
 
 		 960 aa  155  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.771386 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0031  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.32 
 
 		 1000 aa  151  2e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3656  formate dehydrogenase, alpha subunit  35 
 
 		 948 aa  152  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.480327 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1708  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.5 
 
 		 959 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2185  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.93 
 
 		 960 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.602321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3552  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.93 
 
 		 960 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.09 
 
 		 944 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2558  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.01 
 
 		 973 aa  148  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.779669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.18 
 
 		 951 aa  149  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2856  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.71 
 
 		 959 aa  148  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1809  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.93 
 
 		 960 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  34.63 
 
 		 984 aa  147  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.63 
 
 		 984 aa  147  6e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.63 
 
 		 984 aa  147  6e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.63 
 
 		 984 aa  147  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.63 
 
 		 984 aa  147  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.63 
 
 		 984 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  37.32 
 
 		 899 aa  146  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>