More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_1363 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_1363  YobV  100 
 
 
311 aa  633    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.02 
 
 
309 aa  193  3e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.03 
 
 
302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.43 
 
 
299 aa  182  4.0000000000000006e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  34.08 
 
 
302 aa  159  4e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  33.12 
 
 
313 aa  158  1e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.75 
 
 
307 aa  152  5e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  31.99 
 
 
304 aa  149  5e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.58 
 
 
322 aa  146  4.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  30.06 
 
 
301 aa  142  9.999999999999999e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.29 
 
 
298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.06 
 
 
322 aa  137  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  28.62 
 
 
306 aa  129  9.000000000000001e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.56 
 
 
303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.44 
 
 
230 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.11 
 
 
324 aa  119  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3341  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.8 
 
 
177 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000205485  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.84 
 
 
316 aa  113  5e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  29.93 
 
 
313 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.95 
 
 
235 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  32.75 
 
 
229 aa  106  6e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
230 aa  105  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.55 
 
 
328 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0325  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.55 
 
 
335 aa  103  4e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00275048  normal  0.0249624 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.27 
 
 
335 aa  102  8e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  29.58 
 
 
313 aa  101  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  30.25 
 
 
313 aa  101  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.3 
 
 
320 aa  100  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  29.3 
 
 
313 aa  99.4  6e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.09 
 
 
336 aa  99.4  7e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.03 
 
 
315 aa  98.6  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.7 
 
 
321 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.83 
 
 
319 aa  98.2  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.67 
 
 
324 aa  96.7  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.93 
 
 
321 aa  96.3  6e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.24 
 
 
313 aa  96.3  7e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  27.74 
 
 
327 aa  95.9  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0988  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.88 
 
 
317 aa  94.4  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.16 
 
 
318 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  23.17 
 
 
318 aa  93.2  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.06 
 
 
315 aa  93.2  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  25.32 
 
 
332 aa  92.8  7e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.48 
 
 
312 aa  92  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.49 
 
 
323 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  31.56 
 
 
228 aa  90.1  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  25.32 
 
 
317 aa  89.7  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.32 
 
 
317 aa  89.7  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  28.22 
 
 
326 aa  89.4  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.43 
 
 
230 aa  87.8  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2992  helix-turn-helix, type 11  32.88 
 
 
252 aa  87  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4005  putative transcriptional regulator  29.3 
 
 
246 aa  87  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.22778  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.77 
 
 
246 aa  87  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454528  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8630  DeoR family transcriptional regulator  27.85 
 
 
322 aa  85.9  8e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.25 
 
 
232 aa  85.9  8e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.86 
 
 
316 aa  85.9  8e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  28.51 
 
 
230 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  28.51 
 
 
230 aa  85.1  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.3 
 
 
324 aa  85.5  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3791  transcriptional regulator-like  28.3 
 
 
228 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.55139  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2503  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.1 
 
 
232 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.5 
 
 
228 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  29.13 
 
 
227 aa  84.3  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2933  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.77 
 
 
321 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.259462 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.09 
 
 
321 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  28.05 
 
 
230 aa  83.2  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2909  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.1 
 
 
232 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.11 
 
 
328 aa  83.2  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2058  hypothetical protein  23.91 
 
 
336 aa  82.8  0.000000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.160915  normal  0.181699 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  28.04 
 
 
228 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.04 
 
 
228 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.69 
 
 
320 aa  82.8  0.000000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5106  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.83 
 
 
319 aa  82.8  0.000000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.505458  normal  0.201643 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4738  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.15 
 
 
313 aa  82.4  0.000000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.62 
 
 
321 aa  81.6  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  26.91 
 
 
231 aa  82  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1078  transcriptional regulator  40.19 
 
 
132 aa  81.6  0.00000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0312133  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5404  DeoR family transcriptional regulator  25.08 
 
 
332 aa  82  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.924628  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4095  DeoR family transcriptional regulator  26.33 
 
 
333 aa  81.6  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  26.92 
 
 
232 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  22.41 
 
 
320 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0977  DeoR family transcriptional regulator  25.09 
 
 
360 aa  81.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.226699  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1262  hypothetical protein  27.31 
 
 
228 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0621  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.1 
 
 
228 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.296179  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.16 
 
 
327 aa  81.6  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0596  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.1 
 
 
228 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0284  hypothetical protein  27.31 
 
 
361 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3348  hypothetical protein  27.31 
 
 
339 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.822547  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3383  putative transcriptional regulator  27.31 
 
 
367 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.296007  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  25.6 
 
 
326 aa  80.9  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  27.12 
 
 
314 aa  80.1  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.6 
 
 
240 aa  80.5  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5534  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.39 
 
 
239 aa  79.7  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0533877 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2370  hypothetical protein  27.31 
 
 
228 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3390  transcriptional regulator (repressor protein)  27.31 
 
 
228 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.5 
 
 
242 aa  79.7  0.00000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1146  hypothetical protein  27.31 
 
 
228 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0387023  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2550  putative transcriptional regulator  27.31 
 
 
228 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.4 
 
 
328 aa  79.7  0.00000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3553  helix-turn-helix, type 11  30.32 
 
 
238 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  27.47 
 
 
320 aa  79  0.00000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>