More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0501 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_0501  sigma 28 (flagella/sporulation)  100 
 
 
126 aa  261  2e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0517  sporulation sigma factor SigK  98.31 
 
 
244 aa  241  1.9999999999999999e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1582  sporulation sigma factor SigK  62.5 
 
 
226 aa  147  4e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000492275  normal  0.195753 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2471  sporulation sigma factor SigK  62.73 
 
 
236 aa  144  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0778  sporulation sigma factor SigK  60 
 
 
237 aa  143  9e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.377161  hitchhiker  0.0088749 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4421  sporulation sigma factor SigK  60 
 
 
265 aa  143  9e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4236  sporulation sigma factor SigK  60 
 
 
237 aa  143  9e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4074  sporulation sigma factor SigK  60 
 
 
237 aa  143  9e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4084  sporulation sigma factor SigK  60 
 
 
237 aa  143  9e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4566  sporulation sigma factor SigK  60 
 
 
237 aa  143  9e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4472  sporulation sigma factor SigK  60 
 
 
237 aa  143  9e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4459  sporulation sigma factor SigK  60 
 
 
237 aa  143  9e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.177817  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4190  sporulation sigma factor SigK  60 
 
 
237 aa  143  9e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1770  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG family  63.55 
 
 
114 aa  142  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.692748  normal  0.378996 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4418  RNA polymerase sigma-K factor  60 
 
 
149 aa  142  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3065  sporulation sigma factor SigK  59.09 
 
 
237 aa  141  4e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0982  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  57.8 
 
 
256 aa  139  9.999999999999999e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0982  sporulation sigma factor SigK  60.91 
 
 
245 aa  138  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0997  sigma-70 region 2 domain-containing protein  55.36 
 
 
118 aa  138  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2798  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigK  57.02 
 
 
234 aa  136  1e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1012  sporulation sigma factor SigK  58.12 
 
 
236 aa  135  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000934138  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05860  sporulation sigma factor SigK  60.91 
 
 
232 aa  134  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000165586  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1501  sporulation sigma factor SigK  55.93 
 
 
231 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2020  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigK  53.39 
 
 
239 aa  127  6e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.851025  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3546  sporulation sigma factor SigK  50 
 
 
249 aa  125  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2021  sporulation sigma factor SigK  47.54 
 
 
233 aa  115  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.653409  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1738  sporulation sigma factor SigK  47.54 
 
 
233 aa  114  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.475543  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2001  sporulation sigma factor SigE  48.28 
 
 
241 aa  111  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000755771  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2290  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  54.74 
 
 
207 aa  109  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.345877  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0736  sporulation sigma factor SigK  55 
 
 
219 aa  108  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000259555  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1030  sporulation sigma factor SigE  50.54 
 
 
239 aa  107  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000129886  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3949  sporulation sigma factor SigE  50.54 
 
 
239 aa  107  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000781708  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3755  sporulation sigma factor SigE  50.54 
 
 
239 aa  107  7.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00369355  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3646  sporulation sigma factor SigE  50.54 
 
 
239 aa  107  7.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000510031  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3663  sporulation sigma factor SigE  50.54 
 
 
239 aa  107  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000395259  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3957  sporulation sigma factor SigE  50.54 
 
 
239 aa  107  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000112899  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4043  sporulation sigma factor SigE  50.54 
 
 
239 aa  107  7.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000123936  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2553  sporulation sigma factor SigE  50.54 
 
 
239 aa  107  7.000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000344705  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3918  sporulation sigma factor SigE  50.54 
 
 
239 aa  107  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000071882 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1236  sporulation sigma factor SigE  50.54 
 
 
239 aa  107  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000000024975  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4005  sporulation sigma factor SigE  50.54 
 
 
239 aa  107  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00100878  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1553  sporulation sigma factor SigE  52.17 
 
 
242 aa  106  9.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000347236  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2015  sporulation sigma factor SigE  51.61 
 
 
235 aa  106  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.785691  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1733  sporulation sigma factor SigE  51.61 
 
 
235 aa  106  1e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0265453  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3731  sporulation sigma factor SigE  50.54 
 
 
239 aa  105  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000278458  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09150  sporulation sigma factor SigE  45.74 
 
 
245 aa  104  4e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000261644  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1900  sporulation sigma factor SigE  49.46 
 
 
239 aa  104  5e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1310  sporulation sigma factor SigE  46.74 
 
 
239 aa  103  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000184343  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0835  sporulation sigma factor SigE  43.1 
 
 
240 aa  101  3e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.935984  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1290  sporulation sigma factor SigE  46.24 
 
 
249 aa  99.8  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2469  sporulation sigma factor SigE  48.39 
 
 
246 aa  97.4  6e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000130703  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0852  sporulation sigma factor SigE  43.43 
 
 
243 aa  97.1  9e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0114797  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2062  sporulation sigma factor SigE  45.19 
 
 
243 aa  96.7  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000360983  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2655  sporulation sigma factor SigK  42.61 
 
 
232 aa  95.5  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0787  sporulation sigma factor SigE  46.74 
 
 
244 aa  95.1  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.761292  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0447  sporulation sigma factor SigE  45.65 
 
 
244 aa  95.1  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000743913  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0686  sporulation sigma factor SigE  44.68 
 
 
241 aa  94.7  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.144622  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1066  sporulation sigma factor SigE  44.68 
 
 
241 aa  93.6  8e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000178993  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1426  sporulation sigma factor SigE  43.62 
 
 
241 aa  93.6  9e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.126635  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4054  sporulation sigma factor SigE  41.53 
 
 
249 aa  90.9  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000091924  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07020  sporulation sigma factor SigF  44.19 
 
 
257 aa  79.7  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0788  sporulation sigma factor SigG  43.01 
 
 
255 aa  76.3  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.667987  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09160  sporulation sigma factor SigG  41.67 
 
 
260 aa  70.9  0.000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000197734  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3442  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigF  43.01 
 
 
261 aa  69.3  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2870  sporulation sigma factor SigG  36.9 
 
 
273 aa  68.2  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000515832  hitchhiker  0.0000000000171975 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0853  sporulation sigma factor SigG  40.7 
 
 
272 aa  67.4  0.00000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0182418  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1425  sporulation sigma factor SigG  40.48 
 
 
255 aa  66.2  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00153435  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2468  sporulation sigma factor SigG  37.21 
 
 
260 aa  65.5  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000740675  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1552  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigG  41.56 
 
 
256 aa  65.1  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000178805  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2552  sporulation sigma factor SigG  38.37 
 
 
259 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000004552  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1496  sigma 28 (flagella/sporulation)  40.62 
 
 
270 aa  64.3  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22200  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  42.11 
 
 
314 aa  64.3  0.0000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0226618  normal  0.104251 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1732  sporulation sigma factor SigG  35.71 
 
 
257 aa  64.3  0.0000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0249664  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1008  RNA polymerase, sigma 28 subunit  44.74 
 
 
289 aa  64.3  0.0000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000100967  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1231  RNA polymerase, sigma 28 subunit  44.16 
 
 
294 aa  63.9  0.0000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.927052  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2014  sporulation sigma factor SigG  35.71 
 
 
257 aa  64.3  0.0000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1661  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG family  44.44 
 
 
253 aa  63.5  0.0000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.691015  normal  0.251698 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03010  hypothetical protein  40 
 
 
287 aa  63.2  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1298  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.59 
 
 
642 aa  62.8  0.000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.902939  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05811  type II alternative sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  48.39 
 
 
312 aa  63.2  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0650  RpoD family RNA polymerase sigma factor  37.65 
 
 
418 aa  63.2  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3502  RNA polymerase factor sigma-32  34.19 
 
 
284 aa  63.2  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000191039  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1813  RNA polymerase, sigma 28 subunit  50 
 
 
304 aa  63.2  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.130349  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3730  sporulation sigma factor SigG  38.1 
 
 
292 aa  63.2  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000187869  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1044  RNA polymerase sigma-38 factor  40.23 
 
 
327 aa  63.2  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.908196 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2000  sporulation sigma factor SigG  36.9 
 
 
256 aa  63.2  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000480045  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0687  sporulation sigma factor SigG  38.46 
 
 
257 aa  62.8  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1623  RNA polymerase sigma factor RpoS  40.23 
 
 
335 aa  62  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.406084  normal  0.159546 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3948  sporulation sigma factor SigG  38.37 
 
 
289 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000196829  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1213  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.23 
 
 
324 aa  62.8  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3432  RNA polymerase sigma-38 factor  40.23 
 
 
326 aa  62.4  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3754  sporulation sigma factor SigG  38.37 
 
 
289 aa  62.4  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000419985  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18251  putative type II alternative sigma factor, sigma70 family  48.39 
 
 
308 aa  62.4  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0401007 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0013  putative type II alternative sigma factor, sigma70 family  46.77 
 
 
307 aa  62.4  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2749  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.23 
 
 
326 aa  62.4  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3955  sporulation sigma factor SigG  38.37 
 
 
259 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000614575  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1177  RNA polymerase sigma factor RpoS  40.23 
 
 
335 aa  62  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.440638 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0448  sporulation sigma factor SigG  35.71 
 
 
257 aa  62.4  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000243038  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1237  sporulation sigma factor SigG  38.1 
 
 
259 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000299824  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2061  sporulation sigma factor SigG  34.52 
 
 
257 aa  62.8  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147139  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>