203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_1124 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_1124  hypothetical protein  100 
 
 
303 aa  632  1e-180  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  42.86 
 
 
896 aa  276  3e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1986  DNA primase, small subunit  44.95 
 
 
303 aa  266  5e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328453  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2082  hypothetical protein  44.71 
 
 
306 aa  264  1e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  45.39 
 
 
847 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03410  DNA polymerase LigD polymerase domain protein  41.67 
 
 
313 aa  261  8e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  42.32 
 
 
299 aa  261  1e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  39.73 
 
 
646 aa  258  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  40.8 
 
 
902 aa  256  5e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0598  hypothetical protein  45.26 
 
 
314 aa  255  8e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.479165  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2067  hypothetical protein  43.55 
 
 
312 aa  249  4e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0552463 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0139  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.33 
 
 
306 aa  247  2e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  39.86 
 
 
871 aa  245  8e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  38.64 
 
 
877 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  38.18 
 
 
861 aa  242  7e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  39.53 
 
 
872 aa  241  9e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  41.3 
 
 
855 aa  241  1e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  39.67 
 
 
896 aa  218  1e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2946  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  38.11 
 
 
314 aa  213  1.9999999999999998e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1378  hypothetical protein  36.64 
 
 
339 aa  212  4.9999999999999996e-54  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.200655  normal  0.549475 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6714  DNA primase small subunit  37.46 
 
 
334 aa  211  1e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0437742  normal  0.209987 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  38.75 
 
 
815 aa  210  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1207  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  39.26 
 
 
302 aa  210  3e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.560779  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2863  DNA primase-like  37.76 
 
 
352 aa  210  3e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.355668  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0932  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  40.28 
 
 
737 aa  208  9e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.819515  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0664  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.89 
 
 
334 aa  207  2e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.286197  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3426  hypothetical protein  36.46 
 
 
414 aa  207  2e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.467651  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3272  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.06 
 
 
328 aa  207  2e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161629  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0366  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.51 
 
 
304 aa  207  2e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00411082  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0935  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  39.58 
 
 
789 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0727399  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3206  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.74 
 
 
414 aa  203  2e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1675  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.25 
 
 
371 aa  203  3e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1670  DNA primase-like  33 
 
 
527 aa  202  8e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447053  hitchhiker  0.00316977 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2856  DNA primase-like  34.49 
 
 
455 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101034  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3833  DNA primase small subunit  34.35 
 
 
380 aa  200  3e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2445  putative DNA ligase (ATP), C-terminal  36.46 
 
 
326 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.858354  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0817  DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain protein  34.45 
 
 
522 aa  199  6e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.138014  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5249  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.68 
 
 
292 aa  198  1.0000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.398866  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1571  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  33.92 
 
 
330 aa  197  3e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1020  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.37 
 
 
313 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00719502  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.69 
 
 
292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3248  DNA polymerase LigD polymerase subunit  36.68 
 
 
328 aa  196  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1486  DNA polymerase LigD polymerase subunit  33.45 
 
 
341 aa  196  5.000000000000001e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00018157 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3967  DNA primase, small subunit  35.2 
 
 
302 aa  195  7e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.641256  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2258  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  33.92 
 
 
332 aa  194  1e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.20495 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1023  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  37.37 
 
 
313 aa  193  2e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  32.77 
 
 
815 aa  193  4e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0962  hypothetical protein  36.7 
 
 
313 aa  192  6e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.612546  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4351  DNA polymerase LigD polymerase subunit  35.57 
 
 
303 aa  192  6e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0884  ATP dependent DNA ligase  37.94 
 
 
726 aa  191  9e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.911309  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1543  DNA primase, small subunit  32.75 
 
 
341 aa  191  1e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.881236  normal  0.307141 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.79 
 
 
329 aa  191  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5867  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.17 
 
 
357 aa  187  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.890125  normal  0.143768 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7781  putative DNA ligase-like protein  35.39 
 
 
317 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0711104  normal  0.114107 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2815  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  34.72 
 
 
305 aa  186  3e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  36.84 
 
 
297 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10273  hypothetical protein  33.1 
 
 
397 aa  186  4e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0854972 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2802  DNA polymerase LigD, polymerase domain-containing protein  35.84 
 
 
302 aa  186  4e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0918963  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  35 
 
 
864 aa  185  6e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1945  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.4 
 
 
355 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000971032  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2830  DNA primase small subunit  34.95 
 
 
427 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0342  DNA primase, small subunit  32.5 
 
 
412 aa  183  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.938834  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4154  DNA primase small subunit  34.07 
 
 
408 aa  184  2.0000000000000003e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.348836  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4308  DNA polymerase LigD polymerase subunit  32.44 
 
 
306 aa  182  4.0000000000000006e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2095  DNA primase, small subunit  34.26 
 
 
360 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.59622  normal  0.161983 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4039  DNA polymerase LigD polymerase subunit  37.5 
 
 
319 aa  182  6e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.437287  normal  0.0570226 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2236  DNA primase small subunit  34.24 
 
 
323 aa  182  6e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848931  normal  0.182306 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0584  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.63 
 
 
354 aa  182  7e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0275907  hitchhiker  0.000216971 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0396  hypothetical protein  32.14 
 
 
412 aa  182  7e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00684947  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2991  DNA polymerase LigD polymerase domain-containing subunit  36.52 
 
 
293 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3663  DNA primase, small subunit  36.81 
 
 
339 aa  181  1e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.735103  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3453  DNA primase, small subunit  34.35 
 
 
301 aa  181  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5821  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.34 
 
 
352 aa  180  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.305654  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2031  hypothetical protein  33.1 
 
 
340 aa  181  2e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.232126  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  34.08 
 
 
658 aa  181  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34930  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  35.4 
 
 
303 aa  181  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.564701  normal  0.292075 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0652  DNA primase small subunit  35.59 
 
 
341 aa  181  2e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.515323  normal  0.0515309 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  34.28 
 
 
778 aa  181  2e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4915  hypothetical protein  34.46 
 
 
347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5004  hypothetical protein  34.46 
 
 
347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.761919  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5283  DNA primase, small subunit  34.46 
 
 
347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0349  DNA primase, small subunit  32.26 
 
 
434 aa  179  5.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0360  hypothetical protein  32.26 
 
 
434 aa  179  7e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482134  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0370  hypothetical protein  32.26 
 
 
434 aa  179  7e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5608  DNA primase, small subunit  38.64 
 
 
319 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.613871  normal  0.440344 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1007  DNA polymerase LigD polymerase subunit  34.13 
 
 
305 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.104732  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13762  hypothetical protein  34.47 
 
 
346 aa  176  4e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.798941 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6628  DNA primase small subunit  33.22 
 
 
358 aa  176  6e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0103402  hitchhiker  0.0000202322 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5228  hypothetical protein  38.64 
 
 
310 aa  175  7e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5316  hypothetical protein  38.64 
 
 
310 aa  175  7e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  33 
 
 
853 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5542  hypothetical protein  33.56 
 
 
349 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1237  ATP dependent DNA ligase  33.22 
 
 
304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1274  DNA primase, small subunit  32.98 
 
 
349 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.558044  normal  0.354887 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1787  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.28 
 
 
340 aa  172  3.9999999999999995e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000694862 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2717  DNA primase small subunit  38.75 
 
 
326 aa  172  5e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00546192  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0491  DNA primase small subunit  30.61 
 
 
361 aa  172  6.999999999999999e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.209898  normal  0.702763 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  32.87 
 
 
940 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  32.76 
 
 
825 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  33.21 
 
 
818 aa  171  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>