249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0014 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0018  tRNA-Gln  94.52 
 
 		 75 bp  113  6e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0047  tRNA-Gln  94.44 
 
 		 72 bp  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0008  tRNA-Gln  93.24 
 
 		 75 bp  107  4e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.825941  normal  0.0317691 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0048  tRNA-Gln  93.15 
 
 		 75 bp  105  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.807187  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t41  tRNA-Gln  91.89 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.821705  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  91.67 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0012  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlnVIMSS1309367  tRNA-Gln  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0007  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.791549  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0016  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.160581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0008  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970868  normal  0.737558 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0515  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0011  tRNA-Gln  91.94 
 
 		 72 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t06  tRNA-Gln  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0004  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.40819e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna145  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000913211  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna139  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna150  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000104181  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna137  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000774984  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01241  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01235  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna141  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna134  tRNA-Gln  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000841901  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlnVIMSS1309278  tRNA-Gln  90.32 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0047  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00177856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0037  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000269489  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0052  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAHisVIMSS1309099  tRNA-His  91.67 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0025  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0023  tRNA-Gln  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00187779  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0030  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0068  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0493446  normal  0.903824 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0010  tRNA-Gln  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.277758  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0026  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327686  normal  0.305565 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0007  tRNA-Gln  88.71 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.102252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0008  tRNA-Gln  88.71 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0048  tRNA-Gln  88.71 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.509197 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0038  tRNA-Gln  88.71 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0017  tRNA-Gln  87.88 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000220842  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0049  tRNA-Gln  88.71 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.859256  hitchhiker  0.000000216539 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000000064981  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAHisVIMSS1309172  tRNA-His  90 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0040  tRNA-Gln  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0015  tRNA-His  91.07 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0024  tRNA-His  91.07 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0029  tRNA-His  90 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0033  tRNA-His  90 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0005  tRNA-Gln  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAHisVIMSS1309381  tRNA-His  90 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0050  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.124886  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0064  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00065623  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0029  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAHisVIMSS1309211  tRNA-His  91.07 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAHisVIMSS1309297  tRNA-His  90 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.105395 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0004  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0165875 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0019    85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0008  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.629298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0018  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000387356  hitchhiker  0.0000000187085 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0066  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0081  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000262166  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0049  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.296013  normal  0.0255901 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0052  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0374404  unclonable  6.3728200000000006e-24 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4559  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>