More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0089 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_0089  RNA binding S1  100 
 
 		 152 aa  306  8e-83  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0092  RNA binding S1  48.28 
 
 		 130 aa  126  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000304617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0075  RNA binding S1 domain protein  45.71 
 
 		 120 aa  118  1.9999999999999998e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000591466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00520  RNA binding S1 domain protein  48.91 
 
 		 124 aa  116  9e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.85433e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0056  hypothetical protein  46.1 
 
 		 152 aa  116  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000148596  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0142  RNA binding S1 domain protein  45.14 
 
 		 128 aa  116  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000417569  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0056  hypothetical protein  45.39 
 
 		 132 aa  111  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0070  hypothetical protein  45.64 
 
 		 160 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000137683  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0059  hypothetical protein  45.64 
 
 		 160 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000000544172  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0060  hypothetical protein  45.64 
 
 		 160 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201317  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0056  hypothetical protein  45.64 
 
 		 160 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.61011e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0056  hypothetical protein  45.64 
 
 		 160 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000079318  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0067  hypothetical protein  45.64 
 
 		 160 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0060  hypothetical protein  45.64 
 
 		 160 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000119651  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0066  hypothetical protein  44 
 
 		 161 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000157952  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0056  hypothetical protein  44 
 
 		 161 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000117621  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5250  hypothetical protein  44 
 
 		 161 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000341067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2662  RNA binding S1  44.2 
 
 		 140 aa  110  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000144376  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0058  hypothetical protein  46.1 
 
 		 132 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000238948  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0122  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.39 
 
 		 126 aa  108  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0696  hypothetical protein  43.66 
 
 		 140 aa  107  6e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000983919  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2797  hypothetical protein  40.97 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000000939181  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2483  hypothetical protein  40.97 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000579369  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3080  RNA binding S1 domain protein  45 
 
 		 144 aa  102  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000220475  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0653  RNA binding S1 domain protein  40.56 
 
 		 120 aa  99.4  1e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000131287  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0191  RNA binding S1 domain protein  41.04 
 
 		 134 aa  92.4  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0146  hypothetical protein  39.44 
 
 		 133 aa  90.9  6e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0225  RNA binding S1 domain protein  37.93 
 
 		 134 aa  87  9e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000584856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0530  hypothetical protein  35.92 
 
 		 133 aa  84.7  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000417558  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0543  hypothetical protein  35.92 
 
 		 133 aa  84.7  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000100816  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0265  RNA-binding S1 domain-containing protein  33.99 
 
 		 164 aa  82.8  0.000000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0066  RNA binding S1 domain protein  48.81 
 
 		 129 aa  80.1  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0892  30S ribosomal protein S1  42.06 
 
 		 399 aa  77.8  0.00000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000236762  decreased coverage  0.00000000000000302812 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0674  RNA binding S1  43.21 
 
 		 127 aa  77  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.175739 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3006  general stress protein 13  43.02 
 
 		 124 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0265  RNA binding S1 domain-containing protein  46.25 
 
 		 125 aa  75.9  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.383538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.32 
 
 		 721 aa  72.4  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000283556  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0428  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.73 
 
 		 721 aa  72  0.000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000339931  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  53.25 
 
 		 416 aa  70.9  0.000000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000378884  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5039  general stress protein 13  49.3 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4770  general stress protein 13  49.3 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4610  general stress protein 13  49.3 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4632  general stress protein 13  49.3 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5011  general stress protein 13  49.3 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5132  general stress protein 13  49.3 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001874  transcription accessory protein  42.11 
 
 		 773 aa  70.9  0.000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5044  general stress protein 13  49.3 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5032  general stress protein 13  49.3 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0608546  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0202  general stress protein 13  49.3 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4722  general stress protein 13  49.3 
 
 		 114 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1493  transcription accessory protein  37.29 
 
 		 767 aa  70.5  0.000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3511  general stress protein 13  53.52 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1303  RNA-binding S1 domain-containing protein  37.72 
 
 		 772 aa  69.7  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.035241  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0908  transcriptional accessory protein  43.53 
 
 		 759 aa  69.3  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.0000000000000019173  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.59 
 
 		 722 aa  68.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1149  RNA-binding S1 domain-containing protein  27.66 
 
 		 124 aa  69.3  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000879414  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0981  RNA-binding S1 domain-containing protein  27.66 
 
 		 124 aa  69.3  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000445297  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1292  SSU ribosomal protein S1P  50 
 
 		 396 aa  68.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00025498  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0600  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  43.75 
 
 		 746 aa  68.6  0.00000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0317346  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1368  transcription-related protein  36.84 
 
 		 772 aa  68.6  0.00000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  48.05 
 
 		 720 aa  68.6  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0464  RNA-binding S1 domain-containing protein  38 
 
 		 774 aa  68.6  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1762  RNA binding S1 domain protein  42.35 
 
 		 785 aa  68.6  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.432806  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.84 
 
 		 705 aa  68.2  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  40.59 
 
 		 573 aa  68.2  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1703  RNA binding S1 domain protein  46.75 
 
 		 385 aa  68.2  0.00000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000241805  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  46.67 
 
 		 676 aa  68.2  0.00000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00795  S1 RNA binding domain protein  40.66 
 
 		 786 aa  68.2  0.00000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0660252  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  41.3 
 
 		 705 aa  68.2  0.00000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2410  RNA binding S1 domain protein  40 
 
 		 795 aa  67.4  0.00000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.367587  normal  0.911918 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  46.99 
 
 		 491 aa  67  0.00000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2875  RNA binding S1 domain protein  36.52 
 
 		 791 aa  67  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2860  general stress protein 13  44.16 
 
 		 121 aa  67  0.00000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2252  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.9 
 
 		 757 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000694259  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3791  30S ribosomal protein S1  39.25 
 
 		 382 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000784339  hitchhiker  0.000188764 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3968  RNA-binding S1 domain-containing protein  45.71 
 
 		 514 aa  66.6  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507698  normal  0.122374 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3461  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.37 
 
 		 706 aa  66.6  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  46.75 
 
 		 387 aa  67  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0896  30S ribosomal protein S1  50 
 
 		 408 aa  66.6  0.0000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000252731  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1553  30S ribosomal protein S1  39.25 
 
 		 382 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00270143  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00618  transcriptional accessory protein  40 
 
 		 766 aa  66.6  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  45.12 
 
 		 672 aa  66.2  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  44.58 
 
 		 500 aa  65.9  0.0000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1625  30S ribosomal protein S1  39.05 
 
 		 382 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000150504  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1661  30S ribosomal protein S1  39.05 
 
 		 382 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000640216  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1408  30S ribosomal protein S1  39.05 
 
 		 382 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000102607  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1380  30S ribosomal protein S1  39.05 
 
 		 382 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107777  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1379  30S ribosomal protein S1  39.25 
 
 		 382 aa  66.2  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000385959  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  50 
 
 		 382 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  39.25 
 
 		 382 aa  66.2  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0320  RNA binding S1 domain protein  33.57 
 
 		 775 aa  65.9  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1519  30S ribosomal protein S1  39.05 
 
 		 382 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000156073  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3541  general secretion pathway protein J  41.77 
 
 		 772 aa  65.9  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.489396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1592  30S ribosomal protein S1  39.05 
 
 		 382 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0386100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0589  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.05 
 
 		 706 aa  65.9  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119802  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  34.86 
 
 		 562 aa  65.9  0.0000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3592  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.65 
 
 		 705 aa  65.1  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.42208  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  39.22 
 
 		 557 aa  65.5  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2537  RNA binding S1  39.24 
 
 		 803 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3999  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.65 
 
 		 705 aa  65.1  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>