More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0792 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_0306  hypothetical protein  60.67 
 
 
582 aa  693  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  100 
 
 
662 aa  1346  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  65.24 
 
 
586 aa  771  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.74 
 
 
703 aa  488  1e-136  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.89 
 
 
470 aa  445  1e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0346  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.08 
 
 
468 aa  434  1e-120  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.143008  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0437  hypothetical protein  52.15 
 
 
453 aa  434  1e-120  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.701644  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.88 
 
 
591 aa  433  1e-120  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.89 
 
 
585 aa  406  1e-112  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.03 
 
 
687 aa  406  1e-112  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2710  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.77 
 
 
579 aa  396  1e-109  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.077579  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  41.27 
 
 
668 aa  396  1e-109  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  41.27 
 
 
668 aa  395  1e-108  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2310  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.28 
 
 
688 aa  393  1e-108  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.7 
 
 
581 aa  390  1e-107  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1438  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.65 
 
 
592 aa  391  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0444  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.62 
 
 
482 aa  384  1e-105  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2816  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.87 
 
 
591 aa  385  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1910  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.79 
 
 
562 aa  380  1e-104  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  8.22204e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2688  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.67 
 
 
597 aa  380  1e-104  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2861  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.56 
 
 
690 aa  377  1e-103  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1911  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.17 
 
 
577 aa  378  1e-103  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1683  transcriptional regulator  40.36 
 
 
588 aa  377  1e-103  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0451023  normal  0.0113335 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4277  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.81 
 
 
704 aa  367  1e-100  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4297  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.81 
 
 
690 aa  366  1e-100  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3285  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.76 
 
 
609 aa  367  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2741  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.69 
 
 
471 aa  365  2e-99  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2055  transcriptional regulator  36.46 
 
 
600 aa  364  2e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  6.58727e-05  hitchhiker  0.000375363 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4239  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.64 
 
 
690 aa  364  2e-99  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.931391  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0957  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.81 
 
 
690 aa  365  2e-99  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0112868 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4008  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.97 
 
 
690 aa  363  6e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3910  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.15 
 
 
690 aa  358  1e-97  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.267937  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4187  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.15 
 
 
690 aa  358  1e-97  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.32878e-11 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3919  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  37.15 
 
 
690 aa  358  2e-97  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.346796  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4389  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.99 
 
 
690 aa  358  2e-97  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4072  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.99 
 
 
690 aa  358  2e-97  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2029  hypothetical protein  38.6 
 
 
554 aa  354  3e-96  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0303  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.73 
 
 
576 aa  352  1e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.535404 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  36.09 
 
 
698 aa  343  5e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4639  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37 
 
 
574 aa  343  6e-93  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.215037  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  42.64 
 
 
639 aa  342  1e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.07 
 
 
636 aa  341  2e-92  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1776  putative PAS/PAC sensor protein  35.71 
 
 
698 aa  342  2e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0399  putative PAS/PAC sensor protein  35.48 
 
 
695 aa  340  5e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  35.41 
 
 
696 aa  337  4e-91  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3308  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.41 
 
 
548 aa  336  1e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.47 
 
 
564 aa  335  2e-90  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.87 
 
 
710 aa  333  5e-90  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2979  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.31 
 
 
491 aa  333  6e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2803  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.97 
 
 
569 aa  332  1e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0018  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.66 
 
 
562 aa  332  1e-89  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  2.32366e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2250  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.88 
 
 
571 aa  332  1e-89  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.28606  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0455  helix-turn-helix, Fis-type  40.21 
 
 
468 aa  332  1e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3284  putative transcriptional regulator  40.86 
 
 
481 aa  331  3e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1164  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.21 
 
 
501 aa  330  6e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.245431  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.6 
 
 
651 aa  329  9e-89  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.191772  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.1 
 
 
467 aa  329  9e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38570  putative transcriptional regulator  41.04 
 
 
456 aa  328  3e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1549  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3051  transcriptional regulator  41.14 
 
 
465 aa  326  8e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  34.06 
 
 
671 aa  326  9e-88  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2771  proprionate catabolism activator, Fis family  41.82 
 
 
659 aa  325  1e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0968139  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6938  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.91 
 
 
492 aa  325  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.776429  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3577  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.95 
 
 
550 aa  321  3e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4279  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.44 
 
 
486 aa  320  4e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4047  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.85 
 
 
486 aa  318  3e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3727  helix-turn-helix, Fis-type  39.87 
 
 
503 aa  317  4e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1241  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  38.28 
 
 
486 aa  316  7e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00296239  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3005  sigma-54 dependent transcriptional regulator  38.34 
 
 
506 aa  316  9e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  5.26118e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.66 
 
 
655 aa  316  9e-85  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2889  sigma-54 dependent transcriptional regulator  38.28 
 
 
512 aa  315  1e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1684  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.35 
 
 
459 aa  315  1e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2791  putative sigma54 specific transcriptional regulator  41.36 
 
 
462 aa  315  2e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.389453  normal  0.0964858 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2683  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.22 
 
 
566 aa  314  3e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0398  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  37.85 
 
 
512 aa  314  4e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0197022  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1736  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  37.85 
 
 
512 aa  314  4e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000666871  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1548  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  37.85 
 
 
512 aa  314  4e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  4.8487e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0363  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  37.85 
 
 
506 aa  313  5e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0237331  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1492  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.17 
 
 
569 aa  313  8e-84  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2649  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.95 
 
 
460 aa  312  2e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2955  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.36 
 
 
559 aa  311  3e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.87 
 
 
501 aa  311  3e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.534742  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.11 
 
 
575 aa  311  3e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3077  sigma54 specific transcriptional regulator  40.9 
 
 
475 aa  310  4e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0447  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.32 
 
 
438 aa  310  4e-83  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.59 
 
 
582 aa  309  8e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1580  transcriptional regulator  40.04 
 
 
464 aa  310  8e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2716  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.86 
 
 
460 aa  309  1e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0740444  normal  0.0319328 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36000  propionate catabolism operon regulator  39.77 
 
 
473 aa  309  1e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0249569  hitchhiker  2.35786e-13 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.42 
 
 
442 aa  308  2e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2053  transcriptional regulator  32.84 
 
 
696 aa  308  2e-82  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  6.40776e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17610  sigma54-dependent activator protein  41.1 
 
 
466 aa  308  2e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2878  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39 
 
 
648 aa  308  3e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.866934 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1488  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.43 
 
 
464 aa  306  6e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.781886  normal  0.688737 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5529  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.75 
 
 
495 aa  306  7e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3276  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.1 
 
 
498 aa  306  7e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.427162  normal  0.0190691 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5332  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.75 
 
 
495 aa  306  7e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5400  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.75 
 
 
510 aa  305  2e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397817 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0387  proprionate catabolism activator, Fis family  37.45 
 
 
652 aa  305  2e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0750  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.75 
 
 
576 aa  305  2e-81  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.15 
 
 
454 aa  305  2e-81  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>