More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5361 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009507  Swit_5361  lytic transglycosylase, catalytic  100 
 
 
333 aa  661    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.716209 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4016  lytic transglycosylase, catalytic  42.29 
 
 
239 aa  136  4e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0926261  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2210  lytic transglycosylase, catalytic  55.91 
 
 
218 aa  131  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0443  lytic transglycosylase, catalytic  54.07 
 
 
218 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.270121  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  42.08 
 
 
362 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  51.16 
 
 
362 aa  119  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  50.79 
 
 
206 aa  110  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4176  lytic transglycosylase, catalytic  52.99 
 
 
354 aa  107  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0500833  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28610  lytic transglycosylase  55.65 
 
 
201 aa  106  7e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2959  lytic transglycosylase catalytic  49.58 
 
 
280 aa  105  8e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  44.06 
 
 
202 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  38.65 
 
 
242 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  52.54 
 
 
202 aa  104  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  55.17 
 
 
244 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  53.45 
 
 
291 aa  103  5e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  46.61 
 
 
442 aa  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 
235 aa  100  3e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  53.39 
 
 
215 aa  100  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1974  lytic transglycosylase, catalytic  49.61 
 
 
203 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.677118  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0452  lytic transglycosylase, catalytic  49.17 
 
 
204 aa  98.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0428943 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 
207 aa  98.6  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  49.14 
 
 
245 aa  97.8  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  51.18 
 
 
199 aa  97.8  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  47.62 
 
 
197 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0142  NLP/P60 protein  48.62 
 
 
370 aa  96.3  6e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  49.57 
 
 
228 aa  96.3  7e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  46.21 
 
 
208 aa  95.9  9e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  42.14 
 
 
233 aa  95.5  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  49.56 
 
 
174 aa  95.5  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2342  Lytic transglycosylase catalytic  47.62 
 
 
327 aa  95.1  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.920192  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  50.88 
 
 
196 aa  94.7  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  46.21 
 
 
218 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  48.25 
 
 
368 aa  95.1  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  46.21 
 
 
197 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3686  lytic transglycosylase catalytic  42.47 
 
 
209 aa  94.4  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3565  Lytic transglycosylase catalytic  49.17 
 
 
158 aa  94.4  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0846  lytic transglycosylase, catalytic  48.7 
 
 
325 aa  94  3e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  46.4 
 
 
217 aa  94  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  50.49 
 
 
438 aa  93.6  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  41.01 
 
 
211 aa  93.6  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  48.33 
 
 
261 aa  93.6  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  47.01 
 
 
251 aa  92.8  8e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2008  transglycosylase SLT domain-containing protein  47.11 
 
 
214 aa  92.4  9e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1886  lytic transglycosylase, catalytic  54.21 
 
 
189 aa  91.3  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.158781  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4561  lytic transglycosylase catalytic  51.28 
 
 
360 aa  90.9  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.000593543  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  49.12 
 
 
202 aa  90.5  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  46.03 
 
 
224 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  49.18 
 
 
206 aa  90.9  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  48.72 
 
 
189 aa  90.1  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1424  lytic transglycosylase, catalytic  49.15 
 
 
191 aa  90.1  5e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0284128  normal  0.0259883 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  48.25 
 
 
204 aa  89.7  7e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  45.22 
 
 
318 aa  89.4  7e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6881  Lytic transglycosylase catalytic  50.96 
 
 
271 aa  89.4  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987079  normal  0.0912273 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  48.82 
 
 
217 aa  89  9e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0358  Lytic transglycosylase catalytic  42.5 
 
 
247 aa  89.4  9e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.77747e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  48.31 
 
 
212 aa  89  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1794  putative lytic transglycosylase  49.54 
 
 
204 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1632  Lytic transglycosylase catalytic  47.79 
 
 
222 aa  88.6  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0239259  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1341  lytic transglycosylase, catalytic  40.4 
 
 
281 aa  88.6  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0557803  normal  0.620551 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2827  Lytic transglycosylase catalytic  42.86 
 
 
263 aa  89  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0440  lytic transglycosylase, catalytic  49.54 
 
 
204 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  43.08 
 
 
216 aa  87.8  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  46.67 
 
 
195 aa  88.2  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3638  lytic transglycosylase catalytic  51.85 
 
 
206 aa  87.4  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.237 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3643  lytic transglycosylase catalytic  55.45 
 
 
384 aa  87.4  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0752757 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3978  lytic transglycosylase catalytic  55.45 
 
 
384 aa  87  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 
258 aa  87.4  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  43.15 
 
 
297 aa  87.4  3e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 
282 aa  87  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  47.37 
 
 
204 aa  87  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00442  soluble lytic murein transglycosylase  41.83 
 
 
328 aa  87  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.129314  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3817  lytic transglycosylase, catalytic  39.13 
 
 
384 aa  86.7  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.315131  normal  0.0342532 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  43.15 
 
 
297 aa  86.7  5e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2291  putative transglycosylase protein  48.65 
 
 
198 aa  86.3  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.128594  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3375  lytic transglycosylase, catalytic  44.53 
 
 
272 aa  86.7  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.877408  normal  0.240376 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3705  Lytic transglycosylase catalytic  43.75 
 
 
209 aa  86.3  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3631  Lytic transglycosylase catalytic  43.75 
 
 
209 aa  86.7  6e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  45.61 
 
 
280 aa  86.7  6e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1332  Lytic transglycosylase catalytic  45.97 
 
 
194 aa  86.3  7e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0695277  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  44.14 
 
 
243 aa  85.9  8e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  53.4 
 
 
188 aa  85.9  8e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0748  lytic transglycosylase, catalytic  45.22 
 
 
146 aa  86.3  8e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00376609  normal  0.892869 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2611  lytic transglycosylase catalytic  45.83 
 
 
251 aa  85.9  9e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.59616 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3565  lytic transglycosylase, catalytic  46.61 
 
 
209 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2410  lytic transglycosylase, catalytic  46.09 
 
 
208 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0929  Lytic transglycosylase catalytic  43.09 
 
 
300 aa  84  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.316405  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  48.25 
 
 
203 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2926  putative transglycolase  50.96 
 
 
278 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  46.22 
 
 
198 aa  84  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000427479  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1015  lytic transglycosylase, catalytic  43.09 
 
 
292 aa  84  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  43.36 
 
 
191 aa  83.6  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  45.16 
 
 
237 aa  83.2  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  41.86 
 
 
283 aa  83.6  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0527  Lytic transglycosylase catalytic  45.61 
 
 
155 aa  82.8  0.000000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.193488 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4693  putative lytic transglycosylase, catalytic  48.65 
 
 
215 aa  82.4  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000077507  normal  0.120796 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1248  Lytic transglycosylase catalytic  41.18 
 
 
175 aa  82.4  0.000000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00404625  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  52.87 
 
 
196 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  46.36 
 
 
260 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  49.04 
 
 
198 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  46.55 
 
 
226 aa  82  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>