More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0011 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_0011  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
526 aa  1089    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.140902  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0823  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.92 
 
 
755 aa  446  1.0000000000000001e-124  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.24 
 
 
1338 aa  424  1e-117  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3953  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  43.82 
 
 
474 aa  416  9.999999999999999e-116  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778513 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1552  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.66 
 
 
971 aa  416  9.999999999999999e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0383  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.47 
 
 
746 aa  408  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.42 
 
 
853 aa  395  1e-108  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  48.32 
 
 
960 aa  368  1e-100  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0780  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.96 
 
 
520 aa  357  3.9999999999999996e-97  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0195559  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  46.55 
 
 
909 aa  350  3e-95  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0689  putative PAS/PAC sensor protein  42.08 
 
 
836 aa  342  1e-92  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000235898 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4565  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  44.66 
 
 
833 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0183003  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0210  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  44.44 
 
 
465 aa  319  7.999999999999999e-86  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.74546  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2483  putative PAS/PAC sensor protein  41.69 
 
 
619 aa  302  8.000000000000001e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0996  sensory box protein  35.02 
 
 
599 aa  299  9e-80  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.133788  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1469  HD-GYP domain-containing protein  38.05 
 
 
803 aa  297  2e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2203  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  44.35 
 
 
434 aa  296  6e-79  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0783  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.67 
 
 
483 aa  295  2e-78  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00290712 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.31 
 
 
912 aa  291  2e-77  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1164  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  35.02 
 
 
599 aa  290  6e-77  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0260621  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2110  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.91 
 
 
814 aa  288  1e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.406671  normal  0.904687 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  41.88 
 
 
593 aa  287  4e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2408  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.88 
 
 
623 aa  284  2.0000000000000002e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2450  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.45 
 
 
617 aa  277  4e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2264  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  42.15 
 
 
719 aa  276  6e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000689674  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0162  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  39.94 
 
 
837 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0169  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 
681 aa  265  1e-69  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2224  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.67 
 
 
500 aa  259  7e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000178543  decreased coverage  1.10821e-21 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2407  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.44 
 
 
758 aa  251  3e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1840  metal dependent phosphohydrolase  36.39 
 
 
540 aa  248  3e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4265  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  36.72 
 
 
539 aa  240  5.999999999999999e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  34.9 
 
 
1073 aa  229  7e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0142  metal dependent phosphohydrolase  33.92 
 
 
545 aa  210  4e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000694732  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1694  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  32.2 
 
 
579 aa  205  1e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  34.25 
 
 
563 aa  203  8e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  34.25 
 
 
564 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.31 
 
 
841 aa  201  3e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  35.38 
 
 
836 aa  200  5e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  34.54 
 
 
792 aa  197  4.0000000000000005e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0129  metal dependent phosphohydrolase  29.84 
 
 
505 aa  194  2e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0910  metal dependent phosphohydrolase  32.61 
 
 
561 aa  189  8e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.69967  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3082  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.05 
 
 
550 aa  187  5e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000925788 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4714  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.41 
 
 
684 aa  177  6e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2934  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.43 
 
 
683 aa  176  7e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0273  metal dependent phosphohydrolase  32.36 
 
 
534 aa  176  9e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.576727  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.01 
 
 
880 aa  170  7e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0538  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.91 
 
 
860 aa  169  8e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.883741  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.7 
 
 
1125 aa  163  8.000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2652  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.64 
 
 
608 aa  156  7e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3459  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.08 
 
 
503 aa  154  5e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3894  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  30.9 
 
 
353 aa  153  8.999999999999999e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109719  normal  0.416002 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1285  metal dependent phosphohydrolase  43.35 
 
 
465 aa  152  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0032  putative PAS/PAC sensor protein  37.78 
 
 
632 aa  150  7e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0790714  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0624  response regulator  43.68 
 
 
334 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0473  metal dependent phosphohydrolase  35.75 
 
 
424 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00121075  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0702  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  32.27 
 
 
331 aa  148  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.140022  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1949  metal dependent phosphohydrolase  38.86 
 
 
226 aa  148  3e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000478205  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1889  metal dependent phosphohydrolase  37.61 
 
 
487 aa  148  3e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.562954  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  33.33 
 
 
420 aa  145  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1917  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  43.93 
 
 
419 aa  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0589316 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1919  response regulator receiver (CheY-like) modulated metal dependent phosphohydrolase  41.38 
 
 
350 aa  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.179225 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_565  response regulator receiver:metal-dependent phosphohydrolase, HD subdomain protein  41.95 
 
 
334 aa  145  2e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1659  metal dependent phosphohydrolase  40.56 
 
 
407 aa  145  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.244374  hitchhiker  0.000495958 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0362  metal dependent phosphohydrolase  39.09 
 
 
518 aa  144  3e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0244  metal dependent phosphohydrolase  38.71 
 
 
220 aa  145  3e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100694  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0597  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  42.53 
 
 
334 aa  144  4e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.88 
 
 
324 aa  144  5e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0279  metal dependent phosphohydrolase  41.57 
 
 
363 aa  144  5e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0258813  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15930  metal dependent phosphohydrolase  38.51 
 
 
718 aa  144  5e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1194  metal dependent phosphohydrolase  36.81 
 
 
339 aa  144  5e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2727  metal dependent phosphohydrolase  38.33 
 
 
387 aa  144  6e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.328155  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1933  sensory box protein  28.61 
 
 
692 aa  143  7e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0364295  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5359  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40.45 
 
 
347 aa  143  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.98 
 
 
438 aa  143  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000169909  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1829  response regulator receiver (CheY-like) modulated metal dependent phosphohydrolase  36.84 
 
 
357 aa  143  9e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0298  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.51 
 
 
331 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.7054  normal  0.177262 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3408  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  47.83 
 
 
346 aa  142  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2031  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.89 
 
 
357 aa  141  3e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.306573  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2101  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.89 
 
 
357 aa  141  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3509  metal-dependent phosphohydrolase  32.53 
 
 
351 aa  141  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305053  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1201  metal dependent phosphohydrolase  40.44 
 
 
719 aa  141  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2407  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.13 
 
 
347 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.21688  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1135  metal dependent phosphohydrolase  44.93 
 
 
547 aa  140  6e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0995  metal dependent phosphohydrolase  44.93 
 
 
547 aa  140  6e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.656707  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1360  metal dependent phosphohydrolase  41.45 
 
 
428 aa  140  6e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.624782  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3410  hypothetical protein  37.82 
 
 
1333 aa  140  6e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.277305  normal  0.24869 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2904  histidine kinase  36.84 
 
 
876 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0209815 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1202  metal dependent phosphohydrolase  39.08 
 
 
177 aa  139  1e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4444  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  38.25 
 
 
526 aa  139  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1654  response regulator, putative  36.02 
 
 
349 aa  139  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0863  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  42.26 
 
 
351 aa  139  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.297515  normal  0.141829 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0792  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  45.86 
 
 
331 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3231  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  45.86 
 
 
331 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1513  metal dependent phosphohydrolase  39.47 
 
 
294 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3816  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  32.18 
 
 
351 aa  138  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0960158  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3371  putative PAS/PAC sensor protein  42.44 
 
 
649 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00785192 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1579  metal dependent phosphohydrolase  33.33 
 
 
618 aa  139  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1049  HD domain-containing protein  40.35 
 
 
311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0090576  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2699  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  37.91 
 
 
328 aa  138  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3292  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  38.04 
 
 
502 aa  138  3.0000000000000003e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.652795 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>