69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0017 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_R0017  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0039  tRNA-Cys  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00215479  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0007  tRNA-Cys  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0077  tRNA-Cys  98.18 
 
 
74 bp  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.50271  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0063  tRNA-Cys  98.18 
 
 
74 bp  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0072  tRNA-Cys  98.18 
 
 
74 bp  101  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0032  tRNA-Cys  98.18 
 
 
74 bp  101  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.392433  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0032  tRNA-Cys  98.18 
 
 
74 bp  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0454547  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0068  tRNA-Cys  98.18 
 
 
74 bp  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.080231  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt05  tRNA-Cys  98.18 
 
 
74 bp  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0034  tRNA-Cys  98.18 
 
 
74 bp  101  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0075  tRNA-Cys  98.18 
 
 
74 bp  101  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0582  tRNA-Cys  98.18 
 
 
76 bp  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0077  tRNA-Cys  98.18 
 
 
74 bp  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4584  tRNA-Cys  98.18 
 
 
74 bp  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0022  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0186532 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0001  tRNA-Cys  94.55 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.536129 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0054  tRNA-Cys  94.55 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.762647 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0044  tRNA-Cys  94.55 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.373232 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0683  tRNA-Cys  92.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000909207  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0650  tRNA-Cys  92.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000503645  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0023  tRNA-Cys  92.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0021  tRNA-Cys  92.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0021  tRNA-Cys  92.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0035  tRNA-Cys  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0037  tRNA-Cys  90.91 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0068  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.505859  hitchhiker  0.00111076 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0041  tRNA-Cys  90.74 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.283149  normal  0.794533 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0071  tRNA-Cys  86.96 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00981637  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0031  tRNA-Cys  86.57 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000180821  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0015  tRNA-Cys  89.09 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0030  tRNA-Cys  89.09 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6040  tRNA-Cys  89.09 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna22  tRNA-Cys  87.1 
 
 
74 bp  60  0.00000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0150  tRNA-Cys  86.36 
 
 
71 bp  60  0.00000007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.977632  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0034  tRNA-Cys  94.74 
 
 
76 bp  60  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0040  tRNA-Cys  88.89 
 
 
74 bp  60  0.00000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0101122 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0050  tRNA-Cys  87.27 
 
 
74 bp  54  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.313439 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0025  tRNA-Cys  87.27 
 
 
71 bp  54  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4322  tRNA-Cys  87.27 
 
 
74 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.990872  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0030  tRNA-Cys  85.07 
 
 
74 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0018  tRNA-Cys  87.27 
 
 
74 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.146139 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0030  tRNA-Cys  85.07 
 
 
74 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.129776  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2286  hypothetical protein  87.04 
 
 
462 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00240664  hitchhiker  0.00043215 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0012  tRNA-Cys  88 
 
 
74 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0384692  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60570  tRNA-Cys  87.04 
 
 
71 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109168  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0028  tRNA-Cys  87.04 
 
 
74 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0036  tRNA-Cys  87.04 
 
 
74 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0033  tRNA-Cys  84.29 
 
 
74 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.109964  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0021  tRNA-Cys  87.04 
 
 
74 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0009  tRNA-Cys  88 
 
 
74 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705692  normal  0.0935108 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0026  tRNA-Cys  87.04 
 
 
74 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.285214  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0038  tRNA-Cys  87.04 
 
 
74 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0112511  hitchhiker  0.000384671 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0044  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.583033  normal  0.0240701 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30720  tRNA-Cys  87.76 
 
 
71 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100485  hitchhiker  0.00000662167 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2631  tRNA-Cys  87.76 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106712  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0031  tRNA-Cys  86.54 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0096  tRNA-Cys  91.67 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.830071  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0034  tRNA-Cys  90 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000528755  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt35  tRNA-Cys  85.71 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt35  tRNA-Cys  85.71 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0030  tRNA-Cys  85.45 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.737492  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3170t  tRNA-Cys  85.45 
 
 
71 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0586308  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0006  tRNA-Cys  86.27 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0031  tRNA-Cys  85.45 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.392405  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04005  tRNA-Cys  85.19 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000662406  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0034  tRNA-Cys  85.19 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.786637  normal  0.65843 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA45  tRNA-Cys  93.33 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0036  tRNA-Cys  85.19 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0579773 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>