More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_1425 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_1425  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 
403 aa  798  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  2.90493e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1123  preprotein translocase subunit SecD  56.46 
 
 
416 aa  431  1e-120  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  3.01062e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1669  preprotein translocase subunit SecD  54.91 
 
 
413 aa  415  1e-115  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  2.93049e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1272  preprotein translocase subunit SecD  51.49 
 
 
411 aa  386  1e-106  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  51.56 
 
 
735 aa  375  1e-102  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.14723e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1691  protein-export membrane protein SecD  47.52 
 
 
461 aa  366  1e-100  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0199339  normal  0.405053 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1604  protein-export membrane protein SecD  50.28 
 
 
399 aa  365  1e-100  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0444022  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1356  preprotein translocase subunit SecD  49.07 
 
 
410 aa  360  3e-98  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.066873  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1462  preprotein translocase subunit SecD  48.89 
 
 
411 aa  347  2e-94  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  5.72302e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1285  protein-export membrane protein SecD  45.8 
 
 
423 aa  341  2e-92  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0952765  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2738  protein-export membrane protein SecD  45.71 
 
 
406 aa  330  2e-89  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  46.91 
 
 
533 aa  324  2e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12260  protein-export membrane protein SecD  45.08 
 
 
403 aa  313  3e-84  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.64404e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  41.94 
 
 
533 aa  307  3e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0142  preprotein translocase subunit SecD  41.23 
 
 
464 aa  305  1e-81  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0625  preprotein translocase subunit SecD  41.87 
 
 
415 aa  303  5e-81  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  4.18015e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4539  protein-export membrane protein SecD  40.4 
 
 
470 aa  302  7e-81  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.470079  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  43.65 
 
 
531 aa  301  1e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5077  preprotein translocase subunit SecD  39.25 
 
 
461 aa  301  1e-80  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  42.38 
 
 
533 aa  301  2e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  43.12 
 
 
532 aa  300  3e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  42.27 
 
 
532 aa  299  5e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  43.56 
 
 
530 aa  299  5e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  42.23 
 
 
530 aa  294  2e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  40.65 
 
 
525 aa  293  4e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3212  preprotein translocase subunit SecD  40.32 
 
 
470 aa  292  6e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.718211  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2884  preprotein translocase subunit SecD  40.32 
 
 
470 aa  292  6e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  41.76 
 
 
594 aa  291  1e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  41.76 
 
 
594 aa  291  1e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1490  preprotein translocase subunit SecD  40.71 
 
 
474 aa  290  3e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  41.25 
 
 
533 aa  289  8e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  42.66 
 
 
533 aa  288  1e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  42.38 
 
 
532 aa  288  1e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  41.54 
 
 
533 aa  288  1e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  42.59 
 
 
533 aa  287  2e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.56259e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  42.7 
 
 
530 aa  287  3e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  42.05 
 
 
531 aa  286  4e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1028  preprotein translocase subunit SecD  40.22 
 
 
471 aa  286  5e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.016566 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  41.51 
 
 
532 aa  286  6e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  41.37 
 
 
843 aa  285  1e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  41.02 
 
 
534 aa  284  2e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  42.12 
 
 
524 aa  283  3e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  3.11445e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.18 
 
 
856 aa  283  4e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  41.02 
 
 
533 aa  283  5e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.32 
 
 
849 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  41.24 
 
 
534 aa  281  1e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.77 
 
 
848 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  39.54 
 
 
535 aa  281  2e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0536  protein-export membrane protein SecD  40 
 
 
441 aa  280  4e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  2.45038e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  41.96 
 
 
533 aa  279  5e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  41.39 
 
 
533 aa  279  6e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  40.45 
 
 
532 aa  279  6e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  41.36 
 
 
532 aa  278  8e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1908  preprotein translocase subunit SecD  39.1 
 
 
419 aa  278  8e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.154062  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0563  protein-export membrane protein SecD  39.86 
 
 
473 aa  278  1e-73  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1629  protein-export membrane protein SecD  42.46 
 
 
748 aa  277  2e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.683752  normal  0.475056 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.85 
 
 
853 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2197  preprotein translocase subunit SecD  39.1 
 
 
419 aa  277  3e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.16 
 
 
856 aa  276  4e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5128  preprotein translocase subunit SecD  40.14 
 
 
464 aa  275  8e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.473691  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  40.74 
 
 
533 aa  273  3e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  39.6 
 
 
534 aa  270  2e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  40.79 
 
 
526 aa  269  5e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  39.32 
 
 
534 aa  270  5e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  41.62 
 
 
533 aa  269  6e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  40.32 
 
 
554 aa  269  7e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  39.03 
 
 
534 aa  268  1e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  40.3 
 
 
554 aa  268  1e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  39.52 
 
 
531 aa  268  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  39.79 
 
 
554 aa  267  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  39.52 
 
 
554 aa  267  3e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  39.52 
 
 
554 aa  267  3e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3221  protein-export membrane protein SecD  37.32 
 
 
761 aa  266  7e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.390214  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  39.89 
 
 
532 aa  265  8e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  39.89 
 
 
532 aa  265  9e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  39.28 
 
 
537 aa  264  2e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  40.26 
 
 
535 aa  263  4e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  39.84 
 
 
556 aa  263  5e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  39.73 
 
 
554 aa  262  7e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0935  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.19 
 
 
750 aa  262  9e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1116  protein-export membrane protein SecD  37.38 
 
 
472 aa  262  1e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.887298  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  36.76 
 
 
616 aa  260  3e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  37.98 
 
 
740 aa  260  3e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  6.74169e-05 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  40.26 
 
 
512 aa  259  4e-68  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1571  protein-export membrane protein SecD  37.32 
 
 
503 aa  258  2e-67  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8810  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.77 
 
 
756 aa  255  9e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2513  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.3 
 
 
750 aa  255  1e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000183584  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0146  protein-export membrane protein SecD  39.51 
 
 
535 aa  255  1e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00836416  hitchhiker  0.00269224 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1201  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.31 
 
 
763 aa  254  1e-66  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.732454  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.29 
 
 
845 aa  254  2e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1575  preprotein translocase subunit SecD  40.94 
 
 
521 aa  254  3e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0707  preprotein translocase subunit SecD  40.15 
 
 
521 aa  253  4e-66  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.907979  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  36.6 
 
 
632 aa  253  5e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  36.96 
 
 
759 aa  253  6e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  1.07208e-07 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.63 
 
 
834 aa  252  8e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  38.38 
 
 
636 aa  252  9e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.01 
 
 
844 aa  251  1e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  37.71 
 
 
535 aa  251  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1334  protein-export membrane protein SecD  35.06 
 
 
487 aa  251  2e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.763605  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3982  protein-export membrane protein SecD  35.31 
 
 
468 aa  250  3e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.728055 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>