More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_1543 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
359 aa  733  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1552  hypothetical protein  94.44 
 
 
64 aa  72.8  9e-12  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  35.64 
 
 
115 aa  62  2e-08  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3235  protein of unknown function DUF955  29.33 
 
 
270 aa  60.5  4e-08  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.554214  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  26.91 
 
 
355 aa  59.3  9e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  23.47 
 
 
399 aa  58.5  2e-07  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  1.22328e-07  unclonable  3.70902e-10 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0134  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 
152 aa  58.2  2e-07  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000191075  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0551  hypothetical protein  26.04 
 
 
294 aa  57.8  3e-07  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1274  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 
152 aa  57.8  3e-07  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.222413  normal  0.176639 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  25.78 
 
 
367 aa  57.8  3e-07  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  29.17 
 
 
366 aa  57.8  3e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  43.08 
 
 
227 aa  57.4  4e-07  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  41.46 
 
 
182 aa  57  5e-07  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  26.15 
 
 
367 aa  56.2  9e-07  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0552  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
117 aa  55.8  1e-06  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  31.68 
 
 
163 aa  55.8  1e-06  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0510  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 
114 aa  55.8  1e-06  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  7.59518e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  29.28 
 
 
401 aa  55.8  1e-06  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  1.96734e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  31.07 
 
 
149 aa  54.7  2e-06  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  4.85883e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  25.69 
 
 
355 aa  55.5  2e-06  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  31.13 
 
 
149 aa  55.1  2e-06  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  1.16919e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  32.08 
 
 
149 aa  55.1  2e-06  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2371  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
165 aa  54.3  3e-06  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.111191  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  31.07 
 
 
149 aa  54.3  3e-06  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  4.14379e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  31.07 
 
 
149 aa  54.7  3e-06  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  26.94 
 
 
356 aa  54.3  3e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  2.0389e-09 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  25 
 
 
367 aa  53.9  4e-06  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  40.62 
 
 
233 aa  53.9  4e-06  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0316  helix-turn-helix domain-containing protein  30.61 
 
 
107 aa  53.9  4e-06  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0309  XRE family transcriptional regulator  30.61 
 
 
107 aa  53.9  4e-06  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.793931  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  27.66 
 
 
394 aa  53.9  5e-06  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  48.39 
 
 
342 aa  53.5  5e-06  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  39.39 
 
 
92 aa  53.1  7e-06  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
128 aa  53.1  8e-06  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  6.72654e-05  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 
321 aa  52.8  8e-06  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  25.88 
 
 
372 aa  52.8  9e-06  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  26.32 
 
 
347 aa  52  1e-05  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  3.66307e-07  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  28.46 
 
 
372 aa  52  1e-05  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  40.62 
 
 
233 aa  52.8  1e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
194 aa  52  1e-05  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  40.62 
 
 
233 aa  52.8  1e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0617  hypothetical protein  43.94 
 
 
71 aa  51.6  2e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455371  hitchhiker  2.89495e-06 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 
189 aa  52  2e-05  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  29.9 
 
 
105 aa  51.6  2e-05  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  37.88 
 
 
144 aa  52  2e-05  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  31.62 
 
 
201 aa  51.2  2e-05  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 
334 aa  52  2e-05  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  7.90722e-13 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  39.51 
 
 
216 aa  50.8  3e-05  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  23.7 
 
 
400 aa  51.2  3e-05  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  34.74 
 
 
175 aa  51.2  3e-05  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  39.51 
 
 
216 aa  50.8  3e-05  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  35.62 
 
 
229 aa  50.4  4e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.19805e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  30.19 
 
 
149 aa  50.8  4e-05  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  2.09993e-08 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1529  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 
139 aa  50.4  4e-05  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.17746 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 
69 aa  50.4  4e-05  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 
69 aa  50.4  4e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  35.62 
 
 
229 aa  50.8  4e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.8003e-08  unclonable  8.89639e-06 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 
69 aa  50.4  4e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 
262 aa  50.8  4e-05  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 
117 aa  50.4  5e-05  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0045  PbsX family transcriptional regulator  45.16 
 
 
117 aa  50.4  5e-05  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.108741  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 
262 aa  50.4  5e-05  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2449  protein of unknown function DUF955  29.08 
 
 
165 aa  50.1  6e-05  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 
201 aa  50.1  7e-05  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 
106 aa  49.7  8e-05  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  48.15 
 
 
346 aa  49.7  8e-05  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
195 aa  49.3  9e-05  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  32.17 
 
 
198 aa  49.7  9e-05  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0826  transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 
446 aa  48.9  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.150864  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2113  transcriptional regulator, putative  41.38 
 
 
143 aa  48.9  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3100  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 
97 aa  49.3  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  4.73627e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 
206 aa  48.9  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
201 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  34.02 
 
 
256 aa  49.3  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  2.31765e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2176  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 
97 aa  49.3  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  34.95 
 
 
196 aa  48.9  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  30.7 
 
 
262 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
201 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  32.97 
 
 
201 aa  49.3  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  24.69 
 
 
178 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  26.02 
 
 
350 aa  48.1  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 
142 aa  48.1  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  24.69 
 
 
185 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3618  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 
123 aa  48.9  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  40.32 
 
 
262 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  24.69 
 
 
178 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  24.69 
 
 
178 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
178 aa  48.5  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  27.15 
 
 
352 aa  48.5  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  36.25 
 
 
196 aa  48.1  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  2.0134e-07 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  43.86 
 
 
145 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  38.46 
 
 
229 aa  48.1  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  9.53974e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  27.15 
 
 
347 aa  48.1  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  26.35 
 
 
283 aa  48.5  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  8.44609e-09  hitchhiker  2.8574e-05 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  44.12 
 
 
182 aa  48.5  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
171 aa  48.1  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0039  PbsX family transcriptional regulator  40.32 
 
 
111 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.81047  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0958  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 
132 aa  47.8  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0389  hypothetical protein  26.62 
 
 
393 aa  47.8  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0725053  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0226  hypothetical protein  30.12 
 
 
174 aa  47.8  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>