More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0528 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  100 
 
 
168 aa  332  2e-90  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  52.73 
 
 
177 aa  173  1e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  52.73 
 
 
173 aa  164  6e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  49.4 
 
 
178 aa  155  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  51.33 
 
 
189 aa  148  4e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  44.79 
 
 
171 aa  147  5e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  45.62 
 
 
207 aa  142  3e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  43.83 
 
 
168 aa  136  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  45.34 
 
 
172 aa  132  2e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  45.18 
 
 
169 aa  132  2e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  44.91 
 
 
175 aa  131  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  40.96 
 
 
166 aa  127  6e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  45.62 
 
 
171 aa  127  9e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  36.75 
 
 
199 aa  126  2e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  39.88 
 
 
170 aa  124  7e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  38.65 
 
 
181 aa  123  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0781  shikimate kinase  40 
 
 
170 aa  122  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.275347  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  40.72 
 
 
187 aa  121  6e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  38.1 
 
 
170 aa  119  1e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  38.41 
 
 
180 aa  119  2e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  42.17 
 
 
172 aa  119  2e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  41.76 
 
 
173 aa  119  2e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  39.76 
 
 
172 aa  118  4e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  38.79 
 
 
204 aa  118  4e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  37.95 
 
 
192 aa  118  5e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  40.96 
 
 
176 aa  117  5e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  41.61 
 
 
184 aa  118  5e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  40.36 
 
 
172 aa  117  5e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  41.61 
 
 
184 aa  117  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  37.79 
 
 
184 aa  117  7e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  40 
 
 
200 aa  117  8e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  42.28 
 
 
183 aa  117  9e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.76 
 
 
593 aa  117  1e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  34.34 
 
 
191 aa  116  1e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  38.32 
 
 
172 aa  116  1e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  38.55 
 
 
172 aa  116  1e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  38.32 
 
 
172 aa  116  1e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  39.88 
 
 
219 aa  117  1e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01231  shikimate kinase  36.53 
 
 
197 aa  115  2e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.428162 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1132  shikimate kinase  36.02 
 
 
200 aa  116  2e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220163  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  42.28 
 
 
183 aa  116  2e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  38.55 
 
 
172 aa  115  2e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  38.55 
 
 
172 aa  115  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  38.37 
 
 
181 aa  115  3e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  39.76 
 
 
172 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  43.83 
 
 
173 aa  115  4e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2170  shikimate kinase  36.02 
 
 
201 aa  114  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  0.0949629 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  41.61 
 
 
224 aa  114  6e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  37.95 
 
 
190 aa  114  8e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  40.24 
 
 
199 aa  113  9e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  36.97 
 
 
206 aa  113  1e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  39.16 
 
 
176 aa  113  1e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  38.18 
 
 
184 aa  112  2e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  38.18 
 
 
205 aa  112  2e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  37.34 
 
 
190 aa  112  2e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  38.93 
 
 
209 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  38.93 
 
 
184 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  40.27 
 
 
183 aa  112  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  2.52706e-08 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  38.93 
 
 
177 aa  111  4e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  38.93 
 
 
177 aa  111  4e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  37.36 
 
 
184 aa  111  4e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.31404e-15 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  38.93 
 
 
177 aa  111  4e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2097  shikimate kinase  40.74 
 
 
179 aa  111  4e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  38.93 
 
 
177 aa  111  4e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  38.93 
 
 
199 aa  111  4e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  37.58 
 
 
172 aa  111  4e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  38.93 
 
 
177 aa  111  4e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  40.96 
 
 
176 aa  111  4e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  38.41 
 
 
179 aa  110  7e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  36.14 
 
 
180 aa  110  8e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  42.25 
 
 
169 aa  110  8e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  42.25 
 
 
169 aa  110  8e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1721  Shikimate kinase  36.97 
 
 
189 aa  110  9e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.547803  normal  0.0497898 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  37.58 
 
 
174 aa  110  1e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  36.75 
 
 
579 aa  110  1e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  39.63 
 
 
175 aa  109  1e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  37.95 
 
 
198 aa  110  1e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  37.72 
 
 
198 aa  110  1e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0124  shikimate kinase  40.74 
 
 
179 aa  110  1e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.529652  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0679  shikimate kinase  36.02 
 
 
203 aa  110  1e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.528323 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  38.99 
 
 
163 aa  109  1e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  39.51 
 
 
462 aa  110  1e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  38.89 
 
 
458 aa  109  2e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  37.35 
 
 
181 aa  109  2e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  36.26 
 
 
197 aa  108  3e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  38.55 
 
 
190 aa  108  4e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  37.97 
 
 
163 aa  108  4e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  38.67 
 
 
229 aa  108  4e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  35.54 
 
 
193 aa  107  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  37.09 
 
 
594 aa  107  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  34.94 
 
 
181 aa  108  5e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  35.54 
 
 
181 aa  107  6e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  38.41 
 
 
175 aa  107  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  35.71 
 
 
170 aa  107  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2022  shikimate kinase  39.51 
 
 
192 aa  107  7e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  36.97 
 
 
208 aa  107  8e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1840  Shikimate kinase  37.29 
 
 
188 aa  107  8e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0636308  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  36.14 
 
 
172 aa  107  8e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  36.14 
 
 
579 aa  107  9e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  35.33 
 
 
180 aa  107  9e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>