More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_2140 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 
358 aa  728    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.52 
 
 
356 aa  510  1e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0597  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.61 
 
 
523 aa  478  1e-134  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000598819  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2252  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.24 
 
 
357 aa  477  1e-133  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.22 
 
 
362 aa  457  9.999999999999999e-129  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000258319  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2487  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.1 
 
 
352 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0972  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.71 
 
 
362 aa  443  1e-123  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.24 
 
 
358 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4657  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.23 
 
 
364 aa  436  1e-121  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431802 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.85 
 
 
371 aa  437  1e-121  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2577  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.29 
 
 
362 aa  437  1e-121  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.338977  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.93 
 
 
356 aa  437  1e-121  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.39 
 
 
360 aa  430  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.78 
 
 
360 aa  430  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0036  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.39 
 
 
355 aa  429  1e-119  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.246582  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1020  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.99 
 
 
356 aa  429  1e-119  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00117198  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1740  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.8 
 
 
357 aa  430  1e-119  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.06 
 
 
360 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.22 
 
 
360 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.22 
 
 
360 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0908  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.77 
 
 
362 aa  426  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0378851  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.98 
 
 
363 aa  427  1e-118  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0347  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.57 
 
 
361 aa  425  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3222  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.99 
 
 
358 aa  425  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.22 
 
 
360 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0340  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.57 
 
 
361 aa  425  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.5 
 
 
360 aa  425  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  60 
 
 
357 aa  427  1e-118  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1341  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.72 
 
 
357 aa  427  1e-118  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.643187 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.72 
 
 
357 aa  421  1e-117  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.94 
 
 
360 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.94 
 
 
360 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1264  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.81 
 
 
355 aa  422  1e-117  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3353  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.5 
 
 
362 aa  422  1e-117  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0114  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.96 
 
 
352 aa  424  1e-117  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3358  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.61 
 
 
360 aa  424  1e-117  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1781  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.39 
 
 
359 aa  423  1e-117  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.500834  hitchhiker  0.00494446 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1546  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.66 
 
 
373 aa  422  1e-117  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.178342  normal  0.073036 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1045  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.38 
 
 
362 aa  420  1e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.18231  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1516  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.94 
 
 
357 aa  420  1e-116  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0986434  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.82 
 
 
354 aa  421  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0348  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.54 
 
 
363 aa  418  1e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000128786  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1703  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.72 
 
 
351 aa  418  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.112603  hitchhiker  0.00699985 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1365  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.8 
 
 
356 aa  421  1e-116  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.528909  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0045  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.58 
 
 
362 aa  420  1e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146911  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.23 
 
 
357 aa  418  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2879  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.27 
 
 
362 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.04 
 
 
350 aa  417  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.15 
 
 
371 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1505  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.67 
 
 
365 aa  415  9.999999999999999e-116  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0654454  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1918  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.32 
 
 
353 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1958  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.56 
 
 
367 aa  415  9.999999999999999e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1247  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.99 
 
 
359 aa  417  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.22 
 
 
360 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2099  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.82 
 
 
355 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000153808  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1539  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.87 
 
 
357 aa  414  1e-114  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.38 
 
 
360 aa  411  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1904  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.15 
 
 
365 aa  411  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000997715  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.46 
 
 
362 aa  414  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000206723  normal  0.0345378 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2586  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.87 
 
 
359 aa  414  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1483  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.87 
 
 
357 aa  412  1e-114  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.607612  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.87 
 
 
357 aa  414  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3233  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.87 
 
 
357 aa  414  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0488471  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1047  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.15 
 
 
357 aa  410  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0767  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.38 
 
 
356 aa  408  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2987  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.57 
 
 
362 aa  409  1e-113  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0123626  normal  0.372327 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.75 
 
 
357 aa  409  1e-113  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1101  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.67 
 
 
355 aa  410  1e-113  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.815797  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3900  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.54 
 
 
373 aa  410  1e-113  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.527564  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.38 
 
 
360 aa  410  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.44 
 
 
356 aa  410  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1054  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.22 
 
 
356 aa  410  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.347892 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0509  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.47 
 
 
357 aa  410  1e-113  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1221  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.59 
 
 
357 aa  409  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0144759 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0017  3-isopropylmalate dehydrogenase  61 
 
 
355 aa  411  1e-113  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0788  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.45 
 
 
357 aa  405  1.0000000000000001e-112  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0487359  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0192  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.98 
 
 
373 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4403  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.54 
 
 
360 aa  405  1.0000000000000001e-112  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1230  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.46 
 
 
361 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.121054 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1420  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.22 
 
 
362 aa  404  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.71 
 
 
379 aa  403  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.197257  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.5 
 
 
358 aa  402  1e-111  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1716  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.34 
 
 
357 aa  404  1e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3041  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.03 
 
 
356 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1677  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.82 
 
 
367 aa  400  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1014  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.7 
 
 
362 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.49 
 
 
359 aa  400  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5238  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.82 
 
 
356 aa  399  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.37874 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_29616  predicted protein  57.58 
 
 
361 aa  399  9.999999999999999e-111  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0585  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.74 
 
 
369 aa  398  9.999999999999999e-111  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0320977  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.4 
 
 
363 aa  396  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378872  normal  0.141872 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2162  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.1 
 
 
363 aa  397  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17341  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.45 
 
 
357 aa  397  1e-109  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1920  3-isopropylmalate dehydrogenase  58 
 
 
353 aa  396  1e-109  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2226  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.34 
 
 
359 aa  398  1e-109  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1793  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.67 
 
 
356 aa  397  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1100  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.02 
 
 
363 aa  392  1e-108  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.757445  normal  0.166084 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2131  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.82 
 
 
355 aa  392  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.609597  normal  0.0221523 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3610  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.16 
 
 
361 aa  393  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1934  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.86 
 
 
367 aa  391  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00169189  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>