More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_1146 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  100 
 
 
1236 aa  2521  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  38.53 
 
 
1241 aa  849  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  38.38 
 
 
1241 aa  847  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  38.61 
 
 
1241 aa  848  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  38.61 
 
 
1242 aa  854  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0203  UvrD-like DNA helicase, C terminal  42.46 
 
 
1233 aa  890  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  41.11 
 
 
1270 aa  875  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  40.94 
 
 
1271 aa  871  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  38.76 
 
 
1241 aa  854  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3423  recombination helicase AddA  34.07 
 
 
1377 aa  715  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  36.77 
 
 
1230 aa  759  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0482  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  35.55 
 
 
1405 aa  717  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  37.9 
 
 
1241 aa  844  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  37.79 
 
 
1242 aa  757  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  38.53 
 
 
1241 aa  849  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  40.22 
 
 
1251 aa  908  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  38.68 
 
 
1240 aa  844  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  38.55 
 
 
1248 aa  838  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  38.21 
 
 
1241 aa  845  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  37.76 
 
 
1244 aa  807  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  38.45 
 
 
1241 aa  846  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  34.24 
 
 
1392 aa  712  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  37.72 
 
 
1244 aa  830  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  38.61 
 
 
1241 aa  852  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  34.09 
 
 
1282 aa  673  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  31.23 
 
 
1217 aa  577  1e-163  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  31.23 
 
 
1217 aa  577  1e-163  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  30.55 
 
 
1218 aa  559  1e-157  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  30.35 
 
 
1230 aa  509  1e-142  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  28.71 
 
 
1204 aa  469  1e-130  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  28.39 
 
 
1121 aa  467  1e-130  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  29.51 
 
 
1186 aa  457  1e-127  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0874  exonuclease RexA  28.83 
 
 
1207 aa  415  1e-114  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.149314  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  27.13 
 
 
1240 aa  413  1e-113  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  29.84 
 
 
1217 aa  407  1e-112  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  29.18 
 
 
1203 aa  403  1e-111  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  29.37 
 
 
1392 aa  384  1e-105  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  24.62 
 
 
1184 aa  253  2e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  25.57 
 
 
1080 aa  202  4e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  25.32 
 
 
1061 aa  176  3e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1571  UvrD/REP helicase  22.99 
 
 
1110 aa  156  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  22.35 
 
 
1139 aa  156  2e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0870  UvrD/REP helicase  24.23 
 
 
1165 aa  156  3e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.129938 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  25.05 
 
 
1147 aa  154  7e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  23.43 
 
 
1089 aa  152  5e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  24.64 
 
 
1226 aa  146  3e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  23.57 
 
 
1125 aa  145  4e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0519  UvrD/REP helicase  27.24 
 
 
1130 aa  145  6e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  21.81 
 
 
1161 aa  142  4e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.33 
 
 
1156 aa  141  8e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  23.63 
 
 
1180 aa  141  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  22.94 
 
 
1180 aa  137  9e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.62 
 
 
1183 aa  137  1e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  23.53 
 
 
1180 aa  137  1e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  26.71 
 
 
1149 aa  135  5e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  23.82 
 
 
1123 aa  135  7e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  24.03 
 
 
1166 aa  134  8e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  22.82 
 
 
1121 aa  133  2e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2417  Exodeoxyribonuclease V  23.92 
 
 
1124 aa  133  3e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.449307  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  25.67 
 
 
1074 aa  132  4e-29  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  23.12 
 
 
1202 aa  131  8e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1101  UvrD/REP helicase  26.3 
 
 
1065 aa  131  9e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08490  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  24.13 
 
 
1251 aa  129  3e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  23.77 
 
 
1119 aa  127  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  27.5 
 
 
1115 aa  125  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  27.48 
 
 
1057 aa  124  1e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  23.17 
 
 
1162 aa  122  6e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  22.39 
 
 
1156 aa  119  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  22.43 
 
 
1120 aa  119  4e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  24.29 
 
 
1087 aa  118  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  23.48 
 
 
1177 aa  118  8e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  22.05 
 
 
1161 aa  117  1e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  21.97 
 
 
1200 aa  116  2e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1624  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.57 
 
 
1240 aa  116  2e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.547512  normal  0.545211 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  22.49 
 
 
1147 aa  115  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0419  UvrD/REP helicase  24.91 
 
 
1003 aa  115  6e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00770  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  24.11 
 
 
1262 aa  115  6e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3118  UvrD/REP helicase  22.58 
 
 
1061 aa  114  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.674969 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  23.61 
 
 
1117 aa  114  1e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  22.81 
 
 
1110 aa  111  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.33 
 
 
1089 aa  108  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0011  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.96 
 
 
1241 aa  108  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  24.8 
 
 
1107 aa  108  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  23.53 
 
 
1173 aa  107  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.19 
 
 
1226 aa  105  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  23.33 
 
 
1196 aa  105  4e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  22.89 
 
 
1173 aa  105  6e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  22.12 
 
 
1157 aa  104  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  22.72 
 
 
1103 aa  104  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3361  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.92 
 
 
772 aa  104  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.876798 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01028  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.27 
 
 
1336 aa  103  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.61 
 
 
1203 aa  102  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  24.62 
 
 
1185 aa  102  4e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0340  UvrD/REP helicase  24.23 
 
 
951 aa  102  6e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1693  Exodeoxyribonuclease V  26.19 
 
 
1125 aa  102  6e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2932  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.04 
 
 
1198 aa  101  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2547  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.04 
 
 
1198 aa  101  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.789149 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.32 
 
 
1259 aa  101  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  22.87 
 
 
1165 aa  99.8  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1244  UvrD/REP helicase  24.01 
 
 
1165 aa  99  5e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0173598  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>